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两个关联企业之间通过一项或多项交易订立或施加某项条款，该条款与非关联企业之间订立或施加的条款不同，使交易中的一方获得与香港税项有关的潜在利益（即为“获益人”），则就香港税项而言，获益人的收入或亏损须在视为订定或施加独立交易条款而非该实际条款的情况下计算。在此视为订定或施加独立交易条款的情况下计算所得的收入或亏损，为独立交易款额。
如获益人未能证明其申报的收入或亏损即为独立交易款额，香港税务局可以按照独立交易款额对获益人作出评税、补加评税、减少其亏损金额等转让定价调整。
第46号税务指引采用了OECD指南规定的传统以交易为基础的转让定价方法（即可比非受控价格法、再销售价格法、成本加成法）及以利润为基础的方法（即交易净利润法以及利润分割法）。
第46号税务指引并未将交易净利润法及利润分割法视为最后被选用的方法。但规定转让定价方法的选取旨在为每一个案例选用最合适的方法，且应考虑可比性分析及数据获取。然而，指引也提及，当以交易为基础的方法及以利润为基础的方法均适用时，应优先选用以交易为基础的方法。
如果传统的转让定价方法不适合实际情况，企业可以采用OECD指南没有描述的方法（“其他方法”）确定公平交易价格。然而，如果采用了其他方法，那么该方法的选取必须有资料加以支持，这些资料应解释所采用的其他方法较传统方法更为适当的原因。
不论是否已对获益人作出评税，或是否已就该人发出亏损计算表，香港税务局均可向获益人发出通知，要求该人在该通知注明的合理时间内，证明可以使香港税务局相信该人的报税表所申报的该人的收入或亏损的款额属独立交易款额。
如获益人未能证明其申报的收入或亏损即为独立交易款额，则香港税务局须估算出一个数额，作为独立交易款额，并在考虑该估算数额后：
⑴对该人作出评税或补加评税；
⑵对该人发出亏损计算表，或修改该人的亏损计算表，以减少亏损数额。
如获益人能够证明与香港税务局所估算数额不同的另一数额同样可靠地（或更可靠地）反映独立交易款额，则以该数额为独立交易款额。
根据独立交易款额作出的转让定价调整，存在以下宽免：
(1)不涉及外地税项的宽免（针对获益人）：获益人在香港税项方面由实际交易而获得潜在利益，如果其在该交易中所产生的收入或亏损已按独立交易条款的基础予以计算，且交易对方产生的收入或亏损也按规定计算香港税项，则可以不对获益人作转让定价调整；
(2)涉及外地税项的宽免（针对受损人）：获益人在有安排地区的外地税项方面获实际交易条款赋予潜在利益，而其交易对方即受损人产生的收入或亏损就香港税项被计算，如受损人依据在有关税收协定（或税收安排）下的相互协商程序的条文提出申索，则应按照该条文已适用的情况下计算受损人香港税项下的收入或亏损。
香港税收协定（或税收安排）第7条“营业利润”规定了在归属常设机构的利润时，应将其视为根据独立交易原则营运的独立企业。根据该方法，香港的常设机构会被当成一个独立的实体，且对其关联交易会根据转让定价原则来进行分析。然而，需要注意的是，香港与内地、比利时和越南等签署的税收协定（或税收安排）在确定常设机构的利润时，不计算总部与分公司之间佣金、特许权使用费或利息（银行企业除外）的支出或收入。但第46号税务指引并没有明确表明，在对待与香港未有签署税收协定（或税收安排）的国家（地区）企业的常设机构时，上述独立实体的方法是否会凌驾于《税务规则》第5条8。在香港企业与其税收协定（或税收安排）另一方的关联企业之间的交易不符合独立交易原则时，香港税收协定（或税收安排）第9条“联属企业”赋予了香港税务局对其进行转让定价调整的权力。在这种情况下，香港税务局有权调高香港企业的利润，使其符合独立交易原则。需要注意的是“联属企业”这一专有名词在税收协定（或税收安排）中并没有具体的认定标准。
根据香港税收协定（或税收安排）第9条，当位于缔约另一方的关联公司受到转让定价调整时，香港企业可以要求香港税务局对其利润进行适当调整，以避免双重征税。香港税务局在第45号税务指引中表示，只有当其在原则上同意该调整及所调整的数额时，才会进行“适当的调整”。因此，当处理按照税收安排第9（2）条进行处理的要求时，只有当缔约另一方已对非公平交易进行纠正调整并且调整数额符合独立交易原则时，香港税务局才会考虑进行相应的适当调整。
当避税是“唯一或主要目的”时，香港税务局有权根据《税务条例》第61A条的反避税条款，进行转让定价调整，以抵消纳税人通过不符合独立交易原则的交易而取得的税务利益。
第46号税务指引内容包括重点讨论没有商业目的通过关联交易作出避税行为的税务计划。香港税务局清楚指出若企业通过转让定价将利润转移到海外公司，将会行使第61A条抵消所获得的税务利益。若此等税务计划有不诚实或蓄意瞒税的意图，税务局会处以高达300%罚款。
尽管第61A条可能适用于任何公司间关联交易，无论是跨境还是境内的，香港税务局仍需证明避税是该交易的“唯一或主要”目的。这一要求可能在实际操作上会限制第61A条的适用性，因为香港税务局不可以只是简单假设那些不符合公平原则交易的案例都是以避税为“唯一或主要”目的。
香港税务局认为其同样有权根据《税务条例》第16（1）条和17（1）（b）条实施独立交易原则。通常情况下，第16（1）条允许扣除为产生应税利润而发生的费用及开支，而第17（1）（b）条则不允许扣除并非为产生应税利润而发生的费用。香港税务局在第46号税务指引中的立场是，其有权根据上述两项条款，不允许扣除支付给关联公司的不符合独立交易原则的支出，因为上述支出的目的不是为了纳税人的营运，而是接受方的营运。
第46号税务指引中表明，可以根据《税务条例》第20（2）条，对依照转让定价方案被转移给“有密切联系”的非居民企业的利润予以评税。第20（2）条是目前《税务条例》中明确提及转让定价的条款。根据该条款，如果一家香港企业与其非居民关联企业的交易不符合独立交易原则，导致该香港企业的利润少于通常可预期的利润，则香港税务局可将该非居民企业与香港关联企业的交易视为在香港经营的业务而进行评税，该香港企业将被视为非居民企业的代理人。
尽管第20（2）条可以广泛用予处理不符合独立交易原则的交易，由于该条款具有对非居民企业强制征税这一不常见的处理方法，使得香港税务局在实际操作中极少使用该条款。鉴于第46号税务指引并没有提及香港税务局应用该条款的方式及适用范围，香港税务局是否会应用第20（2）条来处理转让定价问题仍需视实际案例而决定。
