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个人所得税是对个人的所得征税，纳税人原则上是日本国内有所得的个人。日本所得税法以个人居住地主义为基本，所得源泉地主义为补充，将纳税人个人分为居民和非居民，在个人所得税征收上区别对待。
5.1.1 判定标准
居民指在日本国内连续居住一年以上且拥有住所的个人。居民根据其有无长期居住的意愿及居住时间长短，又分为普通居民和非永久居民。普通居民指有在日本长期居住愿望，在日本国内连续居住一年以上且拥有住所的个人，其来自国内和国外的全部所得均属于征税所得，日本称这种人为无限制纳税人。
5.1.2 征收范围
个人所得税的征税对象是纳税人的所得。
由于现实生活中个人收入的来源渠道多种多样，各种渠道收入的成本、劳动付出不同，且征税部门信息掌握的情况也不同，因此，日本将纳税人的征税收入分为10大类，分别进行计算处理。具体分类如下：
（1）工资薪金收入：指工资、薪水、奖金以及其他类似收入；
（2）利息收入：指债券与存款利息和贷款信托、债券信托的收益；
（3）红利收入：指股票、入股的分红和证券投资信托（不包括债券信托）的收益；
（4）营业收入：指从事农业、渔业、制造业、批发业、零售业、服务业等经营而取得的收入；
（5）租金收入：指出租土地、房屋等不动产的收入；
（6）退职收入：指退职时得到的退职金和一次性补贴等；
（7）转让收入：指出售土地、房屋、高尔夫俱乐部会员权、股票等资产的收入（不包括出售库存资产的收入）；
（8）山林收入：指出售拥有五年以上所有权的山林或该山林的树木、活树等的收入；
（9）一次性收入：指抽奖、赛马中彩的奖金，人寿保险合同到期等一次性收入。一次性收入是指无需付出劳动服务即得到的收入或通过转让资产而得到的收入，以营利为目的的连续性行为所产出的收入以外的一次性收入；
（10）杂项收入：指公共津贴、养老保险收入、非专业作者的稿费以及非营业性借款的利息等，以上1-9项所不能涵盖的收入。
5.1.3 税率
对于综合征税所得，日本个人所得税实行累进税制，个人所得税税率如下所示：
表23 个人所得税税率表
| 应纳税所得额(日元) | 税率 (%) | |
| - | 1,950,000以下 | 5 |
| 大于1,950,000 | 3,300,000以下 | 10 |
| 大于3,300,000 | 6,950,000以下 | 20 |
| 大于6,950,000 | 9,000,000以下 | 23 |
| 大于9,000,000 | 18,000,000以下 | 33 |
| 大于18,000,000 | 40,000,000以下 | 40 |
| 大于40,000,000 | 45 | |
注：2015年1月1日起生效，对超过4000万日元的应纳税所得，适用45%的国家纳税等级。 综征税个人所得税额由经扣除后的全部所得乘以相应税率计算得出。
5.1.4 税前扣除
日本个人所得税制度中，对于综合征税所得还要进行两个处理：其一是某些所得项目出现亏损时的处理；其二是针对低收入者等的所得扣除。
亏损抵扣是针对租金所得、营业所得、山林所得、转让所得等可能出现的负所得，即亏损的处理。原则上可以按一定程序从其他所得中扣除，称作亏损抵扣。具体做法是，将综合征税所得分为经常性所得类（包括利息所得、红利所得、租金所得、营业所得、工资薪金所得和杂项所得）和非经常性所得类（包括转让所得和一次性所得），以便从经常性所得类中抵扣租金所得和营业所得的亏损，从非经常性所得类中抵扣转让所得的亏损。在各类所得内部还不能全部抵扣的亏损，可跨类别抵扣，仍抵扣不完时，可从山林所得和退职所得中抵扣。经过亏损抵扣仍不能抵扣完的亏损额，称为纯亏损，纯亏损按一定程序可转到以后三个年度里抵扣。
日本个人所得税制中设有所得扣除制度，所得扣除是从减轻纳税人税负、保证低收入者基本生活的角度出发的扣除，有着社会政策的意义。
日本将所得扣除分为两大类：一类是对人的扣除，包括所有人可享受的基础扣除，如配偶扣除、抚养扣除、残疾人扣除等；另一类是对事的扣除，包括针对突发事件的扣除，如杂项扣除、医疗费扣除和针对纳税人参加社会保险或有关商业保险等支出的扣除。
