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税务登记原规定于《国家税务法典（1997）》第236节，经共和法令9337号修正案（RANo9337）第19条修改后规定如下：
（1）在菲律宾的每一个纳税人都必须到所属的地区税务官处登记，时间为就业后十日内、企业开业时或开业前、纳税义务发生前或根据法典规定的填写税收申报表时，税务登记内容包括纳税人姓名、类型、住所、行业和其他由税务局长要求的信息，税务局长应当扩大个体经营和/或专业人士的商业登记与税收遵从要求；在菲律宾设有总部、分支机构或其他设施的个人应当到所属的税务机关登记，就本节而言，设施可能包括但不限于销售网点、生产地点、仓库或储存场所。
（2）每年的登记费为500比索，应在注册后的每年一月份的最后几天完成支付。对于收入仅为赔偿金的个人或合作社，无需缴纳登记费。登记费应交到地区税务局指定的金融机构或者经本市或直辖市授权的国库或金库；
（3）同一纳税人所承担的不同税负应分别登记；
（4）如发生纳税人主营业场所、营业地或分支机构的变更，纳税人必须到税务登记机关填写申请办理变更登记；
（5）根据本条款，纳税人的应纳税种或其他相关细节发生变化都应到税务机关去进行信息更新；
（6）注销登记。如果企业不复存在或当事人纳税义务已被免除，则要到登记机关去办理注销登记。其中增值税纳税人申请注销登记条件为：（a）纳税人能证明其任意12个月内的总销售额或收入不超出了第109条（A）款规定免税税额（1,500,000比索）；(b)或纳税人在任意12个月内不再从事贸易活动。注销登记在注销后下一个月生效。
（7）如果纳税人想要了解在下一年度其新开办的企业需要交纳多少增值税，那么他可以到《国家税务法典（1997）》规定的地区税务局去登记，并交纳一年的登记费；任何人只要其在任意12个月内的总销售额或收入超出了《国家税务法典（1997）》第109条规定的免税数额，就应该在十二个月之后的十天内向登记机关进行缴纳增值税登记并交登记费；
（8）增值税减免登记。任何未达到（G）款规定缴纳增值税条件的人可自愿到所属的税务管理机构登记并申请增值税减免，登记后的三年内不允许注销登记。
在菲律宾，根据其税法的规定，每一个纳税人都有自己区别于他人的纳税人识别号码，在填写纳税申报表、核定计征税款，以及纳税人与税收管理机构进行通信往来时，均必须使用该号码，据以鉴别纳税人的身份。
在纳税人死亡的情况下，管理人或执行人应按《国家税务法典（1997）》第236节规定重新登记遗产。非居民纳税人死亡情况下，不动产的管理人或执行人应到不动产所在地税收管理机构注册，若管理人或执行人未注册，不动产的所在地的税收管理机构应为其保留纳税人识别号。
纳税人识别号具有唯一性，一个纳税人只能有一个纳税人识别号。根据《国家税务法典（1997）》第275节规定，拥有多个纳税人识别号的应承担相应的刑事责任。
对于不同类型的纳税人，BIR规定了不同的税务登记流程，投资者可以根据实际情况自行登陆菲律宾国税局网站查询。
表27 不同类型纳税人税务登记表格填写
| 表格编号 | 适用类型 |
| BIRForm1901 | 个体经营和混合收益个人、不动产、信托 |
| BIRForm1902 | 收入仅为赔偿金的个人（包括非居民个人、在国外工作的本国居民） |
| BIRForm1903 | 公司/合伙企业（包括政府持有或控股的企业） |
| BIRForm1904 | 一次性纳税人（无纳税人识别号） |
（1）个体经营和混合收益个人、不动产、信托
①个人经营和混合收益个人
