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OECD在2008年7月发布的修订后的《经合组织税收协定范本》( 以下简称“经合范本”)第25条第5款中建立了某种旨在解决国际税收争议的仲裁机制，即相互协商程序，目的是解决两国主管当局的税收协定争议，并在双边税收协定相互协商程序条款的框架内共同协调磋商机制。
1997年中黑协定第二十六条协商程序条款为两国主管当局之间的协商解决机制提供了法律依据：
一、当一个人认为，缔约国一方或者双方所采取的措施，导致或将导致对其不符合本协定规定的征税时，可以不考虑各缔约国国内法律的补救办法，将案情提交本人为其居民的缔约国主管当局；或者如果其案情属于第二十五条第一款，可以提交本人为其国民的缔约国主管当局。该项案情必须在不符合本协定规定的征税措施第一次通知之日起，3年内提出。
二、上述主管当局如果认为所提意见合理，又不能单方面圆满解决时，应设法同缔约国另一方主管当局相互协商解决，以避免不符合本协定的征税。达成的协议应予执行，而不受各缔约国国内法律的时间限制。
三、缔约国双方主管当局应通过协议设法解决在解释或实施本协定时所发生的困难或疑义，也可以对本协定未作规定的消除双重征税问题进行协商。
四、缔约国双方主管当局为达成第二款和第三款的协议，可以相互直接联系。为有助于达成协议，双方主管当局的代表可以进行会谈，口头交换意见。
（1）申请人的条件
根据中黑税收协定相互协商程序条款规定，当另一方缔约国的措施导致或将导致对申请人不符合税收协定规定的征税行为时，申请人可以将案情提交至本人为其居民的缔约国主管当局。此处需要明确的是，税收协定中的“居民”一词所指的是税收居民身份。我国的《税收协定相互协商程序实施办法 》（以下简称《实施办法》）中也表明了中国税收居民身份为申请启动程序的前提。《实施办法》中所称中国居民，是指按照《中华人民共和国个人所得税法》和《中华人民共和国企业所得税法》，就来源于中国境内境外的所得在中国负有纳税义务的个人、法人或其他组织。
因此，只有在申请人为中国税收居民的情况下，中方主管当局方可受理其申请并就其所遇到的税收协定问题与黑方主管当局进行相互协商。此外，相互协商程序条款规定，如果案情属于《实施办法》第二十三条第一款（非歧视待遇），申请人可以将案情提交至本人为其国民的缔约国主管当局。此处中国国民，是指具有中国国籍的个人，以及依照中国法律成立的法人或其他组织。
（2）相互协商程序的方式、时限和具体情形
相互协商程序是在税收协定框架内解决国际税收争端的机制，因此当事人请求相互协商的事项应属于税收协定的适用范围。在中国对外签订的税收协定中，除相互协商程序条款外，部分协定还在居民、股息、利息、联属企业等条款中指明了双方主管当局可以就该条款解释及适用进行相互协商。在中国签订的某些协定中，双方仅在少数条款中指明可以就该条款使用相互协商程序，而在其他的条款中未提及相互协商程序。根据OECD税收协定范本解释，即使缔约国双方未在其他条款中提及主管当局可以就该条款协商，但因相互协商程序独立条款的存在，双方仍可以就税收协定特定条款解释及适用过程中的问题适用相互协商程序。
中国颁布的《实施办法》第九条以列举的方式说明了中国居民（国民）可以申请启动相互协商程序的情形：
（1）对居民身份的认定存有异议，特别是相关税收协定规定双重居民身份情况下需要通过相互协商程序进行最终确认的；
（2）对常设机构的判定，或者常设机构的利润归属和费用扣除存有异议的；
（3）对各项所得或财产的征免税或适用税率存有异议的；
（4）违反税收协定非歧视待遇（无差别待遇）条款的规定，可能或已经形成税收歧视的；
（5）对税收协定其他条款的理解和适用出现争议而不能自行解决的；
（6）其他可能或已经形成不同税收管辖权之间重复征税的。
另外，中国国民认为缔约对方违背了税收协定非歧视待遇（无差别待遇）条款的规定，对其可能或已经形成税收歧视时，可以申请启动相互协商程序。
《实施办法》规定，申请人应在有关税收协定规定的期限内，以书面形式（纸质与电子版的《启动税收协定相互协商程序申请表》）向省税务机关提出启动相互协商程序的申请。负责申请人个人所得税或公司所得税征管的省税务机关为受理申请的税务机关。申请人就缔约对方征收的非所得税类税收提出相互协商申请的，负责与该税收相同或相似的国内税收征收的省税务机关为受理申请的税务机关。国内没有征收相同或相似税收的，省国家税务局为受理申请的税务机关。
