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独立交易原则，根据税法规定，是指没有关联关系的交易各方，按照公平成交价格和营业常规，进行业务往来遵循的原则，即完全独立的非关联关系的企业或者个人，依据市场条件下所采用的计价标准或者价格来处理其相互之间的收入和费用分配的原则。
一般的转让定价方法总结如下表。
表31 转让定价方法汇总
在确定独立交易价格时，我们具体介绍如下方面：
3.2.1选择最恰当的方法的探讨
需留意，为了选定措施法第66条第4号第2项规定的最恰当的方法（以下简称为“最恰当的方法”）而进行探讨的时候，根据《措施法通知》第66条的4（3）-3中列示的诸要素确实把握境外关联交易的内容等，综合考虑措施法通知第66条的4（2）-1的（1）至（4）中列示的点，讨论是否存在该境外关联交易相关的可比交易。
3.2.2独立交易价格的计算基本三法的优点
独立交易价格计算方法中，直接比较交易价格的可比非受控价格法（包括等同于可比非受控价格法的方法，下同）具有可以最直接地计算独立交易价格的优点。此外，再销售价格法和成本加成法（包括与再销售价格法同等的方法和与成本加成法等同的方法，下同）能以营业总利润相关的利润率（措施法通知第66条第4号第2项第1号2和3中规定的政令中确定的通常的利率）直接算出独立交易价格，这两种方法的优点仅次于可比非受控价格法。
因此，在选择最恰当的方法时，综合考虑措施法第66条4（2）-1的（1）至（4）各点的结果，若最合适的方法有多种选择，如果适用于可比非受控价格法的可比性充分（境外关联交易和可比交易的差异若需要调整，仅限于该调整可行的条件下），那么可比非受控价格法是最合适的选择。此外，需留意若无法选择可比非受控价格法，如果有适用于再销售价格法和成本加成法，那么再销售价格法或者成本加成法是合适的。
3.2.3差异的调整方法
在对境外关联交易与可比交易或措施法通知第66条的4（3）-1中的（5）中提到的交易进行差异调整时，可以根据下文列举的情况分别采用其规定的方法来处理。
另外，须注意，只有当差异客观地、非常明确地将影响到可比非受控价格（措施法第66条第4号第2项第1款第1段规定的对价金额）或同款第2、3段规定的正常利润率的计算（即按照再销售价格法和成本加成法计算的正常利润率），或措施法施行令第39条第12号第8项第2号到第5号规定的比率（即营业利润率、成本加成率以及贝里比率）的计算时，才可以对其进行调整（同样适用于措施法第66条第4号第2项第2号中规定的方法（指等同于基本三法的方法））。
（1）关于贸易条件，当一方的交易采用FOB（船上交货），另一方的交易采用CIF（含运费、保险费交货）时，在可比交易的对价之上加减运费和保险费；
（2）关于作为结算条件的票据见票后在一定期间内支付，当境外关联交易与可比交易之间存在差异时，在可比交易的对价之上加减相当于该期间差异产生的利息金额；
（3）当可比交易的合同条款中存在根据交易数量给予折扣、折让的规定时，使用将境外关联交易的交易数量按可比交易的折扣、折让条件计算后得到的对价；
（4）当功能/风险存在差异，且税务机关认为境外关联交易及可比交易的当事人可以根据与该功能/风险相关的费用支出来衡量差异程度时，根据该费用占境外关联交易及可比交易的销售收入或销售成本的比例来进行调整。
3.2.4无形资产使用的境外关联交易的可比交易选择
适用措施法通知第66条的4（3）-3的规定（判断可比性的规定）时，在法人及其境外关联方存在无形资产的境外关联交易的情况下，选择可比交易时须注意探讨无形资产的种类、范围及使用状况等方面的类似性。
3.2.5存在多项可比交易时独立交易价格的确定
