2009年2月签订了《中国政府和马耳他政府关于促进和保护投资的协定》。
1993年签订了《中国政府和马耳他政府关于避免双重征税和避免偷、漏税协定》。2010年10月重新签订了《中国政府和马耳他政府关于避免双重征税和防止偷漏税的协定》。
中国与马耳他签署的其他协定包括:《中国政府和马耳他政府关于贸易和经济合作的协定》(1997年);《中华人民共和国卫生部与马耳他共和国内政和社会发展部关于开展中医领域合作的协议》(1995年4月,1997年7月续签);《两国卫生和医学领域合作协定》(1998年4月);《中医领域合作协议》(1998年4月);《中马两国旅游合作协定》(1998年5月);《中华人民共和国政府和马耳他共和国政府民用航空运输协定》(1998年9月);《中华人民共和国政府和马耳他共和国文化交流合作协定1998/2000年度执行计划》(1998年9月);《中华全国青年联合会与马耳他青年体育局2000年至2001年在青年领域合作协议》(1999年4月);《中华人民共和国卫生部和马耳他共和国卫生部关于卫生和医学合作1999-2001年度执行计划》(1999年8月);《中华人民共和国外交部和马耳他外交部关于磋商的谅解备忘录》(2001年7月);《中国外交学院与马耳他地中海外交学院合作协议》(2001年7月);《中华人民共和国政府与马耳他政府2001-2003年度文化合作执行计划》(2001年7月);《中华人民共和国政府与马耳他政府关于设立文化中心的谅解备忘录》(2001年7月);《中华人民共和国国家旅游局和马耳他旅游部关于中国公民有组织地赴马耳他旅游实施方案的谅解备忘录》(2001年7月);《中华人民共和国政府和马耳他政府关于禁止非法贩运和滥用麻醉药品和精神药物的合作协议》(2001年10月);《中华人民共和国卫生部与马耳他卫生部关于卫生和医学合作二OO二至二OO四年度执行计划》(2002年6月);《中华人民共和国卫生部和马耳他卫生部关于开展中医领域合作的协议》(2002年6月);《中华人民共和国教育部与马耳他教育部合作备忘录》(2002年6月);《中华人民共和国政府与马耳他共和国政府2005-2008年文化交流执行计划》(2005年4月);《中华人民共和国教育部与马耳他共和国教育部2005-2008年教育合作协议》(2005年4月);《中华人民共和国政府和马耳他政府关于互免持外交和公务护照人员签证的协定》(2007年12月);《中国银监会与马耳他金融服务局合作谅解备忘录》(2010年1月);《中国证监会与马耳他金融服务局合作谅解备忘录》(2010年2月);《中国银监会与马耳他金融服务局关于监管信息共享的谅解备忘录》(2010年9月);《中国开发银行与马耳他中央银行合作的谅解备忘录》(2011年9月);《中华人民共和国政府和马耳他共和国政府中期合作规划谅解备忘录(2014-2019)》(2014年7月)。《中华人民共和国科学技术部与马耳他共和国科学技术理事会关于共建海产养殖联合中心的谅解备忘录》(2015年8月)