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香港税收征收管理方式，是以法制要求和纳税人高度遵守的自律性为基础，基本上是自主申报纳税。例如，香港纳税人（个人或企业）每年只需进行一次年度纳税申报，且全年需要纳税人填写的申报表一般也只有3至4页。
在管理税收环节方面，香港税务局对纳税人年度的评税是较为审慎的。如纳税人未能遵守《税务条例》的规定，香港税务局会根据违例行为的性质或犯错程度，向纳税人提出检控、以罚款代替检控，或评定补缴税款等措施（后者是罚款的一种方式）。在决定采取何种行动时，香港税务局局长会考虑证据是否充足、已经或会少征收税款的数额（统称为“少征收税款”）、违例行为是否经精心策划，以及有关违规行为历时多久等因素。
香港特区政府对在香港从事经营活动没有特别的税务登记要求，香港商业登记署从属于香港税务局，所以完成商业登记，即视为完成税务登记。
须办理商业登记的“业务”包括：
(1)为了获利而从事的任何形式的生意、商务、工艺、专业、职业或其他活动；
(2)为会员提供设施、服务及专用处所，以便进行社交或娱乐活动的会社；
(3)所有根据《公司条例》在香港注册成立的有限公司，或非在香港成立但在香港设有营业地点的有限公司，不论其实际上是否有在香港经营业务。
(4)所有在香港设有代表办事处或联络办事处，或出租其在香港的物业的非在香港成立的有限公司，不论其有否在香港设立营业地点。
仅就职位或受雇工作的人士，不会被视为经营业务，无须办理登记。
自1995年引入对账备存记录方面的具体要求后，以审查纳税人的账簿及记录来进行实地审核或调查的可能性已大大提高。当账簿及记录都妥当地保存时，确定纳税人申报收入及记录在账表上的支出是否正确，是轻而易举的事。因此，只需将报税表中申报的数目与记录在账簿上的账表作出比对，便很容易辨别出未在账表上反映的交易。
《税务条例》第51C条详细说明就税务目的而言“纪录”的定义，并指定纳税人必须备存的最基本记录，以方便追查、解释和核实某些业务交易。为此，该条文现时要求各营业机构备存账簿及入账所依据的文件，如凭单、银行结单、发票及收据等，以支持账表内的记项，并在有关交易完结后，将记录保留至少7年。《税务条例》内对于备存记录的规定，已详列于《保存业务纪录须知》的说明书内。纳税人可从税务局网站下载该说明书。
(1)纳税方式
利得税是根据每个课税年度的应计税利润而征收的，而应评税利润须待有关年度完结之后才能确定。因此，税务局会在有关年度完结前征收暂缴利得税。待税务局其后评定有关课税年度的应计税利润并作出评税时，已缴付的暂缴税款会用来抵减所评定的利得税。
和薪俸税及物业税一样，税务局会将评税通知书分为两个部分，包括该纳税年度的最后利得税及下一个课税年度的暂缴利得税评税。
(2)纳税期限
课税年度是指每年的4月1日至翌年的3月31日。
利得税是根据每个课税年度内的应税利润征收的税款。如亏损，税务局将向纳税人发出特别处理形式申报的表格（表格1812）。一般情况下，税务局首先处理需要评税的个案。对亏损的纳税人，香港税务局通常在该纳税人获得应税所得后再作评税。
另外，亏损是可以无限期累计使用来抵减日后纳税人的应税所得。一般而言，香港税务局会在纳税人在抵减亏损当年，对以前年度累计的亏损额进行统一评税，核查相关亏损是否与生产经营有关，以及应税所得是否在相关年度产生。
由于该年度的应纳税所得额须待该年度结束之后才能核算清楚，因此税务局会在该课税年度，事先征收暂缴利得税，待下一年度评定该课税年度的入息和应课缴的利得税后，然后作调整。调整时，该课税年度的暂缴利得税（已缴付）先用来抵减应课缴的利得税；倘有剩余，则用以抵减下一课税年度的暂缴税。
一般情况下，纳税人将会收到利得税缴纳税款通知书，并规定纳税人分两期缴纳税款。
(1)纳税方式
香港税务局采用个别人士综合报税表制度。物业收入须按物业拥有权的类别，以下列方式申报：
①个别人士全权拥有的物业
所有这类物业的详情，应申报在报税表——个别人士报税表（BIR 60）内。该报税表会按有关物业拥有人的个人税务档案发出。
香港税务局会对个别物业拥有人全权拥有的物业作出综合物业税评税。
②个别人士非全权拥有的物业
每个物业的详情，应各自申报在有关物业的报税表（BIR 57或BIR 58）内。香港税务局会按物业的相应档案向拥有人发出报税表。
香港税务局会对拥有人或共同拥有人（联权拥有人及分权拥有人）就每个物业作出物业税评税。