存在与多项境外关联交易相关的可比交易时，该可比交易相关的价格或者利润率等（若境外关联交易与可比交易需要进行差异调整时，仅限于调整后的交易。以下简称“可比交易利润率等”。）形成的一定范围的相关价格或者利润率等，原则上要用该可比对象利润率等的平均值来计算独立交易价格，但是须注意若可比对象利润率等的分布状况的合理性被认可，中位值等也可用来计算独立交易价格。
3.2.6利润分割法下共同费用的处理
在使用利润分割法时，若法人及其境外关联方的销售成本、销售费用及管理费用和其他费用中，存在同时为境外关联交易及除此以外的交易所发生的费用（以下简称“共同费用”），应将这些费用按照诸如各项交易的销售收入、销售成本、运营资本、从业人员数量等能够合理反映各项交易内容和费用性质的基准的比例进行分配，计算出境外关联交易的分割对象利润（指措施法通知第66条的4（5）-1中定义的分割对象利润等，下同）。
须注意，即使以费用金额作为利润拆分基准，共同费用的拆分仍按上述规定计算。
3.2.7剩余利润分割法的运用
在适用剩余利润分割法时，《措施法施行令》第39条12号8项第1号2（1）中的金额（以下简称 “基本利润”。），同号2（1）中规定的“第6项，前项或者下1号到5号规定的没有进行必要调整的情况下，以该规定的比例”中，需留意选择计算最适当的利润指标。
注：须注意，措施法通知第66条4（3）-1的（5）中的交易若多项同时存在，基本利润的计算，原则上要用该交易相关的上述比例的平均值，但是对于上述比例的分布状况的相应数值被认定为合理时也可以运用。此外，须注意，上述比例是按照措施法施行令第39条12号第8项第1号2（1）括号中规定进行必要调整后的比例。
3.2.8交易净利润法的运用中可比交易的选择
境外关联交易与非关联交易的差异若对措施法第66条4号第2项第1号1中规定的对价额或者同号2和3中规定的通常的利润率的计算有影响，根据措施法施行令第39条12号第8项第2号至第5号规定的比例计算，若该差异的影响不一定客观且明确，需留意适用交易净利润法时，无法调整基本三法适用相关的差异的非关联交易，也可能妨碍可比交易对象的选定。
注：境外关联交易的当事者主要功能及非关联交易当事人主要功能不同时，通常需要留意该差异是否会影响上述比例的计算。
3.2.9交易净利润法下与销售相关的销售费用及管理费用
根据交易净利润法计算独立交易价格时所涉及到的“境外关联交易中为销售存货而发生的销售费用和管理费用”中，除了直接与销售有关的费用外，还应该包括间接费用。在这种情况下，若存在同时为该境外关联交易及其他交易发生的费用，应将这些费用按照诸如各项交易的销售收入、销售成本、运营资本、从业人员数量等能够合理反映各项交易内容和费用性质的基准的比例进行分配。
在调查时，为准确判断是否存在转让定价问题，应该考虑如下事项，探讨相关境外关联交易。在这种情况下，不仅仅沦为形式上的探讨，而应针对每一项交易的具体实际情况进行深入探讨。
☑该法人境外关联交易的净利润率或营业利润率等（以下简称“利润率”）与其在相同的市场中和非关联方进行的，规模、交易层次及其他内容都相似的交易之利润率相比是否过低？
☑该法人境外关联交易的利润率，与其他从事同类且在规模、交易层次及其他内容方面都类似的业务的法人从该业务中获得的利润率相比是否过低？
☑考虑到法人及其境外关联方在境外关联交易过程中各自承担的功能和风险等因素，该法人从该境外关联交易中获得的利润与其境外关联方从该境外关联交易中获得的利润相比是否过少？
3.3.1调查时应注意的事项
对境外关联交易的分析，应以通过汇算清缴申报表以及调查等收集到的资料为基础进行。
在计算决定独立交易价格之前，应对每一项交易进行多角度的分析，例如采用下列方法，探讨是否存在转让定价问题，以期达到有效展开调查的目的。