材料要求：需有市长颁发的业务许可复印件或者由当地政府单位颁发的专用税票（Professional Tax Receipt，PTR）、国家统计局(NationalStatisticsOffice，NSO)认证的出生证明。特殊行业如咨询、代理、艺术和承销等，不需要PTR，但应有职业税票（OccupationalTaxReceipt，OTR）、已婚女士的结婚证、合同或公司证明、其他如租赁合同、贸工部认证的注册商标名称等。非居民还需提供工作许可。特许经营权持有人则还须持有特许经营许可证。
申请流程：完成表格BIRForm1901向所属的地区税务局提交；向地区税收局授权的代理银行支付500比索登记费；支付印花税；提交收据、发票及要求设置的账簿；地区税收局应告知纳税人相应权利义务，并发放告知书及收据、发票和账簿。
时间要求：在开业前应当完成申请。起算点可以是纳税人第一次交易，也可以是经营许可颁发或由当地政府发放的专业税票之日起30天内。两者以时间较早的为准。
②不动产
材料要求：死亡证明和司法认定的复印件；其他材料，如租赁合同、贸工部认定的注册商标名称等。
申请流程：完成表格BIRForm1901向所属的地区税务局提交；向地区税收局授权的代理银行支付500比索登记费。
时间要求：应在纳税申报前或者《国家税务法典（1997）》规定的其他时间之前注册申请。
③信托
材料要求：信托协议；其他材料，如租赁合同、贸工部认定的注册商标名称等。
申请流程及时间要求与不动产的规定一致。
（2）收入仅为赔偿金的个人
①一般个人
材料要求：国家统计局出具的出生证明或护照；如果妻子提出索赔，需要有丈夫放弃要求额外豁免的权利声明；结婚证；若丈夫想要从妻子处为被抚养子女获得额外豁免的特权，他应该先取消之前豁免的特权，在纳税登记时，应另行提交登记更新表格，该放弃豁免特权申请应当一齐提交至所属地区税收局；国家统计局出具的家属出生证明（如果有）；
申请流程：完成表格BIRForm1902与雇主需要提交的其他材料一并提交；将1902号表格提交到雇主所在的地区税收局。
时间要求：雇员应当在就业10日后完成申请。
②非居民个人或海外员工、船员
若申请人为非居民个人，材料要求为申请人的护照签证。若申请人为海外员工(Overseas Contract Works，OCWs)或船员，材料要求为：显示姓名、地址、出生日期的出生证明或其他证明；护照与签证；劳动合同。
申请流程：向申请人所属的地区税务局提交1902号表格及其他材料。
时间要求：注册申请应在纳税申报之前或者《国家税务法典（1997）》规定的其他时间之前。
（3）公司/合伙企业（包括政府持有或控股的企业）
公司/合伙企业等不同实体税务登记材料要求见表28：
表28 不同实体的税务登记材料要求
| 实体类型 | 材料要求 |
| 公司/合伙企业 | 在证券交易所注册的证书副本； 视情况而定的公司章程或者合伙企业合约条款； 市长颁发的经营许可，或者经市长授权有当地政府颁发的经营许可； 其他文件，如租赁合同； |
| 合作社 | 经认证的合作发展局（Cooperative Development Authority，CDA）注册副本； 合作章程； |
| 政府机构 | 单位或机构的章程复印件； |
| 业主委员会 | 房屋和土地管理委员会出具的证明副本及委员会章程； 若登记机构为分支机构或设备类型，需要提供总公司出具供特定部门使用的证明副本； 市长颁发的经营许可证或由市长授权颁发的营业执照申请书； 其他文件，如租赁合同 |
申请流程：向总公司及分支机构所属的地区税务局分别提交1903号表格及其他材料；向授权代理银行支付500比索登记费用；支付印花税；提交相关的账簿登记信息；地区税收局告知纳税人相应权利义务；最终地区税务局发放告知书及收据、发票和账簿。