就某些由个别人士联权拥有或共同拥有的物业，香港税务局会向拥有人发出简单的通知信代替报税表，以复查其应否课税，并提醒他们履行须课税通知的责任。如该物业没有出租，就无须回复该通知信。如该物业已出租，拥有人只须在回条部分（“出租通知”）写明租约开始日期后将通知信交回香港税务局。
暂缴物业税首先是以估价（即，通常为本年度租金收入）作出评税，在纳税人填交报税表后，评税主任会根据确实数字进行最后的物业税评税，并扣减有关课税年度内已缴的暂缴物业税。暂缴税的评税方式与薪俸税和利得税的评税方式相近，同样是向纳税人发出一份分为两部分的评税通知书，其中包括有关课税年度的最后物业税评税和下一个课税年度的暂缴物业税评税。
(2)纳税期限
课税年度是由每年的4月1日至翌年的3月31日。例如2019/20课税年度即是由2019年4月1日起至2020年3月31日止的12个月。
香港税务局会就出租年度发出物业税报税表以供填报。一个课税年度的物业税报税表一般会于该课税年度后的四月份第一个工作日发出。通常纳税人需在报税表发出后的一个月内申报。根据《税务条例》，每位联权或分权拥有物业的拥有人均有责任在报税表上申报租金收入和缴纳物业税，责任与一位拥有全权物业拥有人承担的基本相同。
表31 纳税期限及缴税日期
| 通常申报期限 | 缴税日期 |
| 五月二日（五月一日是香港的公众假日） | 打印在评税通知书上的日期，通常在报税表发的同年的十一月及以后 |
由于暂缴物业税是根据估计而征收的税款，所以《税务条例》规定在若干情况下，税务局局长可批准纳税人暂缴全部或部分税款。纳税人若认为应付暂缴物业税款过多，可在指定时限内提出书面申请，暂缓缴纳全部或部分的暂缴税。书面申请必须在缴税日期二十八天前或评税通知书发出日期的十四天内送抵税务局长，两者之间以较迟者为准。
《税务条例》规定的若干情况包括：
(1)估计暂缴税课税年度的应评税值会比该年度的评估应评税值少10%以上（需要参看税单上列明的评估应评税值）；
(2)已不是有关物业的拥有人；
(3)已在暂缴税课税年度选择个人入息课税，并因此减少须缴纳的税款总额，或已就上年度的物业税评税提出反对。
(1)纳税方式
①个人申报
薪俸税的征收是根据每个应税年度内的应税收入计算。由于该年度的收入数额须待该年度结束之后才能完成结算，因此香港税务局会在该应税年度，先征收一项暂缴薪俸税，待下一年度评定该应税年度的收入和应纳薪俸税后再调整。
调整时，该应税年度的暂缴税（已缴付），先用来抵减当年的应纳薪俸税，如有剩余，则用以抵减下一应税年度的暂缴税。
②合并评税
已婚个人须负责他∕她本人有关薪俸税的一切事宜，包括填交报税表及缴纳评定的税项。如一对已婚夫妇的税务负担在分开评税下较在合并评税方式下所计算的多，可选择“合并评税”。
(2)纳税期限
应税年度是指每年的4月1日至翌年的3月31日。
①雇主
通常情况下香港税务局会在应税年度结束后向雇主发出雇主报税表（表格BIR56A）。雇主需要在该表格发出的1个月内将以下文件提交至香港税务局以申报在该纳税年度内发放给员工的总薪酬福利：
✱ 填写完整的表格BIR56A（一个雇主只提交一份该表格）；
✱ 填写完整的表格IR56B（此表格为每个在职雇员一人一张，按人申报）。
请注意，针对以下特殊情况需要提交不同的雇主申报表：
✱ 新入职雇员：雇主需要在入职前3个月内提交表格IR56E；
✱ 离职人员（离职后仍留在香港）：雇主需要在离职前1个月提交表格IR56F；
✱ 离职人员（离职后离开香港）：雇主需要在离职前1个月提交表格IR56G，并且自提交该表格起，不可向雇员支付任何薪酬，直至该雇员已经办妥离境清税手续并向雇主出示香港税务局发出的《同意释款书》，才可以向其支付扣存的款项。
②个人（雇员）
通常情况下香港税务局会在应税年度结束后的5月初发出个人所得税报税表（即“报税表--个别人士”-表格BIR60）。纳税人需要在该报税表发出后的1个月内将该表填写完成并提交给香港税务局。如遇特殊情况无法在期限内提交，纳税人需要向香港税务局提出书面延期申请，税务局有权决定是否接纳该延期申请。
香港税务局在个人报税表提交后数月内向纳税人发出评税通知，一般情况下会规定纳税人可以分两期缴交应纳税款。
另外，针对离职并且离开香港的个人，需要在离港前至香港税务局填写该离境年度的个人报税表并清缴税款（离境清税），无需等待应税年度结束再办理。
