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澳大利亚税务局遵循独立交易原则进行转让定价调查。独立交易原则的定义见 4.1.1 关联关系判定标准。
在转让定价调查中，澳大利亚税务局遵循《OECD 转让定价指南》第二章列示的以下转让定价方法：
（1）可比非受控价格法；
（2）再销售价格法；
（3）成本加成法；
（4）利润分割法；
（5）交易净利润法。
此外，澳大利亚也接受根据活动性质使用的混合方法。方法的选择是基于以下因素：
（1）被审阅活动的性质；
（2）数据的可用性、覆盖面和可靠性；
（3）受控及非受控交易之间或进行交易的企业之间的可比程度，包括交易发生的所有情形；
（4）任何假设的性质和范围。
在税收条例 TR98/11 中，澳大利亚税务局规范了以下四步进行转让定价分析的过程：
（1）步骤 1：基于企业商业背景下理解相关跨境交易识别企业业务总体情况和相关公平价格交易在这一步骤里十分关键，一般而言相关事项包括：
① 关联交易的情况；
② 数据来源；
③ 组织和资本架构；
④ 功能、资产及风险分析；
⑤ 相关企业所在的商业环境。
（2）步骤 2：选择合适的转让定价方法除使用上述特定的五种转让定价方法外，澳大利亚税务局认为，如其他方法（或多种方法的综合运用）能提供更符合独立交易原则的结果，也可采用其他方法（或综合运用多种方法）。
（3）步骤 3：转让定价方法的使用在使用合适的转让定价方法时，澳大利亚税务局规定必须说明选用的方法是最合适的转让定价方法。在表示优先采用可比非受控价格法的同时，澳大利亚税务局也指出了利润分割法和可比利润法的不足。与交易净利润法类似，其不足之处在于依赖特殊计算方法，缺乏灵活性。但在特殊情况下，税务局也接受以利润为基础的转让定价方法。
（4）步骤 4：确定独立交易价格最后一步需要运用数据以证明关联交易价格是否符合独立交易原则。
在这方面，企业可能需要就其适用的转让定价方法的有效性与澳大利亚税务局进行商讨。
澳大利亚税务局在作出是否对澳大利亚企业的转让定价安排进行审阅或调查的决定时，通常会考虑该企业关联交易的规模和性质、其转让定价文档的质量以及澳大利亚企业的关联交易结果是否具有商业可行性。澳大利亚税务局开发了一套先进的风险评估系统，该系统会在考量上述因素以及其他财务及运营数据后确定需要进行审查的澳大利亚企业。
企业的关联交易如涉及以下方面的因素，可能会引起澳大利亚税务局的特别关注：
（1）在低税率地区存在集中的业务模式，包括在低税率地区设立集团总部、营销中心和采购公司；
（2）利润较低或出现亏损；
（3）资金融通安排，包括免息贷款、付息贷款和担保费；
（4）经历供应链重组的企业；
（5）业务重组（特别是利润下滑或转移有价值的无形资产）；
（6）与避税港地区进行的交易；
（7）特许权使用费；
（8）无形资产（包括属于澳大利亚企业的，以及境外企业的）；
（9）管理服务。
一般而言，澳大利亚企业被进行年度税务调查的可能性为中等。然而，如果澳大利亚企业存在上述列举的风险因素，则其关联交易被税务局审阅或调查的可能性将大大提高。此外，如果澳大利亚企业发生了重大金额或重大比例的跨境关联交易，那么该企业的转让定价安排被纳入一般税务调查的一部分的可能性是非常高的。
根据新出台的法规，自 2013 年 7 月 1 日开始的财务年度起，澳大利亚转让定价调查调整期限为 7 年。但在 2013 年 7 月 1 日之前开始的财务年度不受到新法的约束，因此，针对 2013 年 7 月 1 日之前开始的财务年度进行的转让定价调查并没有期限限制。
除应用常规的转让定价分析方法进行调查外，澳大利亚转让定价法规中也规定了对交易采取实质重于形式的评估方法，要求纳税人在关联交易中应该遵循经济实质。
该条例要求纳税人进行商业性测试。在测试中，若存在以下情况，纳税人需要调整实际的交易环境及商业条件：
（1）独立第三方不会接受同样的交易安排，而会选择另一种交易安排；
（2）独立第三方根本不会进行该类型交易。
若在上述情况中，纳税人以减少纳税义务为目的进行交易，澳大利亚税务局可应用一般反避税条款对上述交易进行重新定性，或直接否定。
