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预约定价安排（APA），是企业与税务当局之间就转让定价预计相关问题事先解决，以避免税务调查时不可预计的巨大成本和应对负担，以及更正的风险。预约定价安排包括单边、双边和多边3种类型。
4.2.1预约定价申请
（1）由所辖税务署长（调查科管辖的法人是指“根据制定调查稽查部等所管事务范围的省令（昭和24年大藏省令第49号）管辖调查科的法人” 所辖国税局长（包括冲绳国税事务所长），下同）受理法人就境外关联交易全体或一部分提出的预约定价申请。
（2）申请预约定价时，应在预约定价将要涵盖的纳税年度（以下简称“预约定价涵盖年度”）中首个纳税年度的年度申报期限结束之前，以境外关联方所在地/国为单位分别准备记载有预约定价涵盖年度、境外关联方、作为预约定价对象的境外关联交易（以下简称“预约定价对象交易”）以及转让定价方法等的“关于确认转让定价方法等的申请书”（以下简称“预约定价申请书”），向法人纳税地的所辖税务署长递交。
注：预约定价涵盖年度第一个年度的开始日期为国民祝日等法定节假日（昭和23年法律第178号）及一般休息日或国税通则法施行令第2条第2项（期限特令）中规定的日子，截至次日提交。关于需要提交的申请书份数，有调查科管辖的法人为2份（要求进行相互协商的，3份），有调查科管辖的法人以外的法人为3份（要求进行相互协商的，4份）。
4.2.2资料的报送
（1）所辖税务署长应要求预约定价申请人随预约定价申请书附送下列资料：
①记载有预约定价对象交易以及实施该交易的组织等的概要情况的资料；
②记载有将适用于预约定价协议的转让定价方法等以及说明其为最合理的资料；
③有关作为预约定价以及执行预约定价前提的重要经营、经济条件的资料；
④记载有预约定价对象交易业务及资金流程、使用的货币币种等有关预约定价对象交易详细情况的资料；
⑤关于预约定价对象交易涉及的境外关联方（以下简称“该境外关联方”）与预约定价申请人之间直接或间接的资本关系或实质性支配关系的资料；
⑥关于在预约定价对象交易中，预约定价申请人和该境外关联方所承担的功能的资料；
⑦关于预约定价申请人和该境外关联方过去3个纳税年度的经营及财务状况，以及其他业务内容的资料（当预约定价对象交易属于新业务或新产品，无法提供过去3个纳税年度的资料时，可以用将来的业务计划、预测等资料代替）；
⑧该境外关联方在其所在国有过转让定价调查、行政复议、诉讼等的，需提交记载有其概要以及过去课税状况的资料；
⑨将预约定价申请中涉及到的转让定价方法等适用于预约定价涵盖年度前3个纳税年度时的结果等预约定价申请人提出的转让定价方法等的必要具体说明资料；
⑩其他预约定价申请所需资料。
注：关于⑦和⑨项中提到的资料，若从预约定价对象交易涉及的产品的生命周期来看，3个纳税年度的资料对于预约定价审查而言不够充分的话，税务局负责部门应要求预约定价申请人追加提供更早的2个纳税年度的资料。
（2）若申请预约定价的法人未及时在预约定价申请书中添加（1）中的附件，按4.2.13（4）和4.2.13（5）中规定通知其无法对独立交易价格的计算方法进行预约定价，若（1）中一部分资料未添加附件，但有恰当理由，局负责部门可以在通常准备该资料需要的时间（以下称为“缓期期限”）内不进行通知。
这种情况下，税局负责部门在明确告知预约定价申请法人提出延期提交期限的同时，说明这段时间内是否保留预约定价审查。
4.2.3翻译资料的报送
随预约定价申请书附送的资料中，若存在以外国语记载的内容，应附送日文翻译件。
4.2.4预约定价申请书的补正
税务署法人征税部门（指税务署中掌管法人税事务的部门，下同）或税务局调查科应对收到的预约定价申请书的记载事项是否存在错记或漏记以及对4.2.2中规定的附送资料等进行检查，若有不够完备的地方，应要求法人补正。