时间要求：公司和分支机构或其他设施应在纳税申报前或开始营业之前完成登记申请，起算点为取得经营许可后30天内的第一次交易，或者由证券交易委员会出具的登记证明（以较早时间为准）。若该业主委员会为合作社的形式，印花税应当在当月最后五天内支付，注册登记将在印花税支付到期之前完成。若为合伙企业、联合体、政府机构，应当在法律规定的相关纳税申报、声明或宣誓之前完成注册登记。
（4）一次性纳税人（无纳税人识别号）
一次性纳税人主要包括：有关股息、房地产的资本利得税支付人；菲律宾居民的赠与税；非菲律宾居民的赠与税；房地产遗产税；最终奖金税款支付人；车辆注册人等。
共同材料要求：国家统计局认证的显示有申请者姓名、地址、出生日期、签名的身份证件或其他证件，显示信息还可包括但不限于以下信息：驾驶证；菲律宾律师协会（IntegratedBarofthePhilippines, IBP）证件号；专业监管委员会（ProfessionalRegulationCommission, PRC）证件号；护照；若申请人是已婚女性，需有结婚证。
除以上共同材料，不同类型的一次性纳税人还需根据要求向不同机构提交材料，提交材料及机构、时间要求详见表29。
表29 不同类型一次性纳税人特殊材料提交要求及登记机构
| 类型 | 特殊材料要求 | 登记机构 | 时间要求 |
| 有关股息、房地产的资本利 | 出售票据 | 股息：卖方/出让人注册地所属的地区税务局 | 应在纳税申报前或 |
| 得税支付人 | 房地产：不动产所在地的地区税务局 | 《国家税务法典（1997）》规定的其他时间之前。 | |
| 菲律宾居民赠与税 | 赠与票据 | 不动产：不动产所在地的地区税务局提交 个人一般财产：捐赠者的住所地所属地区税务局提交 |
|
| 非菲律宾居民的赠与税 | 地区税务局39号（Revenue Distric tOffice No. 39 – South Quezon City） | ||
| 房地产遗产税（死者死亡时是菲律宾合法居民） | 被继承人死亡证明 | 死者住所/享有永久居住权住所所属的地区税务局提交 | |
| 房地产遗产税（死亡时不是菲律宾居民且菲律宾无管辖权） | 地区税务局39号Revenue District Office No. 39 – South Quezon City | ||
| 房地产遗产税（死亡时不是菲律宾居民且菲律宾享有管辖权） | 遗产管理人注册地或者未注册时的遗产管理人居住地所属的地区税务局 | ||
| 最终奖金税款支付人 | 二手汽车时需出具销售票据 | 申请人所在地所属的地区税务局 | 在与政府或其他部门接触之前完成税务登记 |
《国家税务法典（1997）》第232节规定，依法纳税的企业、法人、合伙企业及个人应设立日记账和分类账。对于季度销售额、收入、利润或产量不超过50,000比索的纳税人可使用经财政部授权的简易会计账簿。企业、法人、合伙企业及个人的季度销售额、收入、利润或产量超过3,000,000比索的，其独立注册会计师每年应对其账簿进行审计和审查。账簿的所得税报税表应附有妥善完成的账户信息表（Account Information Form, AIF），账户信息表应包含资产负债表、损益表、收入产出资产列表以及其中相关报表中的有关信息。除日记账和分类账外，公司、企业、合伙或个人也应按规定设置明细账（subsidiary books），明细账构成纳税人会计账簿的一部分，在账簿保管、翻译、制作及检查上适用的规则与分类账和日记账一致。
