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中加税收协定争议是指中加之间因税收协定条款的解释和适用而引发的争议，从本质上来说，该争议是一种国际税务争议，是两国因税收协定适用不明确导致的税收管辖权冲突。从税收争议主体上来看，国际税收争议中可能存在两种情况：一是两国政府就税收协定适用产生争议；二是一国政府与跨国纳税人在国际税收关系中产生争议。相互协商程序是两国主管当局为解决上述争议，在双边税收协定相互协商程序条款的框架内共同协调磋商的机制。
中加税收协定第23条规定了相互协商程序，条文如下：
（1）当缔约国一方或者双方的措施导致或将导致对其不符合本协定规定的征税时，可以不考虑各缔约国国内法律的补救办法，将案情书面提交本人为其居民的缔约国主管当局；如果其案情属于第二十二条第一款，提交给本人为其国民的缔约国主管当局。此项申请应说明要求修改征税的依据。
（2）上述主管当局如果认为所提意见合理，又不能单方面圆满解决时，应设法同缔约国另一方主管当局相互协商解决，以避免不符合本协定规定的征税。
（3）缔约国双方主管当局应通过协议设法解决在解释或实施本协定时发生的困难或疑义，可以对本协定未作规定的消除双重征税问题进行协商。
（4）缔约国双方主管当局为达成第二款和第三款的协议，可以相互直接联系。为有助于达成协议，双方主管当局可以进行会谈，口头交换意见。
5.2.3.1 申请人的条件
根据中加税收协定相互协商程序条款规定，当另一方缔约国的措施导致或将导致对申请人不符合税收协定规定的行为征税时，申请人可以将案情提交至本人为其居民的缔约国主管当局。此处需要明确的是，税收协定中的“居民”一词所指的是税收居民身份。我国的实施办法也表明了中国税收居民身份为申请启动程序的前提。实施办法中所称中国居民，是指按照《中华人民共和国个人所得税法》和《中华人民共和国企业所得税法》，就来源于中国境内境外的所得在中国负有纳税义务的个人、法人或其他组织。也就是说，只有在申请人为中国税收居民的情况下，中方主管当局方可受理其申请并就其所遇到的税收协定问题与加方主管当局进行相互协商。例如，若中国居民企业在对加投资时采取的是间接持股方式，即通过在境外设立特殊目的公司（SPV）来持股加拿大被投资公司，如果SPV与加拿大当局就税收协定适用问题产生争议，虽然该SPV为中资公司，但因为其并非中国税收居民，该SPV将无权请求中国主管当局启动相互协商程序。但如果该SPV被认定为境外注册中资控股居民企业，那么即使其并非依照中国法律成立的法人，该SPV也将有权依据其中国税收居民身份请求中国主管当局就税收协定问题启动相互协商程序。同理，不具有中国国籍，但属于中国税收居民的外国人若与其他国家就税收协定问题产生争议，也有权向中国主管当局申请启动相互协商程序。
此外，相互协商程序条款规定，如果案情属于第二十二条第一款（无差别待遇），申请人可以将案情提交至本人为其国民的缔约国主管当局。此处中国国民，是指具有中国国籍的个人以及依照中国法律成立的法人或其他组织。
5.2.3.2 相互协商程序的方式、时限和具体情形
相互协商程序是在税收协定框架内解决国际税收争端的机制，因此当事人请求相互协商的事项应属于税收协定的适用范围。在中国对外签订的税收协定中，除相互协商程序条款外，部分协定还在居民、股息、利息、联属企业等条款中指明了双方主管当局可以就该条款解释及适用进行相互协商。
中国颁布的实施办法第九条以列举的方式说明了中国居民（国民）可以申请启动相互协商程序的情形：
第一，对居民身份的认定存有异议，特别是相关税收协定规定双重居民身份情况下需要通过相互协商程序进行最终确认的；
第二，对常设机构的判定，或者常设机构的利润归属和费用扣除存有异议的；
第三，对各项所得或财产的征免税或适用税率存有异议的；
第四，违反税收协定非歧视待遇（无差别待遇）条款的规定，可能或已经形成税收歧视的；
第五，对税收协定其他条款的理解和适用出现争议而不能自行解决的；
第六，其他可能或已经形成不同税收管辖权之间重复征税的。
税收协定中的协商程序条款授权缔约国主管当局在解释或实施税收协定时存在困难或疑义时通过相互协商来解决。相互协商程序的启动要历经两个阶段：第一阶段是纳税人向其居民国主管当局就缔约国一方或双方已导致或将导致不符合税收协定规定的税收措施提出异议，主管当局收到纳税人提交的案情后，对案情进行审查；第二阶段是主管当局认为纳税人提出的异议合理并且不能单方面圆满解决的，则启动相互协商程序，通知另一方主管当局，并展开谈判。
我国新颁布的《税收协定相互协商程序实施办法》（简称“实施办法”）即主要针对第一阶段，也就是纳税人如何申请启动阶段而制定的程序性规范。实施办法对申请启动相互协商程序的适用主体、情形、申请时限以及税务机关如何受理申请和反馈结果等问题进行了规定。根据现行的实施办法，纳税人申请启动相互协商程序要经过两个环节，第一个步骤是申请人向负责其个人所得税或企业所得税征管的省税务机关提出书面申请，由省税务机关决定是否受理该申请；第二个步骤是省税务机关受理申请后上报税务总局，由总局对申请进行审核并最终决定是否启动相互协商程序。
