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内地和香港税收安排争议是指双方就签订的税收安排条款的解释和适用而引发的争议，体现在两个不同的层面。第一个层面是内地投资者与收入来源地（香港）之间就内地和香港税收安排条款的解释和适用引发的争议，第二个层面是内地投资者与收入来源地（香港）之间基于内地和香港税收安排条款的解释和适用争议进入相互协商程序后转化为内地与香港主管当局之间的税务争议。由于在第一个层面的税收安排争议中，内地投资者是直接利害关系方，是税收安排争议的主体之一。因此，内地投资者应当着重关注这一层面的税收安排争议，注重防范和避免争议的发生，增强税收安排争议的风险控制与管理能力。
本指南所称内地和香港税收安排争议是内地投资者与香港主管税务当局或者内地主管税务当局之间的税务争议。此类争议产生的主要原因是内地投资者在赴香港投资的决策阶段没有全面周详地考察内地和香港税收安排及香港当地税法的具体规定，致使投资项目在香港落地后造成一些尚未识别的税务成本增加。
常见的内地和香港税收安排争议的表现包括常设机构的认定争议，即内地投资者在香港获得营业收入是否应当在香港履行纳税义务很大程度上取决于常设机构的认定。通常，内地投资者在香港的场所、人员构成常设机构的，其营业利润应当在香港纳税。常设机构的具体认定问题容易引发税务争议，是内地投资者应当着重关注的税务风险点。内地投资者应当尽量争取避免其在香港设置的非经营性质的场所、人员被香港税务局认定为常设机构。
内地投资者与香港主管税务当局一旦产生税收安排争议，可以通过启动相互协商程序加以解决，但这一协商机制的缺点在于缺乏时限规定，可能各个程序阶段耗时较长，导致争议解决效率低下，对内地投资者产生更为不利的影响。因此，内地投资者应当注重增强防范和避免内地和香港税收安排争议的能力，尽力避免在项目投资或者经营过程中产生与香港主管税务当局之间的税务争议，强化税务风险管理，确保在香港投资或经营能够实现最优化的经济目标。
防范内地和香港税收安排争议的核心工作环节在于决策阶段。内地投资者应当在投资或经营决策阶段对香港税法及内地和香港税收安排的具体规定进行充分考察与准确理解，结合自身的投资项目或经营活动识别税务风险，合理地进行税务规划，严格按照香港税法及内地和香港税收安排的具体规定安排自身的投资、经营活动。
内地企业作为赴港投资者应当特别注重建立税务风险的控制与管理机制，制定税务风险识别、评估、应对、控制以及信息沟通和监督的相关工作机制，尤其要注重准确、全面地识别自身的税务风险点，并制定税务风险应对预警方案。内地企业应当结合在香港投资或经营的业务特点设立专门的税务管理机构和岗位，配备专业素质人员，强化税务风险管理职能以及岗位职责。
内地投资者应当在全面了解香港税法及内地和香港税收安排具体规定与准确把握自身涉税风险点的基础上，进一步做好与香港主管税务当局进行沟通与交流的准备工作，备齐相关的证明材料，就一些关键税务风险点的处理与香港主管税务当局开展充分的沟通和交流，努力获得香港主管税务当局的承认或者谅解，必要时可以启动在香港的预约定价安排程序及事先裁定程序，尽力将税务争议风险进行锁定。
了解香港税法及内地和香港税收安排的具体规定是内地投资者投资经营所需进行的重要工作。内地投资者可以在投资和经营决策初期积极寻求内地相关主管当局的帮助，获取相关税收规定及政策信息，并与内地相关主管当局相关方面保持良好的沟通关系。
内地投资者可以在决策阶段及时寻求税务律师、注册会计师等税法专业人士的帮助，借助税法专业人士的专业优势进行周详的税法尽职调查，制定合理的税务遵从方案，实施符合自身投资或经营特点的税务架构，控制和管理整个项目各个阶段的税务风险。税法专业人士的服务可以使赴港投资经营决策更为有效。