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中日税收协定争议是指中国与日本国因双方之间签订的税收协定条款的解释和适用而引发的争议，体现在两个不同的层面。第一个层面是跨国纳税人（中国投资者）与收入来源地国（日本国）之间就中日税收协定条款的解释和适用引发的争议；第二个层面是跨国纳税人（中国投资者）与收入来源国（日本国）之间基于中日税收协定条款的解释和适用争议进入相互协商程序后转化为中国与日本国两个主权政府之间的税务争议。由于在第一个层面的税收协定争议中，中国投资者是直接利害关系方，是税收协定争议的主体之一。因此，中国投资者应当着重关注这一层面的税收协定争议，注重防范和避免争议的发生，增强税收协定争议的风险控制与管理能力。
本指南所称中日税收协定争议是中国投资者与日本国税务当局或者中国税务当局之间的税务争议，两者在法律地位上是不平等的。此类争议产生的主要原因有二，其一是中国投资者在赴日投资的决策阶段没有全面周详地考察中日税收协定及日本国当地税法的具体规定，致使投资项目在日本国落地后一些尚未识别的税务成本增加；其二是中国投资者在一些具有争议的涉税问题上与日本国税务当局以及中国税务当局没有事先进行有效地沟通，由此引发税务争议。以下是一些常见的中日税收协定争议的表现：
3.2.1 双重税务国籍
中国居民企业在日本国依据日本国法律设立了项目投资公司，但公司的实际管理机构仍然设置在中国境内时，这一项目投资公司根据中国税法以及日本国税法的规定既是中国居民企业又是日本国居民企业。如果项目投资公司没有与中国税务当局以及日本国税务当局事先协商确定其单一税务国籍的，那么将无法享受税收协定优惠，由此可能引发税务争议。
3.2.2 受益所有人身份被否认
中国投资者在日本国获取股息、利息或者特许权使用费等消极收入时，应当向日本国税务当局证明自身的受益所有人身份，从而适用中日税收协定规定的优惠税率，降低在收入来源地国的税负。如果中国投资者作为受益人没有实质上的经营管理活动，是一个空壳公司或者导管公司，那么其受益所有人的身份将会很难被日本国税务当局认可，由此可能引发税务争议。
3.2.3 营业利润与特许权使用费区分争议
中国居民企业或个人向位于日本国的商业客户提供技术服务并收取技术服务费的，该笔收入属于税收协定规定的营业利润，中国居民无须在日本国缴纳所得税。但是，如果中国居民的技术服务行为兼具技术授权使用行为的，容易引发税务争议。这种混合行为极易被日本国税务当局全盘认定为技术授权行为，中国居民收取的费用属于特许权使用费，因此要求中国居民在日本国缴纳所得税。中国居民应当事先主动做好区分，明确技术服务与技术授权的两部分收入，避免税收成本的增加。技术服务费与技术授权费的区分问题是税收协定争议高发地带。
3.2.4 常设机构的认定争议
中国投资者在日本国获得营业收入是否应当在日本国履行纳税义务很大程度上取决于常设机构的认定。通常，中国投资者在日本国的场所、人员构成常设机构的，其营业利润应当在日本国纳税。中国投资者应当尽量争取避免其在日本国设置的场所、人员被日本国税务当局认定为常设机构。因此，常设机构的具体认定问题容易引发税务争议，同时也是中国投资者应当着重关注的税务风险点。
在场所型常设机构认定方面，协定规定专为准备性、辅助性目的设立的场所且其全部活动属于准备性或辅助性活动的，不属于常设机构。如何认定准备性、辅助性活动和目的，是中国投资者与日本国税务当局之间的争议高发点。
在工程型常设机构认定方面，如果中国投资者或者经营者为日本国商业客户提供工程服务的，应当高度审慎地遵循税收协定关于常设机构认定规定，尤其是工程期限的把控，同时准确区分工程地与场所的区分，以免引发争议。
在服务型常设机构认定方面，要审慎把控雇员的服务时限，避免超过期限而被认定为常设机构。此外，中国经营者既提供技术出让又提供技术支持服务的，应当避免超时限而被认定为常设机构。
在代理型常设机构认定方面，中国投资者或者经营者要确保其在日本国的代理人符合独立代理人的条件，否则将会被认定为中国投资者或者经营者在日本国的常设机构。
中国投资者与日本国税务当局一旦产生税收协定争议，可以通过启动相互协商程序加以解决，但这一协商机制的缺点在于缺乏时限规定，可能使得各个程序阶段久拖不决，导致争议解决效率低下，对中国投资者产生更为不利的影响。因此，中国投资者应当注重增强防范和避免中日税收协定争议的能力，尽力避免在项目投资或者经营过程中产生与日本国税务当局之间的税务争议，强化税务风险管理，确保在日投资或经营能够实现最优化的经济目标。
3.3.1 全面了解中日税收协定及日本国税法的具体规定
防范中日税收协定争议的核心工作环节在于决策阶段。中国投资者应当在投资或经营决策阶段对日本国税法以及中日税收协定的具体规定进行充分考察与准确理解，结合自身的投资项目或经营活动识别税务风险，合理地进行税务规划，严格按照日本国税法及中日税收协定的具体规定安排自身的投资、经营活动。
3.3.2 完善税务风险的内部控制与应对机制
中国企业作为赴日投资者应当特别注重建立税务风险的控制与管理机制，制定涉外税务风险识别、评估、应对、控制以及信息沟通和监督的相关工作机制，尤其要注重准确、全面地识别自身的税务风险点，并制定税务风险应对预警方案。中国企业应当结合在日投资或经营的业务特点设立专门的税务管理机构和岗位，配备专业素质人员，强化税务风险管理职能以及岗位职责。
3.3.3 与日本国税务当局开展充分的沟通与交流
中国投资者应当在全面了解日本国税法、中日税收协议具体规定以及准确把握自身涉税风险点的基础上，进一步做好与日本国税务当局进行沟通与交流的准备工作，备齐相关的证明材料，就一些关键税务风险点的处理与日本国税务当局开展充分的沟通和交流，努力获得日本国税务当局的承认或者谅解，必要时可以启动在日的预约定价安排程序以及事先裁定程序，尽力将税务争议风险进行锁定。
3.3.4 寻求中国政府方面的帮助
检索和考察日本国税法以及中日税收协定的具体规定是中国投资者不得不为，但又十分困难的一项工作。中国投资者可以在投资和经营决策初期积极寻求中国政府方面的帮助，获取相关税收规定以及政策信息，并与中国政府相关方面保持良好的沟通关系。能够给中国企业提供投资咨询的机构主要有中国驻日本国使领馆经商处、日本国中国总商会、日本国驻中国大使领馆商务处、中国商务部研究院海外投资咨询中心等。
3.3.5 寻求税法专业人士的帮助
中国投资者应当在决策阶段及时寻求税务律师、注册会计师等税法专业人士的帮助，借助税法专业人士的专业优势进行周详的税法尽职调查，制定合理的税务筹划方案，实施符合自身投资或经营特点的税务架构，控制和管理整个项目各个阶段的税务风险。税法专业人士的服务可以使赴日投资经营决策更为有效。