（1）与该法人的境外关联交易业务属于同类，且在规模、交易层次及其他内容方面都大致类似的众多非关联交易（以下简称“潜在可比交易”）的利润率将构成一个数值区间，该法人境外关联交易的利润率是否在此区间内？
（2）由于同境外关联交易相关的存货等资产的价格，一般会随着市场及产品生命周期等的变化而产生一定程度的变动，因此，仅以各纳税年度或合并纳税年度单独的数据来分析并不恰当，应以该纳税年度或合并纳税年度前后合理期间内的该境外关联交易或潜在可比交易的价格或利润率的平均值等为基础进行分析。
（3）决定境外关联交易相关的对价时，在该境外关联交易相关的交易条件的交涉过程中要考虑以下几点：
①为能够准确评价法人及其境外关联方的各自境外关联交易事业的业绩，根据独立交易原则来决定该境外关联交易的对价额。
②如果是法人或者境外关联方等多方共同出资设立的，该出资者等境外关联交易者以外的人也要作为该境外关联交易的交易条件的当事人。此外，存在已经考虑了独立交易原则再进行交涉的情况。
注：需留意，下列情形不能作为该境外关联交易与非境外关联交易以同样的条件执行的依据：境外关联交易相关的对价是经过严格的价格交涉决定的；境外关联交易当事人以外的人作为该境外关联交易相关的交易条件等交涉的当事人的；境外关联交易相关合同的当事人包含法人或境外关联方以外的人。
3.3.2境外关联明细表的递交情况的讨论
当从事境外关联交易的法人未递交法人税申报表之附表“境外关联明细表”（法人税申报表附表17（4）），或该附表所填写的内容不够完整时，应督促递交该附表，或要求其补充完整所填内容。并努力切实地进一步掌握与该境外关联交易相关的内容。
3.3.3调查时应检查的文件资料
在调查时，应依据下列文件或账簿及其他资料（以下简称“文件等”）切实掌握境外关联交易的实际情况，从而判断其是否存在转让定价税务上的问题。
（1）记载有该法人及其境外关联方资本关系以及业务内容的文件等：
①记载有该法人及其境外关联方间资本及交易关系的文件等；
②记载有该法人及其境外关联方的沿革以及主要股东变化情况的文件等；
③法人的有价证券报告书或计算资料及其他记载有业务内容的报告书等；境外关联方的与此相当的报告书等；
④记载有该法人及其境外关联方的主要产品和交易金额，以及销售市场和其规模的文件等；
⑤记载有该法人及其境外关联方的分业务类型业绩、业务特点、各纳税年度特殊事项及其他业务内容的文件等。
（2）记载有《措施法施行规则》第22条10的第1项第1号（记载有境外关联交易内容的资料）的资料；
（3）记载有措施法施行规则第22条10的第1项第2号（独立交易价格计算的资料）的资料；
（4）其他文件等。
①记载有该法人及其境外关联方的会计处理准则的详细手册等；
②记载有外国税务当局对该境外关联方实施转让定价调查或预约定价内容的文件等；
③当存在与转让定价税制相当的外国制度，以及为确保该等制度的有效性而要求企业准备适当资料的规定时（在中国，即同期资料准备规定），该境外关联方按此规定准备的文件等；
④其他被认为必要的文件等。
3.3.4适用核定利润及同业询问检查时须注意的事项
在要求法人出示或提交措施法第66条第4号第6项（“核定利润”）规定的财务省令确定的独立交易价格计算的资料及副本（以下写作第6项规定资料）时，若该法人未如期出示或提交的，虽可以适用同项或同号第8项（“同业询问检查”）的规定（类似于中国的企业所得税法实施条例第114条第一款第（三）项规定的“与关联业务调查有关的其他企业应当提供的与被调查企业可比的产品价格、定价方式以及利润水平等资料”），但须留意下列事项：
（1）为计算独立交易价格，要求法人出示或提交第6项规定资料时，应向该法人说明“该文件未如期出示或提交将满足措施法第66条第4号第6项或第8项的适用条件”，与此同时，将对已作该说明的事实以及此后该法人出示或者提交资料的状况进行记录。 此外，判断法人是否如期出示或提交第6项规定资料，会考虑出示或提交该资料通常所需的准备时间来进行判断。