(1)纳税期限
应税年度是指每年的4月1日至翌年的3月31日。
如选择以个人入息课税方法计税的申请，须于有关应税年度终结后两年内，或于该应税年度构成个别个人收入总额一部份的有关收入或利润评税，在根据《税务条例》第70条的规定在最终评税决定后一个月内，以书面提出，两项期限中以较后者为准。
(2)个人入息总额的计算和免税项目
个人入息总额的计算，就是先将各类应评税入息收入项目累计相加，先扣除因选择个人入息课税而获扣减的若干利息支出，就是法定的“入息总额”，再在这个法定的“入息总额”上减去居所贷款利息、长者住宿照顾开支、退休计划供款、供养兄弟姐妹或伤残人士等多个项目后的净额，便可作为评税和计算应缴纳税款之用。
个人免税项目主要有：基本免税额；已婚人士免税额；照顾子女免税额；供养父母免税额；供养祖父母或外祖父母免税额；伤残受养人免税额；供养兄弟姐妹免税额等。（详细见薪俸税中的减免税内容）。
(1)纳税方式
差饷每年分4季缴纳。缴纳人通常会于季初收到“征收差饷通知书”，并须在征收通知书所列明的“最后缴款日期”或之前清缴有关款额。“最后缴款日期”通常是每季的第一个月，即一月、四月、七月及十月的最后一天（星期六、星期日及公众假期除外）。
差饷纳税人可循多种途径缴交差饷，包括银行自动转账、缴费灵、自动柜员机、电子缴费服务站、互联网、以邮递方式或亲身到126家邮政局（流动邮政局除外）的任何一家缴款。
(2)纳税期限
①预交差饷
✱ 每季初，按季预先缴交该季度的差饷。即在每季第一个月内向署长缴交，即每季度的首个月月底，即1月31日、4月30日、7月31日及10月31日；或
✱ 按署长决定的其他次数缴交。
②如因临时估价须缴差饷，须由下述日期起缴交：
✱ 估价生效之日；
✱ 首次征收差饷通知书发出日期前的24个月（通知书由署长向有法律责任缴交差饷的人发出），两者以其后者为准。
(1)纳税方式
应课税货品自进口运输工具或保税仓运往香港时须缴付税款。海关负责评估应课税货品的税款。海关将在纳税人交付税款后发放已完税货品移走许可证。
任何携有不合资格享有免税优惠或超逾豁免数量应课税品的抵港旅客，必须使用红通道向海关人员申报和缴纳相关税款。
(2)纳税期限
应课税货品的税款须在下列时间缴付：
①如货品是进口的，且不会移往保税仓，则须在货品从运载进口的船舶、飞机、铁路列车或车辆移走之前缴付税款；
②如货品是在香港种植、生产或制造的，且不会移往保税仓，则须在货品从其种植、生产或制造的处所移走之前缴付税款；
③如货品是存于保税仓的，且不会移走以供出口或移往另一保税仓，则须在货品从保税仓移走之前缴付税款，但关长可以：
✱ 在税款到期缴付时，宽限一段不超逾6星期的合理期限或关长容许的其他期限，以缴付税款；
✱ 要求获批予宽限期的人，以关长规定的现金或保证书提供缴付税款的保证，作为批准上述宽限期的先决条件。
虽然印花在一般情况下涉及税金相对较低，但其罚款金额最高是相关印花税款的10倍（延迟多于两个月），因此是一个不能忽视的税种。
(1)纳税方式
一直以来都是在文书送呈印花税署加盖印花及缴付所需税款时，在文书表面显示。于2004年8月2日起，印花税署在某些情况下可以纸张或电子记录的方式发出加盖印花证明书。
此外，《印花税条例》第18B条容许在指明的有限情况下在文书的副本上有效加盖印花。因此，如果印花税是按文书上述明的代价计算，印花税署署长一般无需作出任何印花税评税。
若当文书呈交印花税署加盖印花时，转让不动产或证券时的价格或市场价格未能确定（例如赠予），以及所转让的物业或证券的价值超越所申报的代价，印花税署署长便会在日后发出一份印花税通知书，知会纳税人应付的税款。
如果纳税人不同意评税结果，可向区域法院提出上诉。
(2)纳税期限
在香港签订的成交单据需在签订后两天内缴纳印花税，而在香港签订的证券转让文书需在签订前缴纳印花税。除该两种情况外，一般情况下，印花税的纳税期限为签订应税文书后30天内。
表32 各类应税文件纳税期限
| 应税文件类别 | 应税文书 | 纳税期限 |
| 第一类 | 临时买卖协议 | 30天 |
| 正式买卖协议 | 30天 | |
| 售卖转易契 | 30天 | |
| 租赁合同 | 30天 | |
| 第二类 | 成交单据（香港签订） | 2天 |
| 成交单据（海外签订） | 30天 | |
| 证劵转让文书（香港签订） | 签订前 | |
| 证劵转让文书（海外签订） | 30天 | |