4.2.5预约定价申请书的递送等
税务署法人征税部门应立即将收到的2份（预约定价申请人要求进行相互协商的，3份）预约定价申请书递送给税局法人征税科，税局法人征税科应将其中1份（预约定价申请人要求进行相互协商的，2份）立即递送给国税厅征税部法人征税科。调查科则应将收到的1份（预约定价申请人要求进行相互协商的，2份）预约定价申请书立即递送给国税厅调查检查部调查科。在预约定价申请人要求进行相互协商的情况下，国税厅负责部门应将1份预约定价申请书移交给国税厅相互协商室。
4.2.6预约定价涵盖年度
原则上，预约定价涵盖年度为3至5年。
4.2.7预约定价申请的修正
预约定价申请人要求递交与修正预约定价申请相关的资料时，税务署法人征税部门或税局调查科应按照4.2.4及4.2.5的规定处理。
4.2.8预约定价申请的撤销
预约定价申请人递交预约定价申请撤销书时，税务署法人征税部门或局调查科应按照4.2.4及4.2.5的规定处理。
4.2.9预备会谈
（1）由税务局负责部门接受法人提出的预备会谈要求。国税厅负责部门（需要进行相互协商的预约定价，则包含国税厅相互协商室，（2）同）收到税务局负责部门的通知后，则包含国税厅相互协商室。
（2）税务局负责部门（包括加入预备会谈的国税厅负责部门）应理解，预备会谈有助于在预约定价谈判过程中给法人带来更大的方便以及使预约定价的手续迅速化。为了减轻预约定价申请人提出申请时的负担以及顺利地进行预约定价审查，在会谈时应注意以下各点：
①在预备会谈时应充分说明预约定价申请书附送资料的准备要点、递交期限等预约定价手续上必要的事项；
②切实掌握会谈对象的境外关联交易的内容，努力提供能使该法人恰当判断是否申请预约定价、进行怎样的申请的必要信息。
（3）税务局负责部门应在希望进行会谈的法人所出示或提供的资料的范围内展开预备会谈。
（4）另外，如果预备会谈所必需的资料未予出示或提供，应向该法人说明无法充分会谈的原因。 在（1）的预备会谈中，附送4.2.2规定的资料，曾谈到过在预约定价申请书递交期限内无法提供该资料的一部分且有充分、被认可的理由，按4.2.2（2）规定处理。
4.2.10预约定价审查
税务局负责部门在收到预约定价申请人提出的预约定价申请后，按照下述规定进行预约定价审查。
（1）税务局负责部门在收到预约定价申请后，应立即着手展开预约定价审查，根据案件的复杂性和困难性进行张弛兼备的审查等，力求恰当、迅速的实务处理。国税厅负责部门在必要的时候参与预约定价审查。
另外，为了能迅速地进行预约定价审查，预约定价申请人的配合不可欠缺。就这一点，应寻求预约定价申请人的理解。
（2）税务局负责部门原则上应根据3.3.1以及第2章和第3章规定的事例进行预约定价审查。
另外，需注意，预约定价审查并不是关于法人税的调查。
（3）为了进行预约定价审查，税务局负责部门认为除了4.2.2的规定以外还有需要的资料，应向预约定价申请人说明情况，要求其提供。
从预约定价审查迅速化的角度出发，税务局负责部门可以根据预约定价申请人的实际情况确定合理的通常准备该类资料所需要的时间，以设定该类资料的递交期限。
（4）税务局负责部门认为预约定价申请人提出的转让定价方法等并非最合理时，可以要求该预约定价申请人修改申请。
（5）国税厅负责部门可根据需要要求税务局负责部门就预约定价审查状况等进行报告。
4.2.11税务局负责部门之间的交流、协商
预约定价申请人要求进行关于预约定价的相互协商时，税务局负责部门、国税厅负责部门以及国税厅相互协商室应根据需要进行协商。
税务局负责部门应在预约定价审查结束时，通过国税厅负责部门就对该预约定价申请的意见通报给国税厅相互协商室；国税厅相互协商室应通过国税厅负责部门就预约定价申请的相互协商结果通报给税务局负责部门。
