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相互协商程序（Mutual Agreement Procedure, “MAP”），是指双方主管当局根据税收安排有关条款规定，与缔约对方主管当局之间，通过协商共同处理涉及税收安排解释和适用问题的过程。
目前内地和香港税收安排相互协商程序的法律条款依据，主要是《国家税务总局关于发布<税收协定相互协商程序实施办法>的公告》（国家税务总局公告2013年第56号）、内地和香港税收安排第二十三条相互协商程序。
当一人认为，缔约一方或者双方所采取的措施，导致或将导致对其不符合本安排规定的征税时，可以不考虑各自内部法律的补救办法，将案情提交本人为其居民的主管当局；该案情必须在不符合本安排规定的征税措施第一次通知之日起，三年内提出。
上述主管当局如果认为所提意见合理，又不能单方面圆满解决时，应设法同另一方主管当局相互协商解决，以避免不符合本安排规定的征税。达成的协议应予执行，而不受各自内部法律的时间限制。
双方主管当局应通过协议设法解决在解释或实施本安排时所发生的困难或疑义，也可以对本安排未作规定的消除双重征税问题进行协商。
双方主管当局为对以上各款达成协议，可以直接相互联系。为有助于达成协议，双方主管当局的代表可以进行会谈，口头交换意见。
税收安排中的协商程序条款授权了缔约方主管当局通过相互协商来解决在解释或实施税收安排时发生的困难或疑义。相互协商程序的启动要历经两个阶段，第一阶段是纳税人向其居民方主管当局就缔约一方或双方已导致或将导致不符合税收安排规定的税收措施提出异议，主管当局收到纳税人提交的案情后，对案情进行审查；第二阶段是主管当局认为纳税人提出的异议合理并且不能单方面圆满解决的，则启动相互协商程序，通知另一方主管当局，并展开谈判。
为正确适用税收安排，避免双重征税，解决执行中出现的争议，维护本地居民的合法利益，执行税收安排相互协商程序条款规定时，按《国家税务总局关于发布<税收协定相互协商程序实施办法>的公告》（国家税务总局公告2013年第56号）（以下简称“《办法》”）办理。该《办法》适用于中华人民共和国政府对外签署的避免双重征税协定以及内地与香港特别行政区、澳门特别行政区签署的税收安排（该《办法》中统称税收协定）。《办法》主要针对第一阶段，也就是纳税人如何申请启动阶段而制定的程序性规范。《办法》对申请启动相互协商程序的适用主体、情形、申请时限以及税务机关如何受理申请和反馈结果等问题进行了规定。《办法》的主要条款如下：
“第二条本办法所称相互协商程序，是指我国主管当局根据税收协定有关条款规定，与缔约对方主管当局之间，通过协商共同处理涉及税收协定解释和适用问题的过程。相互协商程序的主要目的在于确保税收协定正确和有效适用，切实避免双重征税，消除缔约双方对税收协定的解释或适用产生的分歧。
第三条相互协商的事项限于税收协定适用范围内的事项，但超出税收协定适用范围，且会造成双重征税后果或对缔约一方或双方利益产生重大影响的事项，经我国主管当局和缔约对方主管当局同意，也可以进行相互协商。
第七条如果中国内地居民（国民）认为，缔约对方所采取的措施，已经或将会导致不符合税收协定所规定的征税行为，可以按本办法的规定向省税务机关提出申请，请求税务总局与缔约对方主管当局通过相互协商程序解决有关问题。
第二十四条税务总局在收到缔约对方启动相互协商程序的函后，查清事实，决定是否同意启动相互协商程序，并书面回复对方。在做出是否同意启动相互协商程序决定前，认为需要征求相关省税务机关意见的，可以将相关情况和要求告知省税务机关，省税务机关应在税务总局要求的时间内予以回复。
第三十二条税务总局在下列情况下可以主动向缔约对方主管当局提出相互协商请求：
(1)发现过去相互协商达成一致的案件或事项存在错误，或有新情况需要变更处理的；
(2)对税收协定中某一问题的解释及相关适用程序需要达成一致意见的；
(3)税务总局认为有必要与缔约对方主管当局对其他税收协定适用问题进行相互协商的。”
根据该《办法》，纳税人申请启动相互协商程序要经过两个环节，第一个步骤是申请人向负责其个人所得税或企业所得税征管的省级税务机关提出书面申请，由省级税务机关决定是否受理该申请；第二个步骤是省级税务机关受理申请后上报税务总局，由总局对申请进行审核并最终决定是否启动相互协商程序。