账簿和凭证，应当使用英语或西班牙语登记。未使用英语或西班牙语的，纳税人需提供账簿和凭证的翻译版本，账簿登记者、纳税人法定代表人、或者经理（纳税人法定代表人缺席时）应对账簿翻译的正确性宣誓，翻译版本将构成上述账簿的一部分。在会计账簿中不允许使用英语和西班牙语外的任何语言。
2004年，菲律宾国会通过了第9298号法案（Republic Act No. 9298），废除了第692号总统令，是当前菲律宾规范会计制度的主要法案，第9298号法案也被称为菲律宾会计法案（Philippine Accountancy Act of 2004）。第9298号法案主要规定了：1）会计教育的标准；2）注册会计师考试；3）会计实务的监督、管理和规制。
会计专业监管委员会（The Professional Regulatory Board ofAccountancy）是菲律宾的会计制度监督管理机构，会计专业监管委员会在专业监管委员会的监督和行政管理下，由主席和6名成员组成，任期均为三年。另外委员会应从其成员中选出一名副主席，任期一年。主席负责主持委员会的所有会议，若主席职位空缺，副主席应承担此职责。
成为菲律宾注册会计师首先应该是菲律宾公民，除此之外，还应满足以下条件：具有良好的道德品格；持有由教育部或其他政府机关正式认可的学校、学院或研究所授予的会计学士学位证书；未受刑事处罚。在满足以上条件后，经菲律宾会计专业监管委员会审查后，通过注册会计师考试后，方能获得注册会计师资格。
《国家税务法典（1997）》第235节规定，所有账簿，包括公司、合伙或个人的明细账薄及其他会计记录，都应自行保存。账簿凭证保存期间为账簿记录的最后一项时间点至第203条规定的最后期限，账簿凭证应提交至国内税务局审查，就所得税而言，一个纳税年度内只能审查一次，除非：(a) 经税务局长认定的欺诈，违规或错误；(b)纳税人要求重新调查；(c) 预提税合规检查；(d)资本利得税负债确认；(e)税务局长根据第5节规定要求重新调查，会计账簿调查场所应在纳税人公司所在地或者是国内收入局。
所有企业、合伙企业或退休人士须自退休之日起十天内或税务局长在特别情况下准许的时间内，向税务机关提交其帐目帐簿，包括明细账和其他会计账簿。解散的公司和合伙企业必须通知税务局长，在消除任何税务责任之前不得解散。
除非有相反规定，免税组织或其他享受税收优惠个人或组织的会计账簿、其他有关的记录都向国家税务局提交审查，以方便国家税务局确定其是否符合免税或税收优惠政策条件及有关税负。
收据、销售发票和商业发票的签发原规定于《国家税务法典（1997）》第237节，该规定已被共和法令10963号修正案（RANo. 10963）第73节修改。现行的法令规定，凡在菲律宾从事商品交易、运输和服务行业的纳税人，当其交易额在100比索以上时，就应该向买方或接受服务方签发载明了交易日期、货物数量、单价和货物及服务特征的发票，并至少留有副本。但是，如果交易是支付租金、佣金、赔偿金或赔偿费用，那么发票上必须载明：票据名称、交易种类、支付方的地址。人工发票的原始发票由卖方在交易时交给买方，并由其在开出票据后三年内进行保存，副本由卖方保留相同的期间。
《加速成长与扩大包容税收改革》法案在原《国家税务法典（1997）》第237节的基础上新增了第237-A节，规定建立电子销售报告系统，要求从事货物与服务出口的纳税人及大型纳税人根据财政部与税务局的规定，通过电子销售系统报告其销售与购买数据，对该类数据的处理、使用与保密应符合共和国法案第10173号《数据隐私法》等法律法规的规定。同时，现行法令规定，在建立能够存储和处理所需数据的系统之后，从事货物与服务出口、电子商务的纳税人及增值税大型纳税人应当根据财政部要求发行电子发票以代替人工发票，其余纳税人也可以使用电子发票。电子发票记录的留存要求与人工发票的原始发票规定相同。税务局长可酌情免除该条款规定的有关纳税人的义务。