换言之，澳大利亚税务局有权调查纳税人及其境外关联方的实际商业和财务关系，即使在能获得可比和可靠的可比非受控价格信息的情况下，税务局依然能将该关系替换为其认为能更好反映独立交易原则的商业和财务关系。这些调整后的交易是决定独立交易条件的基础。
（1）处罚制度
澳大利亚税务局可根据转让定价处罚条款和一般税收处罚条款对纳税人进行处罚，处罚金额的基准为税务局判定所少缴的税款。
处罚的金额取决于少缴税款是否是以获得转让定价利益为唯一或主要目的，或者纳税人是否有合理申辩理由（Reasonably Arguable Position）表明转让定价调整不适用。
表 6 转让定价处罚条款
| 避税是否唯一或主要目的 | 无合理理由 | 有合理理由 |
| 否 | 25% | 10% |
| 是 | 50% | 25% |
如企业被进行转让定价调整，一般适用转让定价处罚条款。但是，若该企业少缴税款金额超过 10,000 澳元或应交所得税的 1%（以两者孰高为标准）（信托和合伙企业为 20,000 澳元或净收入的 2%），则不适用转让定价罚则，而应适用税收管理法规定的一般税收处罚条款。
表 7 一般税收处罚条款
| 原因 | 一般企业 | 大型跨国集团企业 |
| 有合理申辩理由 | 不进行处罚 | 不进行处罚 |
| 没有采取合理的谨慎 | 25% | 50% |
| 采取轻率的税务处理 | 50% | 100% |
| 故意忽视应尽的纳税义务 | 75% | 150% |
如上所示，从 2017 年 7 月 1 日起，如果澳大利亚税务局判定大型跨国集团企业由于作出虚假或误导性陈述而导致少缴税款的，大型跨国集团企业将要承担一般企业双倍的行政处罚。
此外，澳大利亚税务局还会对调增的所得税额及对应罚款加征利息。如果纳税人在进行年度纳税申报和提交全球交易明细表时或之前已将符合 284- E 规则要求的转让定价同期资料准备完毕，且该同期资料报告支持合理申辩理由，罚款金额可降低。如果纳税人在接到税务稽查的通知后主动披露关联交易安排可豁免罚款金额的 20%。如果纳税人在接到税务稽查的通知前主动披露关联交易安排可豁免罚款金额的 80%。
除了未被预约定价安排涵盖的非独立交易和没有遵循预约定价安排的条款的情形外，已签订预约定价安排的纳税人一般不会受到处罚。
（2）转移利润税
澳大利亚于 2017 年 3 月正式立法实施转移利润税（Diverted ProfitsTax），并于 2017 年 7 月 1 日起的财务年度开始生效。该法将对通过包括金融交易在内的任何跨境转让定价安排把利润转移到境外的利润征收 40%的惩罚性税（澳大利亚的企业所得税税率为30%），并依法征收利息，以确保应纳税额可以反映企业在澳大利亚从事的业务活动的经济实质，而且该法也适用于在 2017 年 7 月 1 日前执行或签订的安排或协议。
其中，只要澳大利亚企业（包括澳大利亚居民企业或境外实体在澳大利亚的常设机构，但不包括满足特定条件下年度收入不足 2,500 万澳元的居民企业）的跨境交易安排中涉及一家境外关联企业，并且澳大利亚企业所属的集团全球年度收入达到 10 亿澳元，就会受到该法的管制。在转移利润税的相关法则下，不受该法则影响的实体只有：管理投资信托、某些境外集体投资工具、外国政府持有的实体、符合规定的养老金实体及国外养老基金。
转移利润税的评估采用的是“主要目的”测试，而该测试除了评估侵蚀澳大利亚税收权益是否为主要目的外，还同时会考虑到境外税负的降低。因此，澳大利亚企业在境外的税收安排同样也有可能引起澳大利亚税务局的关注。
澳大利亚税务局有权对澳大利亚企业的所得税申报进行评估起的 7 年内开展有关转移利润税的调查，而且澳大利亚企业在向澳大利亚税务局进行相关的申辩或达成和解前需要先缴纳全额的转移利润税。
转移利润税评估产生的应纳税款要求在评估后 21 天内缴纳。纳税人可以在 12 个月的审核期内提出异议，举证可以减少税款或免除税款的理由。如果在审核期结束时仍不满意结果的，纳税人可以在 60 天内向联邦法院提出申诉。由于转移利润税是澳大利亚反避税规定的一部分，企业无法通过澳大利亚的税收协议获得双重征税的减免，也不能通过 OECD 多边文书的仲裁机制进行裁决。因此，企业只能通过澳大利亚联邦法庭提出申诉。
免除情形：
① 2,500 万澳元营业额测试。若纳税人及在同一全球集团实体的营业额不超过 2,500 万澳元（假设收入没有转移海外）；