| 第三类 | 不记名文书 | 30天 |
| 第四类 | 文书的复本及对应本 | 30天 |
如纳税人未能在以上纳税期限缴纳相关印花税，其罚款金额为印花税额之4倍（延迟少于两个月内）至10倍（延迟多于两个月），所以上述期限应予以特别关注。
《商业登记条例》规定，任何在香港经营业务的人士，均须在开业后1个月内，为业务申请商业登记，并将有效的商业登记证在营业地点展示。如登记资料有所变更，经营者须在1个月内以书面形式通知香港税务局局长。
对于已登记的业务，商业登记署会在现有商业登记证有效期届满前约1个月内发出商业登记缴款通知书。经付款后，该缴款通知书便会成为有效的商业登记证。如纳税人收不到该缴款通知书，纳税人应在现有商业登记证有效期届满后1个月内，以书面形式通知税务局局长。
商业登记署不接纳尚未开始经营业务的商业登记申请。
现有业务申请豁免缴付商业登记费及征费，要在现有商业登记证有效期届满的1个月前递交。如属新开业务，则申请应在提交商业登记申请后1个月内递交。
申请人会获书面通知其申请结果。如获批准豁免，香港税务局会连同复函发出“注明批给豁免的商业登记证”。申请人在未有接获通知前仍须依期缴付商业登记费及征费。
豁免只在提出申请时才会批复，并有效至“注明批给豁免的商业登记证”有效期届满止，为期1年。其后每年必须根据当时所生效的豁免条件及申请程序重新提出豁免申请。
(1)纳税方式
首次在本港登记的车辆，须缴付首次登记税。车辆只可以用个人或注册公司名义登记。个人车主必须年满十八岁。倘若以有限公司名义登记车辆，除填写该公司的注册名称及地址外，还应由该公司所指定的人士签署声明。
拖车亦须办理登记手续，程序与汽车相同；但有若干例外，例如拖车车主无须缴付首次登记税，也不必出示第三者风险保险单或临时保单。
运输署在接受一辆汽车登记后，便会编配一个车牌号码及发出一份载有该车细节的车辆登记文件予登记车主。车辆登记后，须领取牌照。登记车主将获得给一个车辆牌照（行车证），并须张贴于车头挡风玻璃的左方；至于电单车及无挡风玻璃的车辆，行车证须展示在车辆前面左方的显眼处。
(2)纳税期限
有关纳税期限，如下表所示：
表 33汽车首次登记税纳税期限
| 序号 | 适用人士 | 纳税期限 |
| 1 | 登记车主和注册分销商（如适用） | 在汽车首次登记后6个月内在车上安装的配件，及／或为该汽车取得任何应课税保证的详情向香牌照事务所申报，并就汽车增值而缴付首次登记税附加税。 ·申报须在装上配件后5个工作天内：或 ·于订立应课税保证合约日期后的5个工作天内办妥。 |
| 2 | 进口车辆人士 | 在车辆进口14日内，向香港海关作出准确及全面的进口申请，并在30天内向香港海关提交进口申报表。 |
| 3 | 注册进口商/进口汽车自用的人士 | 进口供本港使用的汽车时，须在汽车进口30天内及最迟在交付汽车5个工作天前，向香港海关提交进口申报表。 |
| 4 | 注册汽车分销商 | 在出售或分销供本港使用的汽车时须公布所出售或分销汽车牌子和型号的零售价目表。最迟在公布零售价7天前，把价目表送交香港海关。 注册汽车分销商因不是车辆的首次登记人，除申报价目表外，其没有申报缴纳税款责任。 |
赛马投注举办商须于每一课税期结束后3个月内，向税务局局长呈交一份符合指明格式的申报表，列出该举办商从举办获批准赛马投注而就该课税期取得的净投注金收入。
该申报表须附有：（1）一份符合指明格式的财务报表，该报表须显示该申报表列明的净投注金收入是如何得出的并经合资格人士审计；（2）另一份由该合资格人士拟备的审计报告。
须缴付税款的乘客如拟乘搭某经营商的飞机离开香港，须向该经营商缴付税款，而该经营商须收取该等税款，并将税款付予库务署署长。
(1)纳税方式
①经营商就乘客须付予他的税款而随后须缴付的税款数额，由民航处处长评定。
②民航处处长在根据《飞机乘客离境税》第7条第（1）款评定税款数额时，不受根据《飞机乘客离境税》第6条呈交的申报表的资料所约束，而可使用他认为适当的其他评定方法作为补充或替代。
③除《飞机乘客离境税》第7条第（6）款另有规定外，经营商须在民航处处长发出付款通知书的日期后30天内，将根据《飞机乘客离境税》第7条第（1）款评定的税款数额付予库务署署长。
④如税款数额未有在《飞机乘客离境税》第7条第（3）款所指的期限内缴付，则当作为拖欠，而民航处处长可行使酌情决定权下令加征不超过拖欠税款数额的百分之五的款项，并与该笔拖欠税款数额一并追讨。