关于收据或发票的印制，规定在第238节，印刷合法有效的发 票须得到国内税收局的授权，并必须包括以下要件：经核准的连续编号、票据名称、交易类型、纳税人识别号、当事人地址等。打印收据或发票的所有人员用纳税人的日志/登记簿记录使用情况，日志/登记册应包含：票据名称、个人或单位的纳税人识别号；发票序列号、数量等。
（1）申报要求
根据《国家税务法典（1997）》第二编第九章第52节，所有在菲律宾负有纳税义务的企业（除了在菲律宾境内没有从事交易或经营活动的外国企业，即非居民外国企业外），即国内企业和居民外国企业，均应当按照《国家税务法典（1997）》第二编第十二章的规定，提交真实可靠的季度所得税申报表以及最终调整后的申报表，各一式两份。其中：
- 季度所得税申报表应填写上一季度或前几个季度的所得税总额以及累积的可扣除项（BIR表格1702Q），并于每一纳税年度（无论是日历年或会计年度）的前三个季度结束后的60天内提交。
- 最终调整后申报表（BIR表格1702）涉及国内企业和居民外国企业上一日历年或会计年度的总应纳税所得额，应于4月15日之前，或会计年度结束后的第四个月后的第15天之前提交。
企业的年度申报表必须附有经审计的财务报告和相关声明。除了根据《财务报告标准》及其他被采用的标准或公约所揭露的事实之外，财务声明的注释必须包含企业在纳税年度内支付或产生的税款及特许权使用费的信息。纳税申报表必须由总裁、副总裁或该企业其他主要管理人员提交，并由该管理人员、财务主管或助理财务主管进行宣誓。
对于在本地证券交易所销售或交易股票取得资本利得的企业，以及准备解散或重组的企业所适用的特别申报要求，分别规定在《国家税务法典（1997）》第二编第九章第52节第（C）条和第（D）条。
企业可选择用日历年或会计年度作为提交其年度所得税纳税申报表的基础，但在未依据第47节的规定征得国家税务局局长同意之前，企业不得变更其所采用的会计期间。若确有实情需要，国家税务局局长可根据有关规定合理延长企业提交纳税申报表的时间。
除非国家税务局局长另行批准，季度所得税声明以及最终调整后的申报表应提交至对提交企业的主要办公地或准备申报表所用主要账簿及其他数据的保存地有管辖权的授权代理银行，或税收区官员或征收代理人，或经授权的市或直辖市财政局。
对于指定的纳税人，尤其是大型纳税人，必须通过电子填写进行申报。在上一纳税年度满足以下条件之一的纳税人，即为国家税务局所认定的“大型纳税人”：(a) 在任一季度已缴或应缴增值税金额不少于10万比索；(b) 已缴或应缴消费税金额不少于100万比索；(c) 已缴或应缴企业所得税金额不少于100万比索；或者(d) 预扣或汇缴的税款金额不少于100万比索。
（2）税款缴纳
税款总额应由纳税企业在提交纳税申报表时按照国家税务局局长所规定的方式缴付，通常情况下，企业不能申请对税款进行分期支付。具体来说，按季度申报的税款，可减去在前几个季度已支付或核查的税额，并不得迟于纳税年度（无论是日历年度或会计年度）的前三个季度结束后的60日内。对于企业所提交的最终调整后的申报表，若在所述纳税年度内缴纳的季度税款总和不等于该年度当年全部的应纳税所得额所应缴的总税款，则企业应当：(a) 缴纳未付税款余额，(b) 向后结转超额税款，(c)依情况抵免或返还超额支付的税款。若企业享有季度估算所得税超额部分的税收抵扣或退税，其最终调整后的申报表上所显示的超额部分可向后结转并同下一纳税年度中的应税季度中所估计的应付季度所得税额相抵扣。一旦做出这一选择，该选择在该纳税期间内应视作不可撤销的，且任何关于现金退税或纳税抵免证明的申请都不会得到批准。
