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相互协商程序条款是税收协定中的一项重要条款，其意义在于缔约国一方居民与缔约国另一方税务当局产生纳税争议后，缔约国一方居民可以寻求所在国政府的帮助，有效地解决跨国税务争议，维护自身权益。该程序对于化解中国居民国际税务争议具有重要意义，是中国居民赴日投资过程中维护自身税务合法权益的重要途径。同时，国家税务总局于2013年9月发布了部门规范性文件《税收协定相互协商程序实施办法》，为税收协定中相互协商程序条款的适用提供了规范依据。中国居民应当特别关注税收协定相互协商程序中的相关规定，理解程序适用的范围、启动、效力等，并且能够积极合法地运用这一程序，从而有效解决跨国税收争议。
中日税收协定争议是指中日之间因税收协定条款的解释和适用而引发的争议，从本质上来说，该争议是一种国际税务争议，是两国因税收协定适用不明确导致的税收管辖权冲突。从税收争议主体上来看，国际税收争议中可能存在两种情况，一是两国政府就税收协定适用产生争议；二是一国政府与跨国纳税人在国际税收关系中产生争议。
相互协商程序即是两国主管当局为解决上述争议，在双边税收协定相互协商程序条款的框架内共同协调磋商的机制。1983年协定第二十五条协商程序条款为两国主管当局之间的协商解决机制提供了法律依据。
1983年协定对相互协商程序的规定为：
（1）当一个人认为，缔约国一方或者双方的措施，导致或将导致对其不符合本协定规定的征税时，可以不考虑各缔约国国内法律的补救办法，将案情提交本人为其居民的缔约国主管当局；或者如果其案情属于第二十四条第一款，可以提交本人为其国民的缔约国主管当局。该项案情必须在不符合本协定规定的征税措施第一次通知之日起，三年内提出。
（2）上述主管当局如果认为所提意见合理，又不能单方面圆满解决时，应设法同缔约国另一方主管当局相互协商解决，以避免不符合本协定的征税行为。达成的协议应予执行，而不受各缔约国国内法律的时间限制。
（3）缔约国双方主管当局应通过协议设法解决在解释或实施本协定时发生的困难或疑义，也可以对本协定未作规定的消除双重征税问题进行协商。
（4）缔约国双方主管当局为达成第二款和第三款的协议，可以直接联系。为有助于达成协议，双方主管当局可以进行会谈，口头交换意见。
2.3.1 申请人的条件
根据中日税收协定相互协商程序条款规定，当另一方缔约国的措施导致或将导致对申请人不符合税收协定规定的征税行为时，申请人可以将案情提交至本人为其居民的缔约国主管当局。此处需要明确的是，税收协定中的“居民”一词所指的是税收居民身份。我国的《实施办法》中也表明了中国税收居民身份为申请启动程序的前提。《实施办法》中所称中国居民，是指按照《中华人民共和国个人所得税法》和《中华人民共和国企业所得税法》，就来源于中国境内境外的所得在中国负有纳税义务的个人、法人或其他组织。
也就是说，只有在申请人为中国税收居民的情况下，中方主管当局方可受理其申请并就其所遇到的税收协定问题与日方主管当局进行相互协商。例如，若中国居民企业在对日投资时采取的是间接持股方式，即通过在境外设立SPV来持股日本国被投资公司，如果SPV与日本国国内收入局就税收协定适用问题产生争议，虽然该SPV为中资公司，但因为其并非中国税收居民，该SPV将无权请求中国主管当局启动相互协商程序。但如果该SPV被认定为境外注册中资控股居民企业，那么即使其并非依照中国法律成立的法人，该SPV也将有权依据其中国税收居民身份请求中国主管当局就税收协定问题启动相互协商程序。同理，不具有中国国籍，但属于中国税收居民的外国人若与其他国家就税收协定问题产生争议，也有权向中国主管当局申请启动相互协商程序。