（2）要求出示或提交（1）时，在被认为是独立交易价格的计算必要的范围内，要求法人在规定的日期出示或提交。
此外，规定该日期时，会听取该法人的意见，并考虑出示或提交通常需要的准备时间。若在规定日期未出示或提交，如果该法人未能出示或提交的理由被认为是合理的，可再次听取法人意见重新规定日期。
注：（1）法人计算独立交易价格时，需要讨论该计算所依据的资料是否可以用于计算独立交易价格，并以此来判断是否需要出示或提交该资料以外的资料。
（2）若出示或提交日期经过反复再设定后，距离最初设定日期经过相当一段时间，且预计以后也不能出示或提出资料时，会向法人说明“未如期出示或提交第6项规定资料将满足措施法第66条第4号第6项或第8项的适用条件”。
（3）法人未在规定的日期内出示或提交，可作为合理的理由的，比如因自然灾害无法提交等。
通过综合讨论法人出示或提交的第6项规定资料，判断是否可以据其进行独立交易价格计算。若判断结果是不能据其计算独立交易价格且符合措施法第66条4号第6项或者同条第8项的规定，需对法人说明理由。此外，须注意该资料综合讨论的结果虽可计算独立交易价格，却不符合第66条4号第6项或者同条第8项的规定。
注：如果该资料是基于不正确的信息而作成的，该资料的出示或提交不适用于第6项规定。这种情况下，会要求该法人尽快出示或提交基于正确资料做成的资料。
所掌握适用于措施法第66条4号第8项规定的非关联交易，被作为可比交易时，该选定下应用的条件，该可比交易的内容、差异的调整方法等，需向法人进行明确说明。此时，需注意《国税通则法》第126条（职员的保密义务规定）的同时，对实施该说明的事实进行记录。
3.3.5资金借贷交易 在调查有关资金借贷交易时，应注意下列事项。
（1）适用基本通知9-4-2（“为重组子公司而进行的无息贷款等”）的贷款，在转让定价税制的适用上同样作为正当交易来处理。
（2）当此类境外关联交易未明确规定还款期的，应参照该项资金借贷的目的等，合理决定资金借贷的期间。
3.3.6基于可比非受控价格法和同等方法对资金借贷交易的讨论
基于可比非受控价格法和等同于此的同等方法的情况下，法人及境外关联方都没有金钱的借贷或出资行为的情况下，在调查该法人及境外关联方之间的借贷行为时，视需要用以下的利率作为独立交易价格利率。
（1）境外关联交易的承借人，从非关联方银行等借入与该境外关联交易的货币，在相同借贷时期等同样状况下使用的利率；
（2）境外关联交易的贷方，从非关联方银行等借入与该国境外关联交易的货币，在相同借贷时期等同样状况下使用的利率；
（3）与该国境外关联交易涉及的资金，在相同借贷时期等同样状况下使用国债的利率。
3.3.7劳务提供
在调查有关劳务提供时，应注意下列事项：
（1）即使在提供劳务时使用了无形资产，仍然可能存在该劳务的对价中不含有无形资产使用费用的情况。
注：在调查提供劳务时是否使用了无形资产时，需留意，劳务提供和无形资产的使用在概念上是不同的。同时，须对劳务提供者在提供该劳务时是否使用了无形资产、该劳务的提供对该劳务接受方法人的活动、功能等给予了多大程度的影响等问题进行了探讨。
（2）劳务提供与有形资产或无形资产转让一并进行时，可能存在该劳务的对价被包含于资产转让价格中的情况。
3.3.8企业集团内劳务提供的处理
（1）由于法人及其境外关联方之间进行经营、财务、业务、日常管理上的活动时，会通过该活动是否对境外关联方有商业或者经济价值来判断是否是劳务提供。具体来说，会通过与该境外关联方处在同样的情况下，非关联方从其他非关联方获得同样的活动是否需要支付对价，或者该法人若不进行该项活动时是否需要境外关联方自己进行相同活动来判断。
