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国际普遍认为相互协商程序应属于行政性的争议解决手段，换言之，其结果只对达成协议的主管当局产生约束，如果当事人对结果不满，其仍有权通过司法程序寻求救济。此外，相互协商程序是两国主管当局就特定问题进行的协商讨论，就效力而言，其得出的结论只能对该特定问题生效，而无普遍约束力。
通常认为，如果两国主管当局进行协商讨论的问题上已产生了生效的税收和解或司法判决，那么两国主管当局在进行相互协商时，将只能基于此前认定的事实进行相应的纳税调整，而不能改变已生效的和解或判决。
协商程序条款规定，若纳税人接受相互协商的结果，该结果的执行将不受其本国国内法的限制。因两国主管当局就相互协商程序能否达成一致具有相当的不确定性，而且该程序通常耗时很长，当纳税人对协商结果不满或两国税务主管当局无法达成一致时，即使纳税人希望通过司法程序解决也很有可能面临诉讼时效已过期的尴尬局面。因此当事人在申请启动协商程序后往往还会选择同时启动其他的救济程序，如行政复议或司法救济来确保自身权益。
理论上启动其他救济程序不会对相互协商程序产生影响，两者应属于平行关系。但事实上若其他救济程序产生了结果其必将对案件产生巨大影响，因此，许多国家会通过国内法规定，若当事人希望启动相互协商程序解决税收争议，该当事人应中止其他正在进行中的救济程序。如日本国《请求主管当局协助税收协定问题申请程序》就列明：若当事人请求主管当局协助的案件同时处于日本国法院或国外法院的审理过程中，日本国税务局在得到国际部首席助理律师同意或者当事人申请中止延期该审理前，不会接受该申请。
在这种情况下，如果当事人希望通过相互协商程序来解决税收协定问题，可以选择在申请启动程序的同时向法院提起行政诉讼并请求延期审理来中止诉讼时效，采取保护性措施保全其请求司法救济的权利。