⑤凡任何税款数额在当作拖欠之日起计不少于6个月期内一直拖欠，则民航处处长可行使酌情决定权下令就以下两项未付款额的总额，加征不超过该总额百分之十的款项，并与上述未付款额一并追讨：
✱ 拖欠税款数额；
✱ 根据《飞机乘客离境税》第7条第（4）款加征的款项。
⑥尽管《飞机乘客离境税》第7条第（3）款已有规定，如民航处处长认为当时并无令他满意的安排以便经营商根据《飞机乘客离境税》第7条第（3）款缴付根据《飞机乘客离境税》第7条第（1）款评定的税款数额，则可用口头或书面要求经营商在其飞机离开机场之前，先将税款数额付予库务署署长。
⑦经营商依照《飞机乘客离境税》第7条第（3）、（4）、（5）或（6）款缴付任何款额，并不因此而阻止。
✱ 民航处处长在觉得经营商须就某段期间缴付更多税款数额时，就该笔税款数额作进一步评定并根据《飞机乘客离境税》第7条第（3）款发出付款通知书；或
✱ 经营商要求退还他多付的款额，但必须有证据令民航处处长相信他确曾多付该款额。
(2)纳税期限
每名拟在机场乘搭飞机离开香港的乘客，均须在为该目的而登上飞机之前，依照《飞机乘客离境税条例》缴付所列适当款额的飞机乘客离境税。
乘客如已就某次离港行程缴税予经营商，而后来没有乘搭飞机离开香港，所缴税款须由经营商退还。
印花税署署长负责收取酒店房租税。
每所酒店的所有人，均须在每个季度终结（即每年9月30日、12月31日、3月31日及6月30日）后14天内，就每个季度的房租收入向香港税务局申报缴交相关酒店房租税项。
同时，该酒店的经理须在一份列明酒店所有人在所缴交税项有关的期间内所收取的房租总额的申报表上签署，进行申报。
在“酒店房租税”税率为0%期间，酒店和宾馆无须就客人住房所得收入缴纳“酒店房租税”，也无须向香港税务局提交“酒店房租税”报税表。
房租总额的申报表中，若在“酒店房租税”税率为0%期间，则无须向香港税务局提交“酒店房租税”报税表。
(1)审核三步骤
①案头审核
案头审核指审查经自动评税的个案。在案头审核的过程中，尽管评税人员应专注审查该个案被选取的风险范畴，然而他们仍会对个案作全方位审查，以确定纳税人所申报利润和收入是否正确。当需要纳税人澄清时，评税人员会作出书面查询，纳税人须遵照评税人员所发的通知书办理，提交所需资料。
②实地审核
税务局于1991年6月成立实地审核组后，开始对纳税人的业务作实地审核。2000年4月，实地审核组和调查科合并为现时的实地审核及调查科。当发现纳税人做出违规行为或有不遵守税务规定的迹象，通常会展开实地审核。实地审核人员除审查纳税人的会计账簿和记录外，还到纳税人的营业处所执行查访工作，以确定报税表资料是否正确。这种审核方式令税务局人员更充分了解有关业务的运作情况，有助查出涉嫌逃税或避税案件，同时也突显了税务局的执法形象，鼓励纳税人提交正确的报税表。
审核工作的焦点一般放在最近期已提交报税表的课税年度上。若情况合适并得到纳税人的同意，实地审核人员会根据实地审核的结果，推算过往课税年度的差额。其他确定短报数额的方法也会用上，以确定所涉年度的短报利润款额。
③调查
税务调查指深入审查涉嫌逃税个案。税务局会对逃税的纳税人采取惩罚行动。调查涵盖的期间通常是由展开调查时的课税年度起推前6个课税年度。若属有欺诈成分或蓄意逃税的个案，调查涵盖的期间则会扩展至推前10个课税年度。
(2)实地审核和调查的程序
①选取个案
实地审核及调查科的工作，主要集中在明显不守法规的领域。一般而言，该科并无固定的准则以选取个案。实地审核和调查人员会在一定程度上根据专业经验和对行业的认识，应用先评后核系统选取个案。他们也会以随机方式选取个案，以促使纳税人自愿遵守税务规定。然而，若发现有以下不守法规的特征或迹象时，实地审核和调查工作即可能开展：
✱ 核数师在核数报告里表示对某法团的业务账表持极度保留的意见；
✱ 营业销货额或盈利水平不合理地偏低（考虑因素包括：业务性质、地点及顾客类别等）；
✱ 持续不提交或迟交报税表；
✱ 没有备存恰当的业务记录；
✱ 没有提交评税主任所要求的重要资料。
此外，当审核或调查结果显示某个行业普遍地存有不守法规的情况时，实地审核及调查科一般会以重点侦查的形式对有关的行业进行实地审核和调查。
②通知
被确定为实地审核或调查对象的纳税人通常会先收到书面通知。税务局人员会在通知书上说明初步会对哪一个课税年度作出复核，并会要求纳税人安排一个双方都方便的时间和地点作首次会晤，以及提醒纳税人可带其代表一同出席首次和以后的会晤。