5.1.5 应纳税额
日本个人所得税无起征点制度。分离征税的所得实行比例征税（山林所得除外），用扣除必要费用外的全部所得乘以税率征税。综合征税所得，中国居民赴日本投资税收指南 53 除扣除必要费用外，还有所得扣除，经扣除后的全部所得适用相应税率征税。对于综合征税的个人所得而言，虽然没有统一的起征点，但是实际上对于每个个人来讲是存在起征点的。换句话说，如果某个人一年的综合征税所得小于或等于所得扣除总额时，就可以不用缴纳综合征税的个人所得税，对于综合征税所得大于所得扣除总额的个人来讲，仅根据其大于各项扣除的所得部分纳税。
（1）计算方法
日本所得税法规定了个人所得税的综合征税原则。也就是说，将每个纳税人一年内的各种收入合计加总，然后适用相应的税率征税。各项收入总额扣除各项必要的费用（纳税人及所抚养家庭人员的生活费、医疗费等）后的金额为应纳税所得额，根据应纳税所得额的金额适用超额累进税率计算税额。
日本个人所得税以年度为单位核算，但税额征收基本分两步。第一步就是在平时取得时做临时性征收。分两种情况：对于工资薪金收入、利息收入、分红收入、退职收入和一次性收入等易于把握的收入，实行源泉征收，在取得该收入时，由支付单位按一定比率代扣代缴，日本个人所得税的主要部分也是源泉征收的；对于个体经营者、农业者则分别于7月和11月，依据上年度纳税额进行预缴；第二步于每年度末进行年度纳税额的计算和缴纳（日本财政年度结束日为3月31日，个人所得税纳税计算为2月16日至3月15日）。在年末缴纳时，对于源泉征收或预缴的税额做扣除，实行多退少补。
在个人所得税征收中，源泉征收和预缴制度虽然很重要，但年终的所得税额的确定则是十分复杂且十分重要的工作，因为它最终确定每个纳税人一年间应缴纳的所得税税额。个人所得税额的计算步骤是：
第一步，确定和汇总每个人的应税收入，具体是用收入金额减去必要费用，求出所得，然后汇总；
第二步，按有关规定进行所得扣除。也就是说，虽然原则上全部计算确定的所得属于应税所得，但是出于社会经济政策目标的需要，从总应税所得中作必要的、合理的扣除。经扣除后的所得为实际上应纳税所得；
第三步，根据适用税率计算出当年个人应纳所得税额；
第四步，进行税额扣除，得出实际应纳所得税额，这主要是从避免重复征税的角度出发，对于在取得所得时支付方已交纳的税额进行扣除，主要有国外税额扣除等；
第五步，用实际应纳税所得税额减去源泉征收所得税额得到当年申报缴纳所得税额；
最后，用申报缴纳所得税额减去预缴税额，则得出年终应补缴（退）的税额。
（2）列举案例
①有其他所得的工薪所得者
✍纳税人情况假定
☑ 工薪所得收入 1000万日元（源泉征税71万日元）
☑ 稿费收入 50万日元（源泉征税5万日元）
☑ 定期存款利息 30万日元（源泉征税4.5万日元）
☑ 医疗费（无保险赔付） 4.5万日元
☑ 社会保险缴费（从工资中代扣代缴） 45.7万日元
☑ 人寿保险缴费 6万日元
☑ 财产保险缴费（1年合同金额） 13万日元
☑ 家庭成员情况：妻子（无工作）、1个女儿（17岁学生）、1个儿子（小学生）
✍综合课税所得计算
☑ 工资薪金所得金额 1000-220（工薪所得扣除）=780（万日元）
☑ 杂项所得金额 50-10（假定必要费用为10万日元）=40（万日元）
☑ 综合课税所得总额 780+40=820（万日元）（利息所得30万日元分离课税，不计入）
✍所得扣除
☑ 医疗费扣除 45-10=35（万日元）
☑ 社会保险费扣除 45.7（万日元）
☑ 人寿保险费扣除 （6-5）×0.25+3.75 =4（万日元）
☑ 财产保险费 0.3（万日元）
☑ 对人扣除 38（基础扣除）+38（配偶扣除）+38（配偶特别扣除）+38（抚养扣除）+58（增加抚养扣除）=210（万日元）
☑ 所得扣除总计 35+45.7+4+0.3+210=295（万日元）
✍综合课税所得金额 820-295=525（万日元）
✍申报的个人所得税额（运用速算表）525×20%-33=72（万日元）
✍年终纳税