香港税收居民如面临双重征税或不符合有关的全面性避免双重课税安排规定的征税时，可以将案情提交给香港税务局请求协助。如香港税务局接受了该请求，又不能单方面圆满解决时，将会与缔约另一方主管当局相互协商解决，以避免不符合相关安排规定的征税。
在香港，相互协商程序仅适用于香港税收居民。
相关案情须在不符合相关全面性避免双重课税安排规定的征税措施第一次通知之日起的限定时间内提出。前述限定时间取决于相关全面性避免双重课税安排中相互协商程序条款的规定，通常为3年。如未能在规定的时间内提出，香港税务局可能会拒绝接受申请者关于相互协商程序的请求。但纳税人应于双重征税或不符合有关的全面性避免双重课税安排规定的征税已经发生或极有可能发生时方可提出申请，但不包括双重征税或不符合有关的全面性避免双重课税安排规定的征税仅为可能发生（例如纳税人正在接受税务稽查或纳税检查）的情况。
上述“不符合相关全面性避免双重课税安排规定的征税措施第一次通知”通常是指香港税务局出具的纳税评估结果或亏损计算结果通知，或缔约另一方出具的相同性质的通知。
申请相互协商程序需填写表IR1454并提供以下文件或信息：
(1)缔约另一方及其税收征管的具体规定；
(2)申请者的详细信息，包括名字、地址、电话号码、商业登记号码或香港身份证号码以及相关的香港税务局档案号码；
(3)申请相互协商程序的相关事项，包括对事实的描述及分析、导致双重征税或不符合有关的全面性避免双重课税安排规定的征税的行为（包括相关第一次通知的时间）、所涉及的年度或期间、申请者的观点以及期望的解决方式；
(4)申请者是否已向香港税务局或缔约另一方的主管税务当局提出过异议、上诉、退税申请或类似文件；
(5)申请者此前是否已就同一或类似的事项向香港税务局或缔约另一方的主管税务当局提出过申请；
(6)该申请是否涉及香港税务局或缔约另一方的主管税务当局目前或曾经在预约定价安排、税务裁定或诉讼中已考虑的事项；
(7)申请者是否已与香港税务局或缔约另一方的主管税务当局就解决方式达成共识，该解决方式可能会对该申请产生影响；
(8)授权信以及被授权人的详细信息；
(9)不符合相关全面性避免双重课税安排规定的征税措施第一次通知的副本；
(10)已提交或将提交给缔约另一方的主管税务当局的相互协商程序申请及附件的副本，如适用；
(11)缔约另一方当地法对于请求税收救济的适用的时间限制，如适用；
(12)转让定价文档，如适用；
(13)关于为处理该相互协商程序申请，申请者同意其所提交的所有文件及信息可能会被提供给缔约另一方的主管税务当局的声明；
(14)申请者关于其所提交的所有文件及信息均为真实、准确及完整的声明。
申请者需将填写好的表IR1454及相关资料提交至香港税务局税收协定组评税主任（地址：香港湾仔告士打道5号税务大楼36楼）。
相关资料原件为非中文或英文文本的，应当同时提供英文译本。
申请者有义务披露所涉及案情有关的恰当事实及情况，并提供为完成相互协商程序所需的全部信息。
在香港，相互协商程序通常包括两个阶段。第一阶段为案情提交阶段，纳税人向香港税务局提交案情后，香港税务局会考虑所提意见是否合理，以及是否能够单方面圆满解决。香港税务局认为所提意见合理，又不能单方面圆满解决时，有义务致力于与缔约另一方主管税务当局相互协商解决。第二阶段为共同解决争议阶段，当香港税务局与缔约另一方主管税务当局开始联系时视为第二阶段开始，缔约另一方主管税务当局即有义务进行协商并致力于解决争议。香港税务局与缔约另一方主管税务当局的沟通将通过交换立场意见书的形式进行，香港税务局在准备立场意见书时将考虑申请者所提供的信息。如香港税务局与缔约另一方主管税务当局无法通过交换立场意见书就案情中的重大事项达成一致，双方可进行会谈。申请者无权参与会谈，但在香港税务局与缔约另一方主管税务当局均同意的情况下，申请者可向香港税务局与缔约另一方主管税务当局当面陈述案情。
双方主管税务当局就案情达成协议后，香港税务局将会征询申请者的意见是否同意该协议。达成的协议仅在申请者书面同意该协议的情况下予以执行。如申请者不同意所达成的协议，香港税务局将会向缔约另一方主管税务当局提议在未达成协议的情况下终结相互协商程序。