5.2.4.1 启动程序时效及条件
相互协商程序是通过缔约国之间双边税收协定赋予缔约国纳税人的权利救济程序，制定该程序的目的是为保证税收协定的实施及有效消除国际双重征税。但需要注意的是，申请该救济程序的权利存在期限，根据OECD税收协定范本中的规定：当事人应在不符合税收协定规定的征税措施第一次通知之日起三年内提出申请。
关于该期限的开始点，也就是纳税人有权申请启动协商程序的时间节点如何确定，OECD税收协定注释中并未给出明确的界限，该问题一般由各国通过国内法进行规定。如加拿大规定，在加拿大发起的转让定价调查中，纳税人接到有关调整数额的初步书面通知后可向加拿大当局申请启动相互协商程序。关于这一问题，我国尚未做出明确规定。我国实施办法规定，如果中国居民（国民）认为，缔约对方所采取的措施，已经或将会导致不符合税收协定所规定的征税行为，可以按规定向省税务机关提出申请。另根据实施办法第十四条第四款：“申请人提供的事实和证据能够证实或者不能合理排除缔约对方的行为存在违反税收协定规定的嫌疑”，当事人对违反税收协定的事项负有举证义务。
5.2.4.2 税务机关对申请的处理
根据OECD税收协定范本条款中的用语“上述主管当局如果认为所提意见合理，又不能单方面圆满解决时，应设法同缔约国另一方主管当局相互协商解决”，可以看出一国税务当局对是否就当事人的申请启动相互协商程序有一定的自由裁量权利。但税务当局何时可以拒绝当事人的申请，当事人是否有权诉至法院要求税务当局启动该程序，这些问题在OECD 协定解释中并没有明确的答复，通常情况下这些问题都会由各缔约国通过国内法规范。理论上来说，与其他国家就税收问题展开磋商是涉及国家主权的行为，纳税人可以基于税收协定中的条款申请主管当局启动该程序，但主管当局通过审查认为申请理由不够充分时，有权拒绝纳税人申请，纳税人无权通过法院强制要求主管当局执行该程序。
根据加拿大国内的相关规定，在加拿大发起的税务调查中，税务局有义务告知纳税人其申请启动相互协商程序的权利。当纳税人向加拿大税务主管当局提交申请时，主管当局有权决定是否批准，并且如果主管当局决定拒绝纳税人的申请，该项决定具有终局性，纳税人无权对该决定提起复议或行政诉讼。
根据实施办法，我国纳税人提出启动相互协商程序的申请需经两个步骤：
第一，向其所在的省级税务机关提出申请，由省级税务机关决定是否上报总局；
第二，税务总局对上报的申请进行审查并决定是否启动相互协商程序。从实施办法可以看出，在该程序中省级税务机关只是对纳税人申请的材料进行审查而无权决定是否启动相互协商程序。如果纳税人对省级税务机关不予受理的决定不服，将有权进行异议申请。但对总局收到上报申请后做出不予受理决定时，该决定将具有终局性，纳税人无权再提出异议。
5.2.5.1 相互协商程序结果的法律效力
国际普遍认为相互协商程序应属于行政性的争议解决手段，其结果只对达成协议的主管当局产生约束，如果当事人对结果不满，其仍有权通过司法程序寻求救济。此外，相互协商程序是两国主管当局就特定问题进行协商讨论。就效力而言，其结论只就特定问题生效，无普遍约束力。
值得注意的是，上述普遍性规则可能因存在税收协定特殊条款而产生例外，如根据中国与荷兰签订的议定书第二条规定，双方认为，如果缔约国双方主管当局通过相互协商，根据上下文就下列将导致双重征税或双重免税的案例形成解决方案：（1）适用第三条第二款对本协定未定义的名词进行解释；（2）定性上的差异。在双方主管当局公布后，该解决方案也应对未来适用本协定规定的其他类似案例具有约束力。
5.2.5.2 相互协商程序与司法判决的关系
通常认为，如果两国主管当局进行协商讨论的问题已产生了生效的税收和解或司法判决，那么两国主管当局在进行相互协商时，将只能基于此前认定的事实进行相应的纳税调整，而不能改变已生效的和解或判决。
5.2.5.3 保护性措施
协商程序条款规定，若纳税人接受相互协商的结果，该结果的执行将不受其本国国内法的限制。因两国主管当局就相互协商程序能否达成一致具有相当的不确定性，而且该程序通常耗时很长，当纳税人对协商结果不满或两国税务主管当局无法达成一致时，即使纳税人希望通过司法程序解决也很有可能面临诉讼时效已过期的局面。因此当事人在申请启动协商程序后，往往还会选择同时启动其他的救济程序，如行政复议或司法救济来确保自身权益。
启动其他救济程序理论上不会对相互协商程序产生影响，两者属于平行关系。但事实上若其他救济程序产生了结果，其将对案件产生巨大影响，因此许多国家通过国内法规定，若当事人希望启动相互协商程序解决税收争议，该当事人应中止其他正在进行中的救济程序。这种情况下，如果当事人希望通过相互协商程序来解决税收协定问题，可以选择在申请启动程中国居民赴加拿大投资税收指南152序的同时，向法院提起行政诉讼并请求延期审理来中止诉讼时效，采取保护性措施保全其请求司法救济的权利。
仲裁条款是OECD为提高相互协商程序的效率，确保税收协定的实施而制定的条款。其一般形式是：如果两国主管当局在一定时间内（通常为两年）无法就相互协商的事项达成一致，当事人可以请求将该事项提交仲裁。但迄今中国对外签署的税收协定中尚未包含有仲裁条款。