当纳税人就会晤安排作出响应时，实地审核人员或调查人员通常会询问纳税人其所保存的账簿及记录的类别，同时会告诉纳税人在会晤时须提供的账簿和文件。
③首次会晤
在这阶段，实地审核或调查人员寻求对纳税人的业务运作及个人事务作深入了解。为此，实地审核或调查人员会邀请纳税人出席首次会晤。
会晤目的是要寻找事实的真相。至少会有2名税务局人员出席会晤。实地审核或调查人员会向纳税人解释《税务条例》所载的罚则，并会要求纳税人指出报税表上的错误。纳税人也会被要求说出隐瞒或漏报利润或入息的方法。税务局会容许纳税人在合理时间内拟备经修订的财务报表和计算所短报数额。
税务局重申，实地审核或调查范围通常不会局限于纳税人在首次会晤时披露的某些事项。纳税人可能会因为忘记或仍对披露存在未报情况，而没有透露所有在税务上的违规事项。如属对披露有保留者，税务局会采取严厉态度处理任何蓄意不披露完整资料的情况。
纳税人为了显示合作诚意，可以在首次会晤时，估计所短报数额，并主动及完全出于自愿地将一笔足以抵偿其估计所短缴税款的按金给予税务局。这种做法在评定罚则时会纳入为减轻惩罚的考虑因素。因此，纳税人宜先复核其报税表，才出席首次会晤。纳税人缴付按金的目的绝非用以支付罚款，而税务局接受纳税人给予的按金，并不表示税务局局长不会行使其获赋予向纳税人提出检控的权力。
《税务条例》第4条载有严格的保密条款，以保障纳税人的资料绝对保密。因此，虽然纳税人可邀请任何人士协助或陪同出席会晤，但纳税人必须向税务局提供书面声明同意这第三者列席。如纳税人聘用专业人士为代表，必须向税务局提交委托通知书。
首次会晤后，实地审核或调查人员会整理会晤记录，然后发给纳税人，以供评论及确认。纳税人如对会晤记录内容有不同意之处，须尽快以书面形式通知实地审核或调查人员。由于该会晤记录的内容可能会在日后的程序上被引述，纳税人为保障本身利益起见，应作出响应。
④搜集记录和资料
首次会晤后，实地审核或调查人员可根据《税务条例》第51（4）（a）条所赋予的权力，向纳税人发出通知，要求提交业务账簿及记录以供审查。《税务条例》的第51C条要求纳税人备存适当的业务记录，并在有关交易完结后，将记录保留为期至少7年。这条文于1995年经过修订，明确规定经营业务者最低限度须备存哪些业务记录，以及将不遵守这条文规定的最高罚款提高至10万港元。如纳税人未能提交有关记录，则可能会因不守法例而被检控，或被税务局要求缴付罚款以代替检控。若实地审核或调查人员到纳税人的营业处所执行实地查访工作，则可更深入了解纳税人业务的运作情况及会计记账方法。
实地审核或调查人员可能会根据第51（4）（a）条发出通知书，要求纳税人提供关于业务及个人财务事宜的进一步资料，并附上证明文件。纳税人须在“合理时间”内回复。一般而言，通知书上会注明回复时限为1个月。若纳税人以书面要求延长遵办时限，通常都会得到批准。纳税人如只备有实地审核或调查人员所需的部分资料，应将该部分先行递交，不应延搁；如有需要，可要求推迟提交其余资料的时限。
⑤了解审核或调查
a.由实地审核或调查人员拟备结案基准
当实地审核或调查人员制定解决方案后，便会知会纳税人，并安排会晤来商讨解决个案。在会晤中，实地审核或调查人员会向纳税人解释有关审核或调查结果及计算差额（即少报或漏报的应计税利润或入息）的方法。在解释计算方法及技术性问题方面，税务代表当能提供积极的协助。实地审核或调查人员会告知纳税人及其代表，如对提议的解决方案及计算方法有任何意见或建议，可提出予税务局考虑。任何争议的事项都会在会晤中全面地讨论，以求达成双方都同意的解决方案。
b.由纳税人或税务代表建议解决方案
税务代表或纳税人在计算出漏报的利润后，应向税务局提交了结个案的建议书，以及在可能情况下，一并提交经修订的财务报表，以供税务局考虑。该建议书应附有一份报告，详列拟备有关建议书所采用的准则。该报告应包括下列的资料：
(a)税务代表已考虑的资料；
(b)税务代表审核纳税人的业务账簿；
(c)税务代表未能对某方面的资料加以核证的程度；
(d)税务代表如何处理未能确定及存有疑问的项目。
税务代表的详细分析及工作草稿亦也交予实地审核或调查人员审查。
该建议书必须附有纳税人签署的证明书，证明就纳税人所知所信，该建议书已毫无保留地列出他在《税务条例》下全部应课税的利润。纳税人须获告知处罚方面将会根据《税务条例》的规定分开考虑。