根据内地和香港税收安排相互协商程序条款规定，当一个人认为，一方或者双方所采取的措施，导致或将导致对其不符合本安排规定的征税时，可以不考虑各自内部法律的补救办法，将案情提交本人为其居民的主管当局。此处需要明确的是，税收安排中的“居民”一词所指的是税收居民身份。内地居民，是指按照《中华人民共和国个人所得税法》和《中华人民共和国企业所得税法》，就来源于内地境内境外的所得在内地负有纳税义务的个人、法人或其他组织。也就是说，只有在申请人为内地税收居民的情况下，内地主管当局方可受理其申请并就其所遇到的税收安排问题与香港主管当局进行相互协商。例如，若内地居民企业在对香港投资时采取的是间接持股方式，即通过在境外设立特殊目的实体（Special Purpose Vehicle，SPV）来持股香港被投资公司，如果SPV与香港税务局就税收安排适用问题产生争议，虽然该SPV为内地投资公司，但因为其并非内地税收居民，该SPV将无权请求内地主管当局启动相互协商程序。但如果该SPV被认定为境外注册内地投资控股居民企业，那么即使其并非依照内地法律成立的法人，该SPV也将有权依据其内地税收居民身份请求内地主管当局就税收安排问题启动相互协商程序。
相互协商程序是在税收协定（或税收安排）框架内解决跨境税收争端的机制，因此当事人请求相互协商的事项应属于税收协定（或税收安排）的适用范围。在中华人民共和国政府对外签署的避免双重征税协定以及内地与香港特别行政区、澳门特别行政区签署的税收安排中，除相互协商程序条款外，部分税收协定（或税收安排）还在居民、股息、利息、联属企业等条款中指明了双方主管当局可以就该条款解释及适用进行相互协商。但在某些税收协定（或税收安排）中，双方仅在少数条款中指明可以就该条款相互协商程序，而在其他条款中未提及相互协商程序，那么在这种税收协定（或税收安排）下，是否可以认为相互协商程序的适用范围受到了限制？根据OECD税收协定范本解释，这个答案是否定的。关于这一问题，范本解释中明确提到，即使缔约双方未在其他条款中提及主管当局可以就该条款协商，但因相互协商程序独立条款的存在，双方仍可以就税收协定特定条款解释及适用过程中的问题适用相互协商程序。
《办法》第九条以列举的方式说明了内地居民可以申请启动相互协商程序的情形：
(1)对居民身份的认定存有异议，特别是相关税收协定/安排规定双重居民身份情况下需要通过相互协商程序进行最终确认的。
(2)对常设机构的判定，或者常设机构的利润归属和费用扣除存有异议的。
(3)对各项所得或财产的征免税或适用税率存有异议的。
(4)违反税收协定/安排非歧视待遇（无差别待遇）条款的规定，可能或已经形成税收歧视的。
(5)对税收协定/安排其他条款的理解和适用出现争议而不能自行解决的。
(6)其他可能或已经形成不同税收管辖权之间重复征税的。
相互协商程序是通过缔约方之间双边税收协定（或税收安排）赋予缔约方纳税人的权利救济程序，制定该程序的目的是为保证税收协定（或税收安排）的实施及有效消除跨境双重征税。就内地和香港相互协商程序而言，通常来说只有当内地居民从香港税务主管当局接到有违反内地和香港税收安排嫌疑的书面意见或通知后（如申请内地和香港税收安排优惠待遇被驳回的通知、认定存在常设机构的通知或转让定价调整数额初步通知等类似的书面意见或通知），当事人方有充分理由认定将出现不符合内地和香港税收安排的征税行为。相关案情必须在不符合内地和香港税收安排规定的征税措施第一次通知之日起，三年内提出。
根据OECD税收协定范本条款中的用语“上述主管当局如果认为所提意见合理，又不能单方面圆满解决时，应设法同缔约国另一方主管当局相互协商解决”可以看出一国（地区）税务当局是否就当事人的申请启动相互协商程序有一定的自由裁量权。
根据《办法》规定，内地纳税人提出启动相互协商程序的申请需经两个步骤：
(1)向其所在的省级税务机关提出申请，由省级税务机关决定是否上报总局。
(2)总局对上报的申请进行审查并决定是否启动相互协商程序。