① 企划及调整
② 预算的编制及管理
③ 会计、税务或法务
④ 债券管理及回收
⑤信息通讯系统的运用、维护及管理
⑥现金流量及支付能力的管理
⑦资产的运用及筹措
⑧利率及外汇汇率风险管理
⑨生产、采购、物流及市场开发协助
⑩员工的雇佣及教育
⑪⑫员工工资、保险等相关事务
⑫广告宣传（不包括销售相关的支援）
需留意，法人如果需要根据境外关联方的要求随时提供劳务，并且为此维持人员、设备随时待命状态，这种维持待命本身也该归属于劳务提供。
（2）在探讨法人对境外关联方进行（1）的活动是否属于劳务提供时，应该留意下面的活动对于境外关联方是否有经济或者商业价值。
①法人针对境外关联方，进行非关联方对该境外关联方提供劳务，或者该境外关联方为自己进行（1）中活动的重复活动（但是，若该重复被认定为暂时的或者该重复活动是为了减少事业判断错误风险而进行的检查活动等除外）。
②针对境外关联方，作为股东法人按照《股东法令》行使权利或者履行义务而从事的相关活动（以下简称“股东活动”），比如以下情况：
☑母公司召开股东大会或者发行股票等、遵循母公司法令进行的活动；
☑依据母公司的证券交易法而准备有价证券报告书的活动。
注：母公司对子公司进行特定的业务相关的企划、紧急管理、技术提议、日常经营相关的支援等，因为不是作为股东专门为自己而进行的活动，所以不算是股东活动。
此外，母公司对子公司以投资保全为目的活动，且该子公司等具有经济或者商业价值的情况属于提供劳务。
☑上述处理，适用于境外关联方对法人进行的活动。
☑探讨法人必须对境外关联方支付的劳务对价是否合理时，该法人需要提供记载有从该境外关联方接受劳务的文件（账簿或者其他资料）。这种情况下，若不能确认提供了该劳务相关事实，会对措施法第66条4号3项规定的适用进行讨论。
3.3.9基于成本加成法和同等方法讨论提供劳务交易
（1）法人与境外关联方之间的劳务提供中，若对该法人或者该境外关联方本来的业务附带的提供劳务进行调查，视需要，讨论将该劳务提供的总成本价作为独立交易价格的成本加成法和同等方法的适用。 这种情况下，本来业务附带的劳务提供，比如：从境外子公司进口货物的法人，对该境外子公司进行技术指导，提供劳务等并非主要业务法人或其境外关联方，本来业务附带劳务提供，那么提供劳务的总成本，原则上不仅包括提供该劳务的直接费用，也包括合理的分配基准下计算的担当部门和辅助部门的一般管理等间接费用。
注：是否为本来业务附带的劳务提供，原则上从该服务的目的来判断，下面的情况不适用。
☑提供劳务需要的费用占据了相当于法人或者境外关联方的事业年度的成本或费用相应部分。
☑若提供劳务时使用无形资产等，该劳务的对价额被认为与该劳务提供的总成本不符。
（2）若对法人与境外关联方之间进行的（1）以外的劳务提供进行调查，该劳务提供满足以下全部事项，视需要，讨论是否适用于（1）同样的方法。
①劳务内容符合以下业务之一：
☑预算的编制及管理
☑会计、税务或法务
☑债券管理及回收
☑信息通讯系统的运用、维护及管理
☑现金流量及支付能力的管理
☑资产的运用及筹措
☑员工的雇佣及教育
☑员工工资、保险等相关事务
☑广告宣传（不包括销售相关的支援）
☑其他一般事务管理
②该劳务的提供不牵涉到法人或者境外关联方事业活动的重要部分；
③该劳务提供所需要的费用不占有法人或者境外关联方该项劳务事业年度的成本或费用的相应部分；
④该劳务提供不使用自己的无形资产；
⑤该劳务提供相关的直接以及间接费用的计算，该劳动提供相关的从业者的比例、使用资产的使用比例是合理划分的。
调查时应该讨论的无形资产
在调查中，当分析无形资产在多大程度上对法人或境外关联方的收益带来的贡献时，应对如下列示的具有重要价值的、构成收益源泉的项目进行综合性的分析。
