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马来西亚联邦政府和各州政府实行分税制。联邦财政部统一管理全国税务事务，负责制定税收政策，由其下属的内陆税收局（IRBM）和皇家关税局负责实施。州政府没有专门的地方税务局，而是根据征收的税种，由相关的部门进行征收。
内陆税收局（IRBM）的责任是管理直接税征收，在全国各地设有二十五个评估分支机构和十六个调查中心（主要负责逃税事宜），统筹管理全国各地直接税的评估和调查工作。此外，内陆税收局（IRBM）还具有与外国政府签订避免双重征税协定的职能。
皇家关税局主要管理海关税、国内货物税及消费税，下设六个主要部门：统筹管理和财务处；关税处；国内税收处；预防处；研究、规划和培训处；税收处。
愿景：通过创建最佳税收制度来增加政府收入，同时鼓励私营部门投资以促进国家经济增长。
任务：制定和实施有效、透明、公正的税收政策，以实现可持续的经济增长。
目标：确保能够刺激可持续经济增长和创造国家收入的公平税收制度。
功能：制定和实施直接和间接税收政策和奖励措施；制定和执行避免双重征税协议中的政策和准则；认证免税、汇款、奖励和税务代理。
章程：使国家税收政策向公平透明的方向发展；致力于创建一个最佳的税收制度，增加政府收入，鼓励私人投资和提高生活质量；提供公正的税收预算建议；确保免税批准函清晰准确，使申请人能够顺利进行申请；在规定时间内提供该司所作出的决定或免税税收优惠。
（1）负责制定管理间接税种；
（2）通过引进新方法和先进设备来提高征税效率；
（3）通过减免征收、建立免税区等措施协助促进工业发展；
（4）引进预防逃税及税收损失的措施；
（5）研究商品的价值，确定征收税额；
（6）代表贸工部和内贸部等其它部委开展部分工作；
（7）积极参加关税合作委员会、东盟、世贸组织等国际组织的活动等。
愿景：1967年所得税法使所得税专员（SCIT）成为一个有效的上诉法庭，审理和确定纳税人的上诉。
任务：根据联邦宪法及其规定听取和确定上诉。
目标：根据1967年所得税法、1976年不动产利得税和1967年石油（收入）税法，向对税务总局作出的评估感到不满而上诉的纳税人的上诉作出裁决。
功能：根据1967年所得税法、1967年石油（税收）税法和1976年不动产利得税法等法令，注册和听取纳税人对税收评估的上诉；合格法律委员会主席与两名专家小组成员将听取有关证词，并对账目内的其他有关文件进行审查，以确保评估法律有效；基于权威、相关法律和决定令做出决断；为进一步向高等法院提出上诉提供决策依据和案例陈述。
章程：上诉通知书自收到税务总局之日起三天内登记；聆讯地点及日期自上诉通知登记之日起六周内确定；完成上诉聆讯后十四天内作出决定令；拟备案件应自裁定通知书通知之日起六周内提交高等法院。
愿景：在2014年消费税法案的规定下，为任何因海关总署的决定感到不满的一方，提供一个公平、简单、有效的申诉渠道。
任务：在不过于技术性或不过于正式性的情况下，以一种公正、简单、有效的方式来注册、倾听和决定上诉。
目标：为对海关总署决定感到不满的当事人提供一个公正、简单、有效的申诉机制；提高商品和服务税申诉制度的效率，使之更有利于企业和消费者。
功能：根据2014年消费税法案的规定，决定对海关总署署长的决定作出上诉；在民事法庭上为听证提供一种替代机制；对除2014年消费税法案附表四外的，消费税管辖范围内的上诉做出裁决；协助各方在听取案件之前作为备选方案进行谈判，以达成共同商定的解决办法；允许上诉人由任何人代表，海关总署署长由任何获授权人员代表；进行非完全正式或非完全技术性的诉讼；在不超过听证开始后六十天内立即作出决定；本法庭的裁决具有约束力并可向高等法院提出上诉。