⑥中期会晤
在实地审核或调查的过程中，实地审核或调查人员会与税务代表及纳税人保持联络，以及在适当时候，安排会晤以讨论实地审核或调查的进度和结果，以及商定厘订应计税利润的基准。透过交换意见及资料，双方或可在互相让步下达成了结个案的协议。若未能就了结个案达成协议，实地审核或调查人员会发出适当的估计评税，以便纳税人能按照《税务条例》内有关反对及上诉的规定跟进其个案。
⑦了结个案协议
如能就差额达成协议，纳税人会在一名证人（通常为其税务代表）的见证下签署了结个案表格。该表格会列明每个有关审核年度的补加计税利润或入息（即已申报利润与审核后双方同意的利润的差额）。该表格通常会另加一附页，详细列明在了结个案时由实地审核或调查人员建议并经纳税人同意的调整项目计算方法。
该了结个案表格只涵盖纳税人在有关年度的基本税务责任。表格上清楚说明接受指定补加计税利润或入息，并不表示事件已告终结。个案还有待呈交税务局局长或其授权的高级人员考虑适当的罚则。在这一方面，实地审核或调查人员会提醒该纳税人，当同意有任何短报利润或入息时，即有可能被处以《税务条例》第80、第82或第82A条所载的罚则。
如在审核的过程中，发现纳税人未有遵守《税务条例》的其他规定（例如备存有关业务记录或通知局长其须课税的规定），实地审核或调查人员也会提醒该纳税人有关的条文。
对于没有遵守《税务条例》中所规定的纳税人，如他们未能提出合理辩解，或是蓄意逃税，税务局将会采取罚则行动。至于怎样才能构成合理辩解，则需根据个别案情而定。
香港《税务条例》并没有要求纳税人委任税务代表来处理税务申报事项。对于一些税务责任大和业务较为复杂的情况，纳税人会选择委任执业会计师、税务师或法律顾问等专业人员，作为税务代表来筹划和处理税务事宜。香港税例是以普通法和判例法作为基础，商业经营环境的多样化，使得法例不能将交易情况全部详列于条文内，企业往往需要有丰富经验和专业知识的执业会计师、税务师作为其税务代表，来处理日常税务和财税等方面的筹划事宜。
税务代表的功能和责任，有别于内地税务代理人的责任。香港税务代表，除需要为纳税人进行税务申报和税负计算外，还需要根据情况，在每个纳税年度为纳税人申请税收申报期限的延期、作为与香港税务局的主要沟通代表，与评税主任交涉有关纳税人的税务问题或争议，其专业上的要求和为纳税人带来的经济价值，是和执业律师及法律顾问相似的。
纳税人可以选择自行申报和处理其税务事宜，而并不一定需要委任税务代表来处理其税务申报事宜或作为与香港税务局的沟通桥梁。但由于税务代表拥有税务法规的专业知识和经验，往往能为纳税人提供多样的可行处理方法；再加上税务局官员或评税主任不会直接与纳税人面见，或在税务争议时作意见交流，税务代表的实操处理经验，常能在个案处理中扮演重要角色。因此，较多纳税人选择通过税务代表处理相关申报税务的事宜。
利得税延期申报（Tax Filing Extension），是税务代表在每个应税年度需要为纳税人处理的第一个重要事项。每年4月1日香港税务局会向企业发出利得税申报表，由于会计师通常不能在每年4月底前完成对账项审核并呈报所有客户的会计报表，税务代表将为纳税人向税务局提出申请延期申报，并呈报有关客户的详尽名单。通常该税收申报的延期可在提出申请后自动获得批准。
对没有履行《税务条例》有关规定义务的纳税人，通常是采用征收罚款来进行处罚；对许多需要提出检控的行为或案例，也经常会以惩罚代替检控；当纳税人出现欺诈与蓄意逃税行为，就会以最严厉的惩罚条文作出检控，如果其行为触犯相关刑事责任，最高罚则可为监禁。根据《税务条例》第80条规定，纳税人若出现以下5种情况而没有合理解释的，都属于违法：一是通过漏报或少报某些资料而提交不准确的报税表；二是在申请扣除额或免税额时做出不准确的陈述；三是对其本人或其他人士所须缴付的税项提供不实资料；四是没有在规定的期限内提交报税表；五是没有遵照《税务条例》第51条规定，通知税务局局长有关其本人的应课税入息。
需要补充说明的是，对上述5条违法行为的处罚，不仅限于实际违反法规的本人，任何协助、教唆或煽动他人违反上述规定的人士，也会受到相同的惩罚，包括有关事务所等专业顾问。
(1)以罚款代替检控
对于纳税人不履行《税务条例》所规定的义务,及在纳税人没有欺诈或蓄意逃税动机的情况下，香港税务局通常按下列情况对纳税人征收罚款，以惩罚代替检控。
表34 不同违规情况适用的罚款额