☑因技术革新而形成的专利、市场开发诀窍等
☑员工等通过经营、市场开发、生产、研究开发、促销等企业活动累计的经验所形成的诀窍等
☑生产工艺、谈判程序以及开发、销售、筹资相关交易网络等
另外，需要留意的是，在探讨法人及其境外关联方拥有的无形资产是否构成收益的源泉时，例如，在经营与该境外关联交易同类业务、且市场和业务规模等都类似的法人中，若存在不拥有能构成收益源泉的无形资产的法人，则可将该境外关联交易利润等水平与该不拥有无形资产的法人的利润率等水平进行比较，对该法人及其境外关联方进行的与无形资产的形成有关的活动、功能等实施充分的分析。
注：使用了无形资产的劳务提供与无形资产的关系，请留意上述第7条（1）的注。
3.3.10对无形资产的开发、维护及发展的贡献
在调查无形资产使用许可交易时，不应仅仅关注无形资产的法律所有权关系，还应考虑为无形资产的开发、维护及发展（以下简称“开发等”）而进行的活动中，法人及其境外关联方的贡献程度。
另外，在判断对无形资产的开发等所作的贡献程度时，须对法人及其境外关联方在为了该无形资产的开发等而作的决策、劳务提供、费用承担及风险管理等方面承担的功能进行综合性的分析衡量。此时，对构成收益源泉可能性较高的无形资产的开发等，若法人或其境外关联方仅仅只是负担了费用，则应认为其贡献程度较低。
（1）无形资产的使用许可交易
法人及其境外关联方的任一方拥有的无形资产由另一方使用时，当事人之间并无关于使用的具体约定的，除非被认可为是转让，应视为是该无形资产的使用许可交易，进行该交易的按独立交易价格计算。
另外，关于使用许可交易的开始日期，可以参考非关联方之间的交易案例，或在收到该无形资产之日、开始使用之日以及因使用而首次记录收入之日中适当地进行判断选择。
（2）境外关联企业的捐款
须注意，在调查中如果以下事实被确认，将适用于措施法第66条4号第3项的规定。
①法人对境外关联公司进行资产销售、贷款、提供服务以及其他交易（以下简称“资产销售等”）的，若资产销售等相关的收益未进行会计核算，且该资产销售等以金钱、其他资产以及经济利益的赠送或者无偿供给进行的情况下；
②法人从境外关联企业获得资产销售等相关费用时，该法人应该得到该境外关联企业支付的金额中有被认为是向该关联方实质赠送或无偿提供的金额的情况下；
③法人向国外关联方支付资产销售对价时，该法人向该关联方支付的金额中有被认为是向该关联方实质赠送或无偿提供的金额的情况下。
注：须注意法人以财政支援为目的设定、变更境外关联交易相关的交易价格，该支援等按基本通知9-4-2（子公司等再建无利息借款）的规定，有足够的理由的情况下不适用措施法第66条第4号3项。
（3）存在价格调整等情况下的注意事项
法人以价格调整的名义，与境外关联方之间存在存款的支付、收取的，需充分探讨该等款项的支付、收取是否确是对交易价格的修正。
该变更向境外关联方支付的金钱以费用支付的，对该项支付相关的理由、事前商议内容、计算方法计算根据、支付的决定日、该支付等的综合审查以及讨论，若认为该支付是有合理理由的，作为修正价格处理。
该支付若未被认定是合理的，该支付等是否符合措置法第66条第4号第3项的规定，需要讨论。
3.3.11外国税务当局计算的对价金额
独立交易价格是依据日本法令而计算得到的，因此，需注意，外国税务当局依据相当于转让定价税制对境外关联方进行征税时计算得出的境外关联交易对价金额不一定是独立交易价格（通过协商取得一致意见的情况除外）。
3.3.12调查与预约定价申请的关系
调查不应以预约定价申请的提出为由而中断。
调查进行时，不应使用为了预约定价审查而收到的由申请预约定价的法人（以下简称“预约定价申请法人”）提交的资料（与事实相关的除外）。但是，若在该法人同意的情况下使用该等资料的，不受此限制。