对企业在非本地证券交易所销售或交易股票取得的资本利得征收的税款总额，应在纳税人提交纳税申报表之日交付。
（3）预提税
非居民外国企业无需填写纳税申报表，对其来源于菲律宾境内的所得征收的所得税，以居民付款人进行预提的方式缴付。在最终预提税制度下，由扣缴义务人预扣的所得税金额即为全部及最终的所得税金额。根据第58节第（A）条的规定，最终预扣税的纳税申报表（BIR表格2307）应在各日历季度结束起的25天内提交并缴付税款，而可抵扣预提税的纳税申报表的提交以及税款的支付不得晚于预提税款所在季度结束后次月的最后一天。除国家税务局局长另行同意，由扣缴义务人预提的税款，应通过纳税申报表进行申报，并提交至扣缴代理人合法居住或主要经营地，若扣缴义务人为企业时为其主要办公地所在的城市或自治市的授权财务主管处。
预提所得税税款由扣缴义务人在提交其纳税申报表时缴付。对于欠缴应纳税额或拖欠应纳税款的扣缴义务人，应缴纳罚款与滞纳金。除此之外，对于被要求预提并汇缴任何本法所征收税款的人士有意不 预扣、计提并汇缴该税款，或以任何形式帮助、教唆偷逃税款或缴费的，应额外缴纳等同于其未预扣、或未计提并汇缴税款总额的罚款。
（1）申报要求
根据《国家税务法典（1997）》第二编第九章第51节，提交个人所得税纳税申报表（一式双份）的主体包括：(a) 居民公民：就其来源于境内和境外的所得；(b) 非居民公民：就其来源于菲律宾境内的所得；(c) 居住于菲律宾的外国人：就其来源于菲律宾境内的所得；(d) 在菲律宾境内从事交易或业务的非居民外国人：就其来源于菲律宾境内的所得。
下列个人则无需提交所得税纳税申报表：(a)未在菲律宾境内从事交易或经营活动的外国个人；(b)根据个人所得税税率，其应纳税收入不超过25万比索(P250,000)的个人，(Sec.13(2)(a)(5)(A)(B)(C)(D)(E))但菲律宾公民与在菲律宾从事经营或职业活动的外国人，无论其总收入数额多少，均应提交所得税申报表；(c) 取得来源于菲律宾的基于服务获得纯收入的个人，其所得税已基于第79条的规定以正确的方式代扣代缴。除非取得收入的个人在纳税年度里从两个或者两个以上的雇主那里取得所得，则应进行所得税申报；(d)第22节第（H）条所界定的“最低工资取得者”或免于缴纳所得税的个人；(e) 取得的唯一收入已按照第57节第（A）条的规定缴纳最终预提税的个人。
尽管如此，无需提交纳税申报表义务的个人仍然可能基于财政部长参考国家税务局局长意见后颁布的法规及条例的规定，而被要求提交申报表。
所得税申报表（ITR）应以纸质表格或电子形式，最多包含四页，并且只包含以下信息：①个人简介和信息；②根据本守则规定提供服务补偿收入，从事贸易或经营业务或从事专业工作的总收入，但不包括最终税收的收入；③依法可扣除额；④应纳税所得额；⑤应付所得税。（Sec.13.(2)(a).(5)(A)(B)(C)(D)(E)）
关于提交地点，除了国家税务局局长另行允许，纳税申报表应提交至该纳税人法定居住地或主要营业场所地所在城市或自治市的授权代理银行、税收区官员、征税代表或经授权的财政主管。若纳税人在菲律宾并无法定居住地或主要营业场所地，则应提交至国家税务局局长办公室。 关于提交时间，一般情况下，个人纳税人应在每年的5月15日（Sec.20(A)(B)）或之前提交上一纳税年度的纳税申报表。对于通过销售或交易未在本地证券交易市场上市的股票的个人，应在每次交易后的30天内提交纳税申报表（BIR表格1707），并在每年4月15日或之前提交一份最终合并申报表（BIR表格1707-A）涵盖上一纳税年度所有的股票交易。