此外，相互协商程序条款规定，如果案情属于第二十四条第一款（非歧视待遇），申请人可以将案情提交至本人为其国民的缔约国主管当局。此处中国国民，是指具有中国国籍的个人，以及依照中国法律成立的法人或其他组织。
2.3.2 相互协商程序的方式、时限和具体情形
相互协商程序是在税收协定框架内解决国际税收争端的机制，因此当事人请求相互协商的事项应属于税收协定的适用范围。在中国对外签订的税收协定中，除相互协商程序条款外，部分协定还在居民、股息、利息、联属企业等条款中指明了双方主管当局可以就该条款解释及适用进行相互协商。但在中国签订的某些协定中，双方仅在少数条款中指明可以就该条款相互协商程序，而在其他的条款中未提及相互协商程序，那么在这种协定下，是否可以认为相互协商程序的适用范围受到了限制？根据OECD税收协定范本解释，这个答案是否定的。关于这一问题，范本解释中明确提到，即使缔约国双方未在其他条款中提及主管当局可以就该条款协商，但因相互协商程序独立条款的存在，双方仍可以就税收协定特定条款解释及适用过程中的问题适用相互协商程序。
中国颁布的《实施办法》第九条以列举的方式说明了中国居民（国民）可以申请启动相互协商程序的情形：
（1）对居民身份的认定存有异议，特别是相关税收协定规定双重居民身份情况下需要通过相互协商程序进行最终确认的；
（2）对常设机构的判定，或者常设机构的利润归属和费用扣除存有异议的；
（3）对各项所得或财产的征免税或适用税率存有异议的；
（4）违反税收协定非歧视待遇（无差别待遇）条款的规定，可能或已经形成税收歧视的；
（5）对税收协定其他条款的理解和适用出现争议而不能自行解决的；
（6）其他可能或已经形成不同税收管辖权之间重复征税的。
2.4.1 启动程序时效及条件
相互协商程序是通过缔约国之间双边税收协定赋予缔约国纳税人的权利救济程序，制定该程序的目的是为保证税收协定的实施及有效消除国际双重征税。但需要注意的是，申请该救济程序的权利存在期限，根据OECD税收协定范本中的规定，当事人应在不符合税收协定规定的征税措施第一次通知之日起三年内提出申请。
在中国对外签署的大部分税收协定中，关于申请启动相互协商程序的期限规定与OECD税收协定范本相同，但在中国与英国、加拿大、意大利等国家之间的税收协定中关于申请期限的内容与范本存在差异。如中英之间税收协定未对申请的期限予以规定。根据英国国内法律规定，启动相互协商程序的申请应在需协商事项发生后的6个纳税年度内提起，如果税收协定中的期限更长，则以税收协定规定为准。我国国内法规尚未对该类问题进行明确，但从OECD范本解释中来看，范本中提供的三年是建议的最短时限，若协定中未约定期限的，应认为该期限至少不低于三年。
关于该期限的开始点，也就是纳税人有权申请启动协商程序的时间节点如何确定，OECD税收协定注释中并未给出明确的界限，该问题一般由各国通过国内法进行规定。如日本国规定，在一起日本国发起的转让定价调查中，纳税人接到有关于调整数额的初步书面通知后可向日本国当局申请启动相互协商程序。关于这一问题，我国尚未做出明确规定，根据我国《实施办法》规定：如果中国居民（国民）认为，缔约对方所采取的措施，已经或将会导致不符合税收协定所规定的征税行为，可以按规定向省税务机关提出申请。但如何认定存在“将会导致不符合税收协定所规定的征税行为”难以明确。另根据《办法》第十四条第四款，“申请人提供的事实和证据能够证实或者不能合理排除缔约对方的行为存在违反税收协定规定的嫌疑”，可以得出当事人对违反税收协定的事项负有举证义务。
从实务角度出发，我们认为，通常来说只有当中国居民（国民）从缔约对方税务主管当局接到有违反税收协定嫌疑的书面意见或通知后（如申请税收协定优惠待遇被驳回的通知、认定存在常设机构的通知或转让定价调整数额初步通知等类似的书面意见或通知），当事人方有充分理由认定将出现不符合税收协定的征税行为，相互协商程序的三年期限开始计算，此时当事人方可申请启动相互协商程序。