| 等级 | 适用罚款额 （单位：港元） |
违规例子 |
| 1 | 2,000 | 漏报或不提供报税表、提供雇员资料、有关物业拥有权变更等。 |
| 2 | 5,000 | |
| 3 | 10,000 | |
| 4 | 25,000 | 任何人士再次未能在指定期限内提供资料或补文税务申报等 |
| 5 | 50,000 | 任何人没有按保存会计和经营记录、不遵守法院命令等 |
| 6 | 100,000 |
香港税务局可在发生违规情况的应纳税年度终结后的6年内追究和处理上述惩罚。
(2)以“评定补加税”代替检控
在考虑过纳税人的陈述（如纳税人曾作出陈述），如纳税人仍然被认为没有合理的辩解且违犯被指称的违例事项的，香港税务局可对该纳税人处以“评定补加税”方式的征收行政罚款。一般来说，香港税务局会根据《税务条例》第82A条的规定征收罚款。通常根据个案的情况可分为以下三类：一是利得税个案；二是薪俸税及物业税个案；三是个人入息课税个案。香港税务局有可能就上述三类个案进行实地审核和调查。实地审核和调查会增加有关个案被判罚补加税的机会，并会对评定其罚款额有重大影响。
香港税务局也会要求纳税人就建议的补加税评税呈交书面陈述，纳税人在通知书送达日期起计的21天内需要作出陈述。另外，纳税人被评定补加税款后，有权在补加税评税通知书发出日期起计1个月内向税务上诉委员会提出上诉。
“评定补加税”的处理一般适用于不涉及蓄意逃税的违例事项。香港税务局如对纳税人作出补加税款评定后，便不可以再引用《税务条例》第80（2）或第82（1）条来检控该纳税人。“评定补加税”的最高罚款额为少征收税款的三倍。
(3)税收检控
香港税务局对纳税人的欺诈与蓄意逃税行为，会以最严厉的惩罚条文作出检控。如其行为触犯相关刑事责任，最高罚则可为监禁。罚款及监禁的轻重会根据违法行为的严重程度而定。然而，并非每宗被查出的欺诈及蓄意逃税案例的当事人都会被判刑事责任而入狱。根据香港税务局的指引，以下是一般对欺诈与蓄意逃税行为的惩罚：
①任何人有以下行为且无合理辩解：
填报不正确的报税表；作出不正确的陈述；提供不正确的资料；未按时提交报税表；或未把应课税事项通知香港税务局。违犯有关罪行可处10,000港元及少征收税款三倍的罚款。
②任何人蓄意逃税或协助他人逃税：
在报税表中漏报任何应填报的款项；在报税表中作出虚假的陈述或记项；在申报扣除项目或免税额方面作出虚假的陈述；签署不属实的陈述或报税表；在回复按照《税务条例》的规定而提出的问题或索取资料时给予虚假的答复；编制或备存虚假的账簿；或使用欺骗等手段逃税。
违犯有关法律可处50,000港元、少征收税款3倍的罚款以及监禁3年。如经简易程序审讯的，可处10,000港元、少征收税款3倍的罚款以及监禁6个月。
(4)税款利息
根据《税务条例》第75（1）条，“到期须缴付的税款，可作为欠政府的民事债务予以追讨”。因此，在纳税人反对或上诉期间，获缓缴的直至反对或上诉个案终结的税款，在有关个案被撤回、或获最终裁定成为须缴付税款时，纳税人应缴付相关税款的同时，还需要交纳相关税款的利息。而根据该《税务条例》第71条第（11）款的规定，“为第（9）（e）（ii）及（10）款的施行而指明的利率，须是终审法院首席法官根据《区域法院条例》（香港法例第336章）第50条而厘定，并在宪报公布的利率”。在宪报刊登的公告，用于计算有关利息金额的利率如下：
表35 计算税款利息的利率表
| 有效日期 | 年利率 |
| 2019年4月1日起 | 8.125% |
| 2019年1月1日 | 8.088% |
| 2009年4月1日 | 8.000% |
| 2009年1月1日 | 8.192% |
| 2008年10月1日 | 8.250% |
| 2008年7月1日 | 8.353% |
| 2008年4月1日 | 9.398% |
| 2008年1月1日 | 10.420% |
| 2007年4月1日 | 10.750% |
| 2007年1月1日 | 10.934% |
| 2006年10月1日 | 11.000% |
| 2006年7月1日 | 10.921% |
| 2006年4月1日 | 10.711% |
| 2006年1月1日 | 10.088% |
| 2005年10月1日 | 9.234% |
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