根据第24节第（D）条的规定销售或处置不动产的个人，应在每次销售或以其他方式处置之后的30天内提交纳税申报表（BIR表格1706）。从事贸易与业务的个人应在每一纳税年度第三季度结束后的60天内填写季度所得税声明（BIR表格1701Q）。其最终修订申报表（BIR表格1701）必须在每年4月15日或之前提交。对于上述申报时间，若确实存在合理事由，国家税务局局长可根据有关规定合理延长其提交时间。
仅获取工资报酬的雇员，其本年度从菲律宾雇主处获取的工资报酬，不论其数额多少、该所得税已被该雇主正确代扣代缴（扣税额等于税款）的，无需提交年度所得税申报表。由各雇主提交、并由BIR正式盖章的“扣缴通知书”等同于雇员提交的所得税申报表。
另外，第51节还专门规定了适用于某些特殊主体的申报机制，例如已婚人士、父母与取得收入的未成年子女，以及伤残人士。
（2）税款缴纳
除薪金税由雇主代扣代缴以外，其他应纳税款应由纳税人在提交纳税申报表时缴付。当个人应纳税款超过2,000比索时，个人可以选择分两期等额缴付税款，其中首期付款应于提交纳税申报表时缴付，而第二期应于日历年结束后的10月15日（Sec.16(A)(2)）或之前缴付。若在规定的付款日或之前未能缴付任何分期款，所有未付税款将全额到期，且还需支付因拖欠税款所产生的罚款。
（3）雇主的代扣代缴义务
每位雇主在进行工资支付时都应根据财政部长颁布的法规及条例，确定所支付工资应预提的税款并予以扣除。但是，当个人的总报酬所得额未超过法定最低工资或每月5,000比索（二者中的较高者），则不需扣缴任何税款。
除非国家税务局局长另行准许，雇主为雇员代扣代缴的税款应通过一份申报表列明，并提交到雇主的法定居住地或主要营业场所地所在城市或自治市的授权代理银行、税收区官员、征税代表或经授权的财政主管。
雇主应于各日历季度结束后的25天内提交申报表并缴付税款。出于保护政府利益的必要性，基于财政部长的许可，国家税务局局长可要求雇主以更频繁的方式缴付或缴存所扣除并预提的税款。国家税务局局长可根据财政部长所颁布的法规及条例，合理地延长雇主提供及提交纳税申报表的期限。
雇主有义务预提并汇缴正确的税额。若雇主未能正确预提并汇缴税款，该税款将连同相关罚款或其他因未能预提并汇缴税款而适用的附加款一并向雇主进行征收。
所有应缴付增值税的主体应在每个指定纳税季度结束后的25天内就其当期的总销售或总收入金额提交季度纳税申报表(BIR表格2550Q)。对于通过电子申报纳税的主体，另行规定截止日期。但是，所有增值税登记人都应按月缴付增值税。
被取消增值税登记资格的人士，应在其登记资格被取消的25天内提交纳税申报表并缴付未付税款，但纳税人仅需为其主要经营场所或总部及所有分支机构提交一份合并纳税申报表。
除国家税务局局长另有规定，增值税申报表应提交至位于菲律宾境内该纳税人登记或被要求登记的税收区内的城市或自治市的授权代理银行、税收区官员或经授权的财政主管，并缴付相应税款。
对于以下产品需预缴增值税税款：精糖的销售、面粉的销售，及自然生长与种植的木材产品的销售。
根据《国家税务法典（1997）》第五编第128节，负有缴纳比例税的主体应在每一纳税季度结束后的25天内提交季度申报表（BIR表格2551Q），报告其当期总销售额、总收入或总收益金额，并同时缴付应纳税款。在某一主体的增值税登记被取消且负有缴纳比例税义务时，比例税的计征从登记取消之日起算。结束经营比例税应税活动的主体应通知离其最近的国内税收官员，并在其结束经营后的20天内提交申报表，并同时缴付应纳税款。