4.2.12进行预约定价程序问题处理
在进行预约定价审查时，从力求恰当、圆满地执行转让定价税制的角度出发，应根据（1）（2）的规定适当地处理。
（1）诸如在下述例举的情况下，若税务局负责部门认为进行预约定价不适当，则应同国税厅负责部门（涉及相互协商的预约定价的情况下，则包括国税厅相互协商室）协商一致后，要求预约定价申请人修改申请。若该预约定价申请人不同意修改，则应向其说明无法进行预约定价。
以非关联方之间通常不会进行的交易为预约定价对象交易等缺乏经济上的合理理由、以降低在日本的税负为目的的预约定价申请人不提供预约定价审查必要的信息等致使无法获得该预约定价申请人的协助，给预约定价造成障碍的。
（2）诸如在下述例举的情况下，若税务局负责部门认为开始或继续预约定价审查不适当，则应同国税厅负责部门（涉及相互协商的预约定价的情况下，则包括国税厅相互协商室）协商一致后，向预约定价申请人说明在预约定价审查开始之前，预约定价手续暂停。
①预约定价申请人以根据转让定价税制被调整的交易为预约定价对象交易的，认为有必要等待关于该调整的复议被裁决、决定或判决后才进行预约定价审查的时候；
②预约定价申请人进行了就预约定价对象交易之外的境外关联交易的预约定价或相互协商申请的，认为有必要等待该相互协商达成后才进行预约定价审查的时候；
③仅凭4.2.2（1）①的括号内规定的将来的业务计划、预测等资料无法把握业务活动实际情况的，认为有必要等待预约定价对象交易实际发生后才进行预约定价审查的时候。
4.2.13预约定价审查结果的通知
（1）税务局负责部门就需要进行相互协商的申请，通过国税厅负责部门接到自国税厅相互协商室发出的达成相互协商的通知时，应要求预约定价申请人根据该结果修改申请等，然后立即通知所辖税务署长将依据此结果签订预约定价协议。
（2）税务局负责部门就需要进行相互协商的申请，通过国税厅负责部门接到自国税厅相互协商室发出的达成相互协商的通知时，应就撤回申请还是申请无需协助协商的预约定价听取预约定价申请人的意见后，立即按照4.2.8或4.2.13（3）或4.2.13（4）的规定处理。
（3）就与相互协商无关的申请，作为预约定价审查的结果，若税务局负责部门认为所申请的转让定价方法等是最合理的，应立即通知所辖税务署长将依据该转让定价方法等签订预约定价协议。
（4）作为预约定价审查的结果，若税务局负责部门认为所申请的转让定价方法等并非最合理的，当预约定价申请人未如期附送4.2.2规定的资料、或未递交4.2.10（3）的资料、或根据4.2.12（1）的规定判断无法进行预约定价时，其应在与国税厅负责部门（涉及相互协商的预约定价的情况下，包括国税厅相互协商室）讨论一致的情况下，立即通知所辖税务署长无法对该转让定价方法等进行预约定价。
（5）所辖税务署长在收到税务局负责部门关于4.2.13（1）或4.2.13（3）或4.2.13（4）的通知时，应立即通过“转让定价方法等的确认通知书”或“无法就转让定价方法等进行确认的通知书”向预约定价申请人传达进行预约定价或无法进行预约定价的结果。
4.2.14预约定价的效果
对于收到4.2.13（5）中的进行预约定价通知的法人（以下简称“预约定价法人”）在预约定价涵盖年度中进行的符合预约定价内容的申报，所辖税务署长应按照预约定价对象交易符合公平交易原则来处理。
另外，预约定价达成时若部分预约定价涵盖年度已过，为了使该预约定价涵盖年度的申报符合预约定价内容而提交的更正申请表，不属于国税通则法第65条（过少申报滞纳金）第5项规定的“预先知道需要更正的申报”。
4.2.15报告书的递交