② 充分境外税收测试。若境外税收增长额等于或者超过相对应的澳大利亚税收减少额的 80%；
③ 充分经济实质测试。每一实体利润反映各自活动经济实质。
以下企业将面临较高的转移利润税风险：
① 涉及大额跨境贷款；
② 设置营销中心；
③ 正在进行业务重组的；
④ 将知识产权转移到澳大利亚境外的。
2018 年 2 月澳大利亚税务局发布了涵盖转移利润税的遵从指南（PCG），协助纳税人评估转移利润税的风险水平。PCG 包含经济实质测试应用和主要目的测试，并提供了五种情形的经济实质测试的案例等。指南要求纳税人自行评估涉税风险，若发现潜在风险，应及时与澳大利亚税务局联系。
（3）加大对大型跨国集团企业（SGE）的处罚力度。从 2017 年 7 月 1 日开始，对大型跨国集团企业未按时提交资料（如所得税申报表、财务报表、国别报告等），行政处罚最高可达 525,000 澳元；如发生提供虚假或误导性资料、或不提交资料行为，具体的违法行为对应的处罚金额将是其他企业的两倍。
纳税人拥有对纳税调整提出申辩及上诉的权利，其中，纳税人的上诉将由行政上诉庭或联邦法院受理。
为提升纳税调整的说服力及结案效率，澳大利亚税务局推出了以下机制：
（1）内部独立审核流程：由此前从未参加该调查案的审核者重新审核；
（2）替代性争端动议：由私人替代性争端动议的从业者（包括前联邦及高等法庭法官）参与涉及行业巨头的复杂纠纷；
（3）相互协商程序（MAP）：受税收协定覆盖的纳税人可引用澳大利亚双边税收协定中相互协商程序的条款进行申诉。
自查制度要求澳大利亚税务局人员评定澳大利亚企业是否获得转让定价利益。当一家企业的应纳税所得额或应付预提所得税额低于在独立交易情况下的应纳税所得额或应付预提所得税额时，即被视为获得转让定价利益。类似的，当一家企业的税务亏损高于在独立交易的情况下应产生的税务亏损时也会被视为获得转让定价利益。而当企业获得转让定价利益时，将由独立交易结果取代实际交易结果以决定企业在澳大利亚的应纳税所得额。如果澳大利亚税务局认为澳大利亚企业在自查后仍有转让定价利益的，其可以通过澳大利亚税务局对该企业进行转让定价调整。
自 2016 年 1 月 1 日起，《跨国公司反避税法》正式生效。该法适用于在澳大利亚经营且全球营业收入大于 10 亿澳元的大型跨国集团企业。根据《跨国公司反避税法》，实施避税的跨国公司将双倍补缴所欠缴税款，外加利息。该法适用于：在股权结构所涉及的合伙制关系中存在非居民合伙人的企业；存在非居民受托人的信托；暂时在澳大利亚进行集中管理和控制的境外信托企业。此外，财政预算案中规定，纳税人不能在公司股权架构中利用境外信托或是合伙人制度以规避《跨国公司反避税法》。
澳大利亚税务局鼓励纳税人在生产经营过程中应及时关注其税收风险，通过发布税法同步指南 Law Companion Guidelines（LCG）、实用遵从指南 Practical Compliance Guidelines（PCG）及对关键问题提供建议的纳税人须知 Taxpayer Alerts，告知纳税人各种税收情况涉及的潜在风险。纳税人可以在交易发生前就不确定税收问题联系澳大利亚税务局，以及时获得税收确定性。
2017 年澳大利亚税务局成立了反避税专项小组（Tax Avoidance Taskforce），该小组由 1,000 多名拥有转让定价经验的人员组成，关注于转让定价相关的税收遵从活动，聚焦于离岸营销中心及离岸采购中心，涉及利率互换的外币贷款、无形资产转让、亏损企业等经济行为及活动。与此同时，发布一系列实用遵从指南（PCG），对一系列行为和安排规定了不同遵从风险水平的评估管理做法。2017/1 指南规定了离岸关联方采购中心、营销中心、分销中心的遵从管理方式，划分了六种不同的转让定价风险类别区，其中，在绿色区以外的中心将面临较大的调查风险。2017/2 指南规定对能履行相关规定、符合条件的纳税人和部分关联交易，税务局将不对其开展转让定价管理。PCG 2017/4 指南对跨境关联方融资安排规定了遵从管理方式。2017 年 12 月 18 日发布的跨国公司关联方债务融资风险评估指南，帮助纳税人自评交易风险，可有效规避潜在税务审查风险和争议；转让定价管理做法体现了澳大利亚税务局一户式风险管理评估的趋势。