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基于经济合作与发展组织（OECD）公布的BEPS 行动13“关于转让定价文档及国别报告指南（最终报告书）的‘三层转让定价报告’，日本根据2016年度税制修正，引入了新的转让定价文档制度。
为了确保达成转让价格文档的透明性，适用于各国的转让定价文档应用方法是必要的，即提出需做成国别报告、主体文档以及本地文档3个报告。
2.1.1国别报告
国别报告主要记载不同国家合计的所得分配，纳税状况，经济活动，主要的事业内容等。
在日本，国别报告提出的适用对象为最终控股母公司会计年度的总收入金额在1000亿日元以上的跨国企业集团，最终母公司的会计年度终了日的次日起1年内需向税务当局提出国别报告（通过e-Tax提交）。母公司在向本国的税务当局提交国别报告后，原则上，基于日本与跨国企业集团的外国子公司所在国的条约，自动实施国别报告的信息交换。
2.1.2主体文档
主体文档主要是记载跨国企业的组织结构、事业概要及财务状况。
主体文档同国别报告一致，最终控股母公司会计年度的总收入金额少于1000亿日元的跨国企业集团可以免于提交。
2.1.3本地文档
本地文档记载各关联方之间交易的详细信息。 本地文档则需在前一个事业年度（如果没有前一个事业年度则为该事业年度）与境外关联方之间的交易金额未满50亿日元且无形资产交易金额未满3亿日元的情况下，可以免于提交。
表30 转让定价文书的要求及内容
| 文档类型 | 报送主体 | 适用开始时间 | 记载内容 | 处罚 |
| 国别报告 | 《条约方式》特定跨国集团的境内法人（限定于最终母公司等或者代理母公司等。） 《子公司方式》特定跨国集团的境内法人（限定于最终母公司等或者代理母公司等。）或是有常设机构的外国法人 |
2016年4月1日 | ·收入（关联方·非关联方） ·税前盈亏 ·支付/发生法人税金 ·盈余公积 ·从业人员数 ·集团企业名称 ·集团企业事业活动等 |
在期限内没有正当理由且未向税务署长提供的情况，处以30万日元以下的罚款 |
| 主体文档 | 特定跨国集团的境内法人或是有常设机构的外国法人 | 2016年4月1日 | ·组织结构/资本关系 ·供应链信息 ·产生利益的经济活动等 ·劳务交易的转让定价政策 ·无形资产交易的转让定价政策 ·金融交易的转让定价政策 ·财务状况及纳税状况等 |
在期限内没有正当理由且未向税务署长提供的情况，处以30万日元以下的罚款 |
| 本地文档 | 进行境外关联交易的法人 | 2017年4月1日 | ·组织结构图 ·经营内容 ·关联交易的内容 ·功能风险分析 ·关于关联交易的转让定价计算方法 ·可比公司的选定 ·转让定价计算方法的适用结果等 |
若在一定期限内没有提交，进行核定征税及对从事同类经营的人员进行询问检查。 |
国别报告与主体文档，需在最终母公司的会计年度终了日的次日起的1年内通过e-Tax向所属税务署长提出。本地文档则是在调查中从要求提交日起一定期间内提交，且原则上需要在确认申告书提交期限日的次日开始7年内，保存在进行境外关联交易的境内法人企业。