☑ 72-（71+5）（已源泉征收税款）=-4（万元）
☑ 税务部门应退还其多交税款4万日元
✍当年实际缴纳个人所得税额
72+4.5（源泉分离征收的与利息所得有关的个人所得税）=76.5（万日元）
②实行蓝色申报的营业所得者
✍纳税人情况假定
☑ 营业所得收入（经营铁工所） 1500万日元
☑ 营业所得的必要费用（不包括家庭成员工资） 1000万日元
☑ 不动产收入（经营公寓） 200万日元
☑ 不动产收入必要费用 70万日元
☑ 土地（父辈留下的土地）转让收入 7000万日元
☑ 国民健康保险（公共）缴费 26万日元
☑ 国民年金（公共养老金）缴费 10万日元
☑ 人寿保险缴费 12万日元
☑ 家庭成员：妻子（铁工所工作，工资 96 万日元）、大儿子（中学生）、小儿子（小学生）
✍综合课税所得金额
☑ 营业所得金额 1500-1000-96=404（万日元）
☑ 不动产所得金额 200-70-45 （蓝色申报特别扣除）=85（万日元）
☑ 综合课税所得金额合计 404+85=489（万日元）
☑ 分离课税的土地转让所得金额
☑ 7000-7000×5%（假定费用率）-100（特别扣除）=6550（万日元）
✍所得扣除金额
☑ 社会保险费扣除 26+10 =36（万日元）
☑ 人寿保险费扣除（超过10万日元，用最高限度额） 5万日元
☑ 对人的扣除 30（基础扣除）+38（抚养扣除）+38（抚养扣除）=114（万日元）
☑ 所得扣除合计 36+5+114=155（万日元）
✍综合课税所得金额 489-155=334（万日元）
✍所得税额
☑ 综合课税部分（用速算表） 334×20%-33=33.8（万日元）
☑ 土地转让所得部分 6000×20%+550×25%=1337.5（万日元）
☑ 合计应交所得税额 33.8+1337.5=1371.3（万日元）
5.2.1 判定标准及扣缴义务人
非永久居民指没有在日本长期居住的愿望，但在日本国内连续居住一年以上五年以下，且有住所的个人。非永久居民的个人所得税纳税义务只限于国内源泉所得和在日本国内收到的国外源泉所得及国外寄来的所得。非居民指居民以外的个人，即在日本国内没有住所的个人，其个人所得税纳税义务仅限于日本国内的源泉所得。日本称非永久居民和非居民为有限制的纳税人。
5.2.2 征收范围
非居民纳税人只就其源于日本国内的收入征收所得税。
表24 非居民纳税人只就其源于日本国内的收入征收所得税
| 居住状态 | 源自国外收入以外的所得 | 源自国外收入 | ||||
| 国内支付 | 国外支付 | 国内支付 | 国外支付 | |||
| 国内汇款部分 | 汇款以外部分 | |||||
| 居民纳税人 | 永住者 | 课税 | 课税 | 课税 | ||
| 非永住者 | 不课税 | |||||
| 非居民纳税人 | 不课税 | |||||
5.2.3 税率
原则上，对非居民纳税人通过申报征收的所得税额的税率与居民纳税人相同。非居民纳税人因在日本工作而获得的工资收入因在海外支付，在日本未被征收来源税者，必须申报并交纳该工资等总额的20.42%作为税额。
5.2.4 税前扣除
对于工资收入，从收入金额中扣除下列工资收入扣除金额后，计算应课税金额。
表25 税前扣除额
| 工资收入金额 | 工资收入扣除额 | |
| - | 162.5万日元以下 | 650,000日元 |
| 162.5万日元以上 | 180万日元以下 | 工资收入金额*40% |
| 180万日元以上 | 360万日元以下 | 工资收入金额*30%+180,000日元 |
| 360万日元以上 | 660万日元以下 | 工资收入金额*20%+540,000日元 |
| 660万日元以上 | 1,000万日元以下 | 工资收入金额*10%+1,200,000日元 |
| 1,000万日元以上 | - | 2,200,000日元 |
5.2.5 应纳税额
非居民纳税人通过申报征收的所得税额的税率与居民纳税人相同。所得划分为各种收入，每种收入按所规定的方法计算所得金额，从收入总额中减去各项扣除后即为应课税所得，再乘以相应税率计算出应缴税额。
