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内地企业投资香港面临的税务风险类型繁多，形式各异。就现有内地企业投资香港的情况来看，内地企业很大一部分是以香港作为海外投资的桥头堡，通过香港公司辐射全球其他国家（地区）的投资，这样的投资架构安排主要是考虑到香港无外汇管制、法制相对健全、税制简单、税负相对较低，这在一定程度上为投资引进、融资安排、税负控制、未来退出等提供灵活性和弹性。本章将重点从信息报告风险、纳税申报风险、调查认定风险、享受税收安排待遇风险和其他风险五个方面阐述投资香港可能遇到的税务风险。这些税务风险包括内地企业投资香港的香港税务风险，以及内地的税务风险，同时，还包括内地企业借道香港投资其他国家（地区）的税务风险，该章节将针对这些风险作简要提示。
已在第三章税收征收和管理制度中体现。香港特区政府对在香港从事经营活动没有特别的税务登记要求，香港商业登记署从属于香港税务局，所以完成商业登记，即视为完成税务登记。
香港税收征收管理方式，是以法制要求和纳税人高度遵守的自律性为基础，基本上是自主申报纳税。根据香港现行相关规定，不符合豁免条件的香港实体需要准备主体文档及本地文档；符合条件的香港实体还需要提交国别报告。具体请参阅4.2章。
根据香港利得税法规，利得税采用地域来源征税原则。香港子公司在香港经营任何行业、专业或业务而获得的所得，属于来源于香港的所得，应缴纳香港利得税。子公司应准确划分来源于境内和境外所得，进行纳税申报，并保留好支持文档，避免将境内所得误认定为境外所得而未申报纳税的风险。
香港未针对居民纳税人和非居纳税人的税收征收和管理制定不同的制度。非居民企业（分公司或代表处）在香港经营任何行业、专业或业务而获得的所得，属于来源于香港的所得，应缴纳香港利得税。非居民纳税人凡在香港进行商业活动，仍需为其业务申请商业登记证，其后便需要按时就业务完成纳税申报和纳税责任及保存相关记录，非居民纳税人的征管措施与居民纳税人一致。同时，香港分公司或代表处应准确划分来源于境内和境外所得，进行纳税申报，并保留好支持文档，避免将境内所得误认定为境外所得而未申报纳税的风险。
根据香港利得税法规，非居民企业在香港经营任何行业、专业或业务而获得的所得，属于来源于香港的所得，应缴纳香港利得税。若企业在香港构成常设机构，需就与常设机构相关的所得纳税；同时，需要根据香港税收法规严格区分常设机构香港境内和香港境外所得，以避免将境内所得视为境外所得而未申报纳税的风险。
香港利得税实行16.5%的税率，股息或资本利得不纳税。企业投资香港，除考虑投融资平台外，可能还会考虑设立子公司，利用名义持有的股份、资金和无形资产获取股息、利息和特许权使用费等消极所得，相关所得缴纳较低甚至不缴纳税收，相关利润长期留存公司账面不做利润分配汇回，实现延迟纳税，甚至长期体外循环寻求永远不纳税。若内地企业投资香港，从税务风险管控角度，香港公司是否具备合理商业实质、是否留存巨额利润不做分配、是否构成受控外国企业均为内地税务机关关注的重点。鉴于内地税务局极有可能对受控外国企业的留存收益强制性视同分配并据以征税，企业应在职能配置方面充分考虑税务局的关注。当前各国（地区）税务部门境外所得税务管理日益加强，受控外国企业认定标准越来越宽泛，境外企业纳入管理范围越来越宽，积极所得与消极所得划分标准日趋复杂，境外所得纳入调整对象越来越多，企业应更加关注巨额境外所得长期不分配的合理性。虽然香港目前没有受控外国企业相关税收政策，对内地企业通过香港投资其他国家（地区），在香港暂无受控外国企业调查的风险，但是，仍建议企业需关注香港税收政策的发展和变化。