从《办法》可以看出，在该程序中省级税务机关只是对纳税人申请的材料进行审查而无权最终决定是否启动相互协商程序。如果纳税人对省级税务机关不予受理的决定不服，将有权进行异议申请。但当总局收到上报申请后决定不予受理时，该决定将具有终结性，纳税人无权再提出异议。
关于特别纳税调整涉及的相互协商程序问题，国家税务总局有专门的规定，即《国家税务总局关于发布<特别纳税调查调整及相互协商程序管理办法>的公告》(国家税务总局公告2017年第6号)（以下简称“《管理办法》”）。其中第四十八条，企业申请启动相互协商程序的，应当在税收协定规定期限内，向国家税务总局书面提交《启动特别纳税调整相互协商程序申请表》和特别纳税调整事项的有关说明。企业当面报送上述资料的，以报送日期为申请日期；邮寄报送的，以国家税务总局收到上述资料的日期为申请日期。
国家税务总局收到企业提交的上述资料后，认为符合税收协定有关规定的，可以启动相互协商程序；认为资料不全的，可以要求企业补充提供资料。
根据《管理办法》第四十九条，税收协定缔约对方税务主管当局请求启动相互协商程序的，国家税务总局收到正式来函后，认为符合税收协定有关规定的，可以启动相互协商程序。
国家税务总局认为税收协定缔约对方税务主管当局提供的资料不完整、事实不清晰的，可以要求对方补充提供资料，或者通过主管税务机关要求涉及的境内企业协助核实。
根据《管理办法》第五十二条，有下列情形之一的，国家税务总局可以拒绝企业申请或者税收协定缔约对方税务主管当局启动相互协商程序的请求：
⑴企业或者其关联方不属于税收协定任一缔约方的税收居民；
⑵申请或者请求不属于特别纳税调整事项；
⑶申请或者请求明显缺乏事实或者法律依据；
⑷申请不符合税收协定有关规定；
⑸特别纳税调整案件尚未结案或者虽然已经结案但是企业尚未缴纳应纳税款。
根据《管理办法》第五十三条，有下列情形之一的，国家税务总局可以暂停相互协商程序：
(1)企业申请暂停相互协商程序；
(2)税收协定缔约对方税务主管当局请求暂停相互协商程序；
(3)申请必须以另一被调查企业的调查调整结果为依据，而另一被调查企业尚未结束调查调整程序；
(4)其他导致相互协商程序暂停的情形。
根据《管理办法》第五十四条，有下列情形之一的，国家税务总局可以终止相互协商程序：
(1)企业或者其关联方不提供与案件有关的必要资料，或者提供虚假、不完整资料，或者存在其他不配合的情形；
(2)企业申请撤回或者终止相互协商程序；
(3)税收协定缔约对方税务主管当局撤回或者终止相互协商程序；
(4)其他导致相互协商程序终止的情形。
国际普遍认为相互协商程序应属于行政性的争议解决手段，换言之，其结果只对达成协议的主管当局产生约束，如果当事人对结果不满，其仍有权通过司法程序寻求救济。此外，相互协商程序是双方主管当局就特定问题进行的协商讨论，就效力而言，其得出的结论只能对该特定问题生效，而无普遍约束力。
通常认为，如果双方主管当局进行协商讨论的问题已产生了生效的税收和解或司法判决，那么双方主管当局在进行相互协商时，将只能基于此前认定的事实进行相应的纳税调整，而不能改变已生效的和解或判决。
协商程序条款规定，若纳税人接受相互协商的结果，该结果的执行将不受其本方法律的限制。因双方主管当局就相互协商程序能否达成一致具有相当的不确定性，而且该程序通常耗时较长，当纳税人对协商结果不满或双方税务主管当局无法达成一致时，即使纳税人希望通过司法程序解决，也很有可能面临诉讼时效已过期的尴尬局面。因此当事人在申请启动协商程序后往往还会选择同时启动其他的救济程序，如行政复议或司法救济来确保自身权益。
理论上启动其他救济程序不会对相互协商程序产生影响，两者应属于平行关系。但事实上若其他救济程序产生了结果其必将对案件产生巨大影响，因此许多国家（地区）会通过当地法规定，若当事人希望启动相互协商程序解决税收争议，该当事人应中止其他正在进行中的救济程序。
仲裁条款是OECD为提高相互协商程序的效率，确保税收协定（或税收安排）的实施而制定的条款。其一般形式是：如果双方主管当局在一定时间内（通常为两年）无法就相互协商的事项达成一致，当事人可以请求将该事项提交仲裁。但迄今中华人民共和国政府对外签署的避免双重征税协定及内地与香港、澳门的税收安排中均未包含仲裁条款，故本文在此不再做延伸讨论。