2.4.2 税务机关对申请的处理
根据OECD税收协定范本条款中的用语“上述主管当局如果认为所提意见合理，又不能单方面圆满解决时，应设法同缔约国另一方主管当局相互协商解决”可以看出一国税务当局对是否应当事人的申请启动相互协商程序有一定的自由裁量权利。但税务当局何时可以拒绝当事人的申请，当事人是否有权诉至法院要求税务当局启动该程序？这些问题在OECD协定解释中并没有明确的答复，通常情况下这些问题都会留待各缔约国通过国内法规范。
理论上来说，与其他国家就税收问题展开磋商是涉及国家主权的行为，纳税人可以基于税收协定中的条款申请主管当局启动该程序，但当主管当局通过审查认为申请理由不够充分时有权拒绝纳税人申请，并且纳税人无权通过法院强制要求主管当局执行该程序。
如日本国国内的相关规定，在日本国发起的税务调查中，税务局有义务告知纳税人其申请启动相互协商程序的权利。当纳税人向日本国税务主管当局提交申请时，主管当局有权决定是否批准，并且如果主管当局决定拒绝纳税人的申请，该项决定具有终局性，此后纳税人将无权对该决定提起复议或行政诉讼。
根据《实施办法》规定，我国纳税人提出启动相互协商程序的申请需经两个步骤：
（1）向其所在的省级税务机关提出申请，由省级税务机关决定是否上报总局；
（2）税务总局对上报的申请进行审查并决定是否启动相互协商程序。
从《实施办法》可以看出，在该程序中省级税务机关只是对纳税人申请的材料进行审查而无权最终决定是否启动相互协商程序。如果纳税人对省级税务机关不予受理的决定不服，将有权进行异议申请。但对当总局收到上报申请后决定不予受理时，该决定将具有终局性，纳税人无权再提出异议。
2.5.1 相互协商程序结果的法律效力
国际普遍认为相互协商程序应属于行政性的争议解决手段，换言之，其结果只对达成协议的主管当局产生约束，如果当事人对结果不满，其仍有权通过司法程序寻求救济。此外，相互协商程序是两国主管当局就特定问题进行的协商讨论，就效力而言，其得出的结论只能对该特定问题生效，而无普遍约束力。
值得注意的是，上述普遍性规则有可能因税收协定特殊条款存在而产生例外，如根据中国与荷兰签订的议定书第二条规定，双方认为，如果缔约国双方主管当局通过相互协商，根据上下文就下列将导致双重征税或双重免税的案例形成解决方案：
（1）适用第三条第二款对本协定未定义的名词进行解释；
（2）定性上的差异。在双方主管当局公布后，该解决方案也应对未来适用本协定规定的其他类似案例具有约束力。
2.5.2 相互协商程序与司法判决的关系
通常认为，如果两国主管当局进行协商讨论的问题上已产生了生效的税收和解或司法判决，那么两国主管当局在进行相互协商时，将只能基于此前认定的事实进行相应的纳税调整，而不能改变已生效的和解或判决。
2.5.3 保护性措施
协商程序条款规定，若纳税人接受相互协商的结果，该结果的执行将不受其本国国内法的限制。因两国主管当局就相互协商程序能否达成一致具有相当的不确定性，而且该程序通常耗时很长，当纳税人对协商结果不满或两国税务主管当局无法达成一致时，即使纳税人希望通过司法程序解决也很有可能面临诉讼时效已过期的尴尬局面。因此，当事人在申请启动协商程序后往往还会选择同时启动其他的救济程序，如行政复议或司法救济来确保自身权益。
理论上启动其他救济程序不会对相互协商程序产生影响，两者应属于平行关系。但事实上若其他救济程序产生了结果其必将对案件产生巨大影响，因此许多国家会通过国内法规定，若当事人希望启动相互协商程序解决税收争议，该当事人应中止其他正在进行中的救济程序。如日本国《请求主管当局协助税收协定问题申请程序》就列明：若当事人请求主管当局协助的案件同时处于日本国法院或国外法院的审理过程中，日本国税务局在得到国际部首席助理律师同意或者当事人申请中止延期该审理前，不会接受该申请。