内地企业投资的香港企业是内地税收居民，还是香港税收居民，其身份认定的不同，会直接导致企业纳税义务的不同。由于不同税制对居民企业的认定标准有所差异，因此在给企业选择纳税身份提供了一定税收筹划空间的同时，也给企业带来了很大的税收风险，如果不从企业全局利益出发进行纳税人身份认定，很有可能会对生产经营带来很大影响的税务风险。
内地企业在投资香港之后，在日常运营过程中，常常出现内地公司的雇员在香港工作、香港公司的经营活动基本在内地发生及香港公司的雇员在内地工作等情形，根据内地和香港税收安排的规定，这些情形存在内地公司在香港或香港公司在内地构成常设机构的风险，进而导致需就归属常设机构的利润在香港缴纳利得税或内地缴纳所得税的风险。因此，内地投资者应当合理利用内地和香港税收安排进行规划，尽量降低相关的税务风险。此外，香港税制允许香港公司就某些收入申报为境外收入从而不缴纳香港利得税；与此同时，投资者需要考虑，该申报为香港境外所得的收入是否会基于在内地或其他国家（地区）开展某些经营活动而构成内地或其他国家（地区）的常设机构的风险。
研发环节最为突出的税务问题是研发技术无形资产的权利归属。企业通常以合约转移、功能剥离等形式将集团无形资产或相关权利转移至无商业实质的公司、低税或无税地区、旨在获取专项税收优惠的主体运营公司等，以降低集团整体税负。从税务风险管控角度，当前多数国家（地区）均倾向从全球价值链分析和价值贡献角度（经济所有人角度，而非法定所有人角度），确定无形资产相关利润归属，企业上述运作模式潜在税务风险巨大。其中，并购重组后既有无形资产与未来待开发无形资产的归属以及利润分割亦受到关注。
混合错配安排是指利用两个或两个以上税收管辖区对同一混合实体或混合工具在税务处理上的差异，产生税收结果错配，从而减少参与方总体税负的安排。混合错配安排可能导致一方扣除而一方不计收入、双重扣除和间接性一方扣除、一方不计收入。在经济全球化的环境下，各国（地区）将倾向于采取严厉措施来解决税基侵蚀与利润转移的现象，中和混合错配安排的效应。因此，从税务风险管控角度，跨国集团今后的税务处理应充分考虑混合错配行动计划的相关规定，有效防范税收风险。目前，香港暂未出台混合错配相关的政策，内地投资者需关注相关政策的发展和变化。
建立资金池实施资金的集约化管理是企业常见的融资模式。鉴于内地和香港两地外汇管制、境内外融资成本差异及流转税的考虑，内地企业通常在两地分别设置融资平台。从税务风险管控角度,集团成员的资金借贷、融资担保常忽视利息收取与扣除问题，除利息收付标准存在转让定价风险外，不进行利息收付或者人为将交易利润集中安排在低税率地区还面临交易被重新定性和定价的税务风险。
集团劳务相关的转让定价风险。企业为提高核心竞争力,通过内部劳务整合集团资源实现协同效应，其面临的突出税务问题是集团劳务费用的收付及其标准。从税务风险管控角度，集团关联劳务费用的收取或支付，应重点分析劳务提供是否具有合理商业目的与经济实质，遵循独立交易原则；应从劳务提供方与接受方分别进行受益性分析，劳务是否具有真实性与必要性，是否重复提供或重复支付，是否从其他关联交易中获取补偿，且为接受方创造价值。
生产活动相关的转让定价风险。全球产业转移的趋势与周期使价值链生产职能的经济贡献与利润回报不匹配，企业常通过与低税率国家（地区）企业进行原料采购与产品销售，挤占生产职能的利润空间，导致生产环节长期亏损或维持微利水平。目前生产职能聚集的国家（地区）均大力打击税收权益与生产活动的错配现象，履行单一生产职能的公司不应承担集团决策、市场风险所致亏损，而应体现合理利润回报，但实际经济活动中这些公司无权获取超额回报。此外，还需考虑企业在低成本地区经营所获得的净成本节约，特别是通过在原材料、劳动力、租金、运输和基础设施等方面的较低支出所实现的超额回报。