所辖税务署长应要求预约定价法人于存在预约定价对象交易的各纳税年度（以下简称“预约定价年度”）的汇算清缴期限或所辖税务署长事先规定的期限内，递交记载有下列事项的“有关独立交易价格计算方法确认的报告书”。
关于需要递交的报告书份数，由调查科管辖的法人为2份，由调查科管辖的法人以外的法人为3份。报告书的内容包括：
（1）预约定价法人已进行符合预约定价的申报的说明；
（2）与预约定价对象交易相关的预约定价法人及其境外关联方的损益情况（仅限于根据预约定价内容，税务局负责部门认为有必要时）；
（3）关于作为预约定价前提的关键经营、经济条件是否变动的说明；
（4）预约定价对象交易的结果不符合预约定价内容时，预约定价法人进行了4.2.17的价格调整的说明；
（5）预约定价年度中预约定价法人及其境外关联方的财务状况；
（6）其他在讨论预约定价法人是否进行了符合预约定价内容的申报时可作为参考的资料。
4.2.16报告书的处理
（1）收到预约定价法人按照4.2.15规定的报告书后，署法人征税部门或局调查科应按照4.2.4及4.2.5的规定处理。
（2）税务局负责部门应根据报告书等来审查是否进行了符合预约定价内容的申报。
在讨论报告书的过程中若与预约定价法人接触，原则上，需留意应以行政指导的方式进行，若怀疑有与预约定价内容不相符的申报，或所得额过少的，局负责部门可以对预约定价法人要求其进行重新审查，必要情况下也可要求其提交修正申报书。
预约定价法人若未按行政指导执行，需留意变为调查，局负责部门根据国税通则法确定的调查手续实施调查。此外，局负责部门调查结果若认为申报未按预约定价内容进行，或认为所得金额过少，则需向预约定价法人说明要求提交调查结果及修正申报书。
另外，须注意在对预约定价法人进行行政指导或者有关调查的行为时，不论采用面谈、电话、书面等何种形式，需在明示作为何种业务行为进行的基础上，分别按法令行事。
注：根据4.2.17（2）②的规定主动提出更正申报的，该更正申报不属于国税通则法第65条（过少申报滞纳金）第5项规定的“预先知道需要更正的申报”。此外，是否需要“预先知道需要更正的申报”，可根据平成12年7月3日课税法209及3课共同“法人税过少申报调增及无申报调增的处理”（事务运营指南）判断。（3）税务局负责部门根据需要，将报告书等的审查结果向国税厅负责部门报告，对于达成相互协商的案件，则通过国税厅负责部门向国税厅相互协商室报告。
4.2.17价格调整
（1）所辖税务署长应将预约定价法人为了进行符合预约定价内容的申报而在年终决算时进行的必要调整视为转让定价上合理的交易来处理。
（2）对于与预约定价相关的价格调整（以下简称“补偿调整”），税务局负责部门应指导预约定价法人区分下列情况分别按照下列规定进行处理。
①预约定价法人在预约定价年度的汇算清缴前，发现最终决算不符合预约定价内容而造成应纳税所得额偏小的，应通过汇算清缴修正应纳税所得额。
②预约定价法人在预约定价年度汇算清缴之后，发现最终决算不符合预约定价内容而造成应纳税所得额偏小的，应立即进行更正申报。
③预约定价法人在预约定价年度的汇算清缴前，发现最终决算不符合达成相互协商合意的预约定价的内容而造成应纳税所得额偏大的，可以根据与补偿调整相关的相互协商合意内容通过汇算清缴修正应纳税所得额。
④预约定价法人在预约定价年度的汇算清缴后，发现最终决算不符合达成相互协商合意的内容而造成应纳税所得额偏大的，可以根据与补偿调整相关的相互协商合意内容，基于国税通则法第23条第2项的规定提出更正申请。
4.2.18预约定价的修订
预约定价法人在预约定价年度内的任何一年，因作为继续履行预约定价的前提条件的经营或经济方面的情况发生变化而提出修订申请的，应按4.2.1至4.2.17的规定进行必要的处理。
4.2.19预约定价的终止