在这种情况下，如果当事人希望通过相互协商程序来解决税收协定问题，可以选择在申请启动程序的同时向法院提起行政诉讼并请求延期审理来中止诉讼时效，采取保护性措施保全其请求司法救济的权利。
仲裁条款是OECD为提高相互协商程序的效率，确保税收协定的实施而制定的条款。其一般形式是：如果两国主管当局在一定时间内（通常为两年）无法就相互协商的事项达成一致，当事人可以请求将该事项提交仲裁。
2.6.1 仲裁员
日本《民事诉讼法》第788条关于仲裁员人数的规定可以是偶数，即当仲裁协议没有规定关于仲裁员的人选时，当事人可以各选定一名仲裁员。
《国际商会调解与仲裁规则》第二条第二款规定：“争议得由一名独任仲裁员或三名仲裁员解决”。
日本《民事诉讼法》第792条赋予当事人申请仲裁员回避的权利。仲裁员有下列三种情形之一时，当事人可以申请其回避。
（1）具有请求法官回避的同样情形；
日本《民事诉讼法》第35条规定，在下列情形下，法官不得执行职务：在本案中，法官自己是当事人或者法官与当事人间有共同的权利义务关系；本案当事人是法官的配偶；本案当事人是法官的直系血亲或直系姻亲或三代以内的旁系血亲；在本案中，法官现在受任或曾经受任当事人一方的诉讼代理人或辅佐人，现在或曾经具有为当事人一方的法定代理人权限；在本案中，法官曾经作为证人或鉴定人而受讯问；在上述案件中，法官曾参与前审或仲裁程序中的裁判，但仅执行受命法官或受委托法官职务者不在此限。
（2）未在仲裁协议中预先选任的仲裁员无正当理由而拒不履行其职务；
（3）未成年人、聋哑盲人以及法庭宣告剥夺其担任公职资格的人。
日本《民事诉讼法》第794条、795条对仲裁员的权利也作了规定，具体体现在：第794条规定“当事人就仲裁程序未达成协议时，其程序以仲裁员的形式决定”，第795条规定“仲裁员可以询问同意出庭的证人及鉴定人，但无权命令证人、鉴定人或当事人宣誓”。同时还规定，需要强制证人、鉴定人作证，必须向有管辖权的法院申请才得以实施。
日本《民事诉讼法》第798条规定“应由数名仲裁员为仲裁裁决时，应当以过半数为裁决”。
如果一方当事人在开始的程序中已经选定一名仲裁员，则另一方当事人应在7天内选定仲裁员，如超过7天，则日本法院可以根据一方当事人的申请选定仲裁员。
2.6.2 仲裁裁决
日本《民事诉讼法》第800条规定“仲裁裁决在当事人之间具有同确定的法院判决同等的效力”。
仲裁员签名盖章的裁决副本，应当送达给当事人。其正本应附上送达证书存置在有管辖权的法院。 关于撤销仲裁裁决，日本《民事诉讼法》第801条规定：第一，不应准许仲裁程序时；第二，仲裁裁决向当事人宣告应为法律上禁止时；第三，当事人在仲裁程序中按照法律规定不能为代理时；第四，在仲裁程序中没有审问当事人时；第五，在仲裁裁决上没有附上理由时；第六，具有准许再审诉讼的条件时。
依日本《民事诉讼法》第801条第2款，如果当事人对上述第四项、五项已达成仲裁协议，则不能以此理由进行撤销。
日本《民事诉讼法》第802条规定，对于仲裁裁决的强制执行，只要到管辖权法院申请宣告执行判决就可进行。如果裁决存在该法第801条所规定的可予以撤销的情形时，强制执行申请应予以驳回，裁决应予以撤销。
2.6.3 法院的管辖权
日本《民事诉讼法》第805条，对于在仲裁程序中涉及到的如下问题，当事人应到有管辖权的法院去申请：选任仲裁员问题；申请仲裁员回避问题；仲裁协议无效问题；不应准许的仲裁事项；撤销仲裁裁决；对仲裁裁决的强制执行，包括申请鉴定人或证人进行鉴定或到庭作证等。
上述问题应到有管辖权的简易法院或地方法院申请，如有管辖法院数个时，由当事人或仲裁员最先提请的法院管辖。
根据日本法院组织法第33条规定，简易法庭的管辖权限制不超过标的为90万日元的案件。