营销活动相关的转让定价风险。科技的日新月异使凝聚品牌粘性的营销活动成为高附加值的经营环节，而数字经济的发展使营销活动分散在全球各个区域，而不是商品或服务的实际交易地。这使按照传统理念配置营销环节利润的企业面临更为复杂的转让定价税务风险。对承担简单分销功能的企业，应根据集团统一的转让定价政策给予符合独立交易原则的利润回报；对承担复杂营销职能，以及对营销型无形资产做出贡献的企业，应获取与其价值创造贡献相匹配的利润回报。衡量营销活动较常用和直观的指标为企业销售费用占集团销售费用的比重，利润回报应与其比重相匹配。此外，企业的利润回报还应体现其在对某项服务或产品具有特别需求的区域内开展经营所获得的超额利润。
当享受税收安排优惠的内地企业不符合内地和香港税收安排规定时，例如并非内地的居民纳税人或者并非该所得的受益所有人，无权享受税收安排优惠，该内地企业则面临未正确享受税收安排优惠的风险。因此可能导致该内地企业在香港少缴税款，进而导致香港税务局对其处以罚款。
企业或者个人（以下统称申请人）为享受中华人民共和国政府对外签署的税收协定及内地与香港、澳门签署的税收安排、航空协议税收条款、海运协议税收条款、汽车运输协议税收条款、互免国际运输收入税收协定或者换函待遇，必须要向内地主管税务机关申请开具《税收居民证明》以证明其居民身份。根据《国家税务总局关于开具<中国税收居民身份证明>有关事项的公告》（国家税务总局公告2016年第40号）及《国家税务总局关于调整<中国税收居民身份证明>有关事项的公告》（国家税务总局公告2019年第17号，自2019年5月1日起施行）的规定，企业或个人应向主管税务机关提交要求的申请表及资料，以享受内地和香港税收安排规定的优惠税率。但是同时申请者应关注香港税务局对于内地税收居民身份证明应包括的企业信息及提交的时限要求，否则将可能导致无法享受内地和香港税收安排的优惠税率。
导管公司是指通常以逃避或减少税收、转移或累积利润等为目的而设立的公司。这类公司仅在所在国（地区）登记注册，以满足法律所要求的组织形式，而不从事制造、经销、管理等实质性经营活动。因此，若内地企业没有实质的经营管理活动而被香港税务局认定为导管公司，则将有可能导致内地企业无法享受内地和香港税收安排待遇。
同样，内地投资者通过香港投资到其他第三方国家（地区），若香港控股公司没有商业实质，也可能会被第三方投资地税务机关认为不符合享受税收协定（安排）待遇。
因此，企业投资架构设计是否能够实现预期税收安排在当前跨境税源管理背景下具有越来越多的不确定性，甚至可能导致额外增加的税收成本（如所得纳税义务判定、所得性质确认、税收协定待遇享受等）。
企业投资香港前，通常根据企业经营战略、业务需要、香港的商业和法律环境，选择适当的投资方式（直接投资、并购、合资等）。基于投资机会的多元化或管理经验的提升（如内地银行收购海外飞机租赁公司以获取该行业的特定经验，并购技术型项目以获取旨在占领市场份额的技术革新），企业常通过在成熟市场寻找优质并购目标谋求品牌、研发、物流、人才的全球化。从税务风险管控角度，企业通常在并购前后进行旨在优化投资架构或业务配置的集团重组，此环节要注重量化税务风险及潜在税务成本，确定合理的关联股权交易估值定价、多层股权转让潜在的税收负担，以及股权转让收益享受税收安排待遇的要求等。
投资退出作为战略收缩与调整的方式，是企业优化资源配置的重要手段，既可通过高溢价退出获得特殊收益和现金流，也可及时退出经营不善的项目或业务，实现有效止损。从税务风险管控角度，企业在投资架构搭建初始即应考虑不同投资退出方式（直接或间接股权转让）的税务成本及潜在风险。例如，企业采取股权转让形式退出时，税务风险管控的关键是股权交易价格的确定。采用直接股权转让方式申请税收安排免税待遇时，应注意转让方的经济实质问题，避免受到滥用税收优惠的调查；采用间接股权转让方式时，应注意各层级公司所在地征税权归属的确定问题，避免同一所得在多个国家（地区）构成纳税义务。