（1）启动程序时效及条件
相互协商程序是通过缔约国之间双边税收协定赋予缔约国纳税人的权利救济程序，制定该程序的目的是为保证税收协定的实施及有效消除国际双重征税。但需要注意的是，申请该救济程序的权利存在期限，根据OECD 税收协定范本中的规定——当事人应在不符合税收协定规定的征税措施第一次通知之日起三年内提出申请。
我国国内法规尚未对申请期限的问题进行明确，但从OECD范本解释中来看，范本中提供的三年是建议的最短时限，若协定中未约定期限的，应认为该期限至少不低于三年。
关于该期限的开始点，也就是纳税人有权申请启动协商程序的时间节点如何确定，OECD税收协定注释中并未给出明确的界限，该问题一般由各国通过国内法进行规定。关于这一问题，我国尚未做出明确规定，根据我国《实施办法》规定：
如果中国居民（国民）认为，缔约对方所采取的措施，已经或将会导致不符合税收协定所规定的征税行为，可以按规定向省税务机关提出申请。但如何认定存在“将会导致不符合税收协定所规定的征税行为”难以明确。另根据《实施办法》第十四条第四款，“申请人提供的事实和证据能够证实或者不能合理排除缔约对方的行为存在违反税收协定规定的嫌疑”，可以得出当事人对违反税收协定的事项负有举证义务。
从实务角度出发，我们认为，通常来说只有当中国居民（国民）从缔约对方税务主管当局接到有违反税收协定嫌疑的书面意见或通知后（如申请税收协定优惠待遇被驳回的通知、认定存在常设机构的通知或转让定价调整数额初步通知等类似的书面意见或通知），当事人方有充分理由认定将出现不符合税收协定的征税行为，相互协商程序的三年期限开始计算，此时当事人方可申请启动相互协商程序。
（2）税务机关对申请的处理
根据OECD税收协定范本条款中的用语“上述主管当局如果认为所提意见合理，又不能单方面圆满解决时，应设法同缔约国另一方主管当局相互协商解决”可以看出一国税务当局对是否应当事人的申请启动相互协商程序有一定的自由裁量权利。但税务当局何时可以拒绝当事人的申请，当事人是否有权诉至法院要求税务当局启动该程序，在OECD协定解释中并没有明确的答复，通常情况下这些问题都会留待各缔约国通过国内法规范。
理论上来说，与其他国家就税收问题展开磋商是涉及国家主权的行为，纳税人可以基于税收协定中的条款申请主管当局启动该程序。但当主管当局通过审查认为申请理由不够充分时有权拒绝纳税人申请，并且纳税人无权通过法院强制要求主管当局执行该程序。
根据《实施办法》规定，我国纳税人提出启动相互协商程序的申请需经两个步骤：
（1）向其所在的省级税务机关提出申请，由省级税务机关决定是否上报总局。
（2）税务总局对上报的申请进行审查并决定是否启动相互协商程序。
从《实施办法》可以看出，在该程序中省级税务机关只是对纳税人申请的材料进行审查而无权最终决定是否启动相互协商程序。如果纳税人对省级税务机关不予受理的决定不服，将有权进行异议申请。但对当总局收到上报申请后决定不予受理时，该决定将具有终局性，纳税人无权再提出异议。
（1）相互协商程序结果的法律效力
国际普遍认为相互协商程序应属于行政性的争议解决手段，换言之，其结果只对达成协议的主管当局产生约束，如果当事人对结果不满，其仍有权通过司法程序寻求救济。此外，相互协商程序是两国主管当局就特定问题进行的协商讨论，就效力而言，其得出的结论只能对该特定问题生效，而无普遍约束力。
（2）相互协商程序与司法判决的关系
通常认为，如果两国主管当局进行协商讨论的问题上已产生了生效的税收和解或司法判决，那么两国主管当局在进行相互协商时，将只能基于此前认定的事实进行相应的纳税调整，而不能改变已生效的和解或判决。
（3）保护性措施
协商程序条款规定，若纳税人接受相互协商的结果，该结果的执行将不受其本国国内法的限制。因两国主管当局就相互协商程序能否达成一致具有相当的不确定性，而且该程序通常耗时很长，当纳税人对协商结果不满或两国税务主管当局无法达成一致时，即使纳税人希望通过司法程序解决也很有可能面临诉讼时效已过期的尴尬局面。因此当事人在申请启动协商程序后往往还会选择同时启动其他的救济程序，如行政复议或司法救济来确保自身权益。
仲裁条款是OECD为提高相互协商程序的效率，确保税收协定的实施而制定的条款。其一般形式是：如果两国主管当局在一定时间内（通常为两年）无法就相互协商的事项达成一致，当事人可以请求将该事项提交仲裁。但迄今中国对外签署的税收协定中尚未包含有仲裁条款，故本文在此不再做延伸讨论。