（1）税务局负责部门应通知所辖税务署长，当下述①至④的情况发生时，自该等情况发生的纳税年度以后的纳税年度（该纳税年度为合并纳税年度的，指该合并纳税年度）起；当下述的情况发生时，自预约定价年度起终止预约定价的执行。
①虽发生了4.2.18规定的情况，但预约定价法人并未提出修订申请；
②预约定价法人未进行符合预约定价内容的申报；
③预约定价法人未递交4.2.15中规定的报告或报告中存在重大错误；
④作为预约定价基础的事实关系不真实或申请内容存在重大错误；
（2）在进行（1）的终止通知时，税务局负责部门视需要可同国税厅负责部门协商。
（3）对于达成相互协商的预约定价，（1）的终止事由出现时，税务局负责部门应通过国税厅负责部门与国税厅相互协商室协商，就终止该项预约定价的提议获得相互协商认可后，通知所辖税务署长。
（4）所辖税务署长接到税务局负责部门终止预约定价的通知后，应使用“转让定价方法等的预约定价终止通知书”通知预约定价法人终止预约定价。
4.2.20预约定价的更新
预约定价法人提出预约定价更新申请的，应按4.2.1至4.2.19的规定进行必要的处理。
4.2.21预约定价涵盖年度以前的各纳税年度的适用
预约定价申请法人申请将预约定价涵盖年度的转让定价方法等适用于预约定价涵盖年度以前的各纳税年度（该纳税年度为合并纳税年度的，指该合并纳税年度，在4.2.21中，下同）的，若该预约定价申请含有相互协商，在该转让定价方法等在预约定价涵盖年度以前的各纳税年度中也被认为是最合理的情况下，应按4.2.13、4.2.14、4.2.17、及4.2.19的规定进行必要的处理。
4.2.22总分公司间交易的适用
税法施行令第176条第1项第7号中记录的法人，其设立于日本的分公司与该法人设在海外的总公司或分公司间的交易，若该总公司所在国的税务当局提议进行类似预约定价的相互协商、且在日本的分公司以预约定价的申请为标准提出申请的，应按4.2.1至4.2.11的规定进行必要的处理。
4.2.23法人被纳入合并企业集团的处理
（1）预约定价申请法人变为合并纳税法人时，该法人（以下简称“被纳入合并范围的法人”）继续进行预约定价申请的，其合并纳税母公司的纳税地的所辖税务署长应要求该合并纳税母公司立即递交“被纳入合并范围的法人预约定价延续申请书”。
关于需要递交的申请份数，由调查科管辖的法人为2份（该合并纳税母公司要求进行相互协商的，3份），由调查科管辖的法人以外的法人为3份（该合并纳税母公司要求进行相互协商的，4份）。
（2）（1）的合并纳税母公司向其纳税地的所辖税务署长递交（1）中规定的申请书的，该税务署长应将该申请书的复印件报送给被纳入合并范围的法人的总公司或主要经营场所所在地的所辖税务署长，署法人征税部门或调查科根据4.2.4及4.2.5的规定处理。另外，相互协商被申请进行时，国税厅负责部门应将1份申请书报送给国税厅相互协商室。
（3）（1）的合并纳税母公司递交（1）中规定的申请书的，视为该合并纳税母公司已按合并纳税准则4.2.1的规定向其纳税地的所辖税务署长提出了关于被纳入合并范围的法人的预约定价申请，此后应适用合并准则4.2.1至4.2.21的规定。
接受改正法令（指改正租税特别措施法等的一部分的法律（平成24年法律第16号）、改正租税特别措施法行令一部分（平成24年政令105号）及改正租税特别措施法施行规则的一部分法省令（平成24年财务省令第30号）以及改正所得税法等一部分的法律（平成25年法律第5号），改正租税特别措施法行政令的一部分的政令（平成25年财务省令21号））的适用的事项的事务运营方针的处理的改正或伴随改正的别册《转让价格税制应用案例》的变更部分，适用于法人平成25年4月1日以后开始的经营年度法人税相关的调查及预约定价审查，法人在该日前开始的营业年度的法人税相关调查及预约定价调查根据以前的案例。