国家税务局局长可根据法规及条例：（a）在考虑了销售额总量、经济情况、充分的安保措施以及其他本法的相关规定要求提交的有关信息后，规定可准许特定类别的纳税人遵照除上述规定的提交申报表时间之外的申报期间；（b）规定除原规定的比例税缴付方式及时间之外的方式及时间，包括预缴税机制。
当发现某主体并未开具收据或发票，或并未提交申报表，或有理由相信账簿或其他记录并未正确地反映所作的声明时，国家税务局局长在考虑了其他类似情形下参与类似营业活动的主体的销售情况、收入或其他应税税基后，可以核定最低的总收入额、销售额以及应税税 基。这一数额从表面上看应能够正确地反映该主体的税负。
除国家税务局局长另有规定，负有比例税缴纳义务的主体可选择分别在其各分支机构或经营场所提交申报表，或为其所有分支机构或经营场所提交一份合并申报表，该申报表应依情况提交至所述经营或主要经营场所位于的城市或自治市的授权代理银行、税收区官员、征收代理人或经授权的财政主管。
（1）国内商品消费税的纳税申报和缴纳
根据《国家税务法典（1997）》第六编第129节，负有缴纳消费税义务的主体应在所规定的各个生产地分别提交申报表，列明将要转移的产品描述、质量或体积，适用的税基以及应纳税款。对于本国石油、天然气或液化天然气，消费税应由进行本地销售、易货或交易的首个买家、购置人或受让人缴付，而出口商品的消费税应由有采矿权的所有者、承租人、特许权获得者或经营者缴付。若本国产品被转移出生产地时未缴付税款，则该产品的所有者或占有人有义务缴付应纳税款。
除非另经特别准许，在本国产品离开生产地之前，制造商或生产者应提交纳税申报表并缴付消费税。一般情况下，申报表应提交至经授权的代理银行、或税收征收官员、或菲律宾境内经授权的市政或自治市财政主管。
财政部长基于国家税务局局长的建议，可通过法规及条例规定：(a)在考虑了转移的数量、充分的安保措施以及其他本法的相关规定要求提交的有关信息后，可准许特定某种或几种类别的纳税人适用除上述规定的提交申报表时间之外的申报期间；(b)在预缴税、预缴押金或类似机制项下，其他缴付消费税的方式及时间。
（2）进口物件的消费税申报和缴纳
根据第131节的规定，进口物品的消费税应由所有者或进口商，或由除法定享有免税人士之外免于缴纳消费税的物品占有人依据财政部的法规，在从海关库房释放该物品之前向海关官员缴付。对于由享有免税的人士、实体或代理机构带进或进口至菲律宾境内用于销售、转让或交易给非免税人士或实体的免税物品，购置人或接收人应 被视作进口商，有义务缴纳该进口所应纳的关税及国内税款。
针对不同的商品，消费税的纳税申报表有以下几种：酒精制品消费税申报表（BIR表格2200-A），矿物制品消费税申报表(BIR表格2200-M）,石油制品消费税申报表（BIR表格2200-P）,烟草制品消费税申报表（BIR表格2200-T），汽车和非必需商品纳税申表（BIR表格2200-AN），甜饮料消费税申报表（BIR表格2200-S）等。
根据《国家税务法典（1997）》第七编第200节的规定，就应税文件依法缴纳单据印花税的主体，应根据财政部长参考国内收入总局局长的意见后颁布的法规及条例的规定，提交纳税申报表并缴纳税款。
除非财政部长颁布的法规及条例另有规定，否则单据印花税的申报表（BIR表格2000）应在应税票据制作、签署、开立、接受或转让的月份结束后的5天内提交，相应的税款应在上述申报表提交时一并缴纳。然而，税款的缴纳也可以通过购买和实际添附，或通过打单机在应税票据上印花时进行缴付。
除非国家税务局局长另行准许，单据印花税的纳税申报表和应纳税款应通过对纳税人的居住地或主要经营所在地有管辖权的税收区办公处所在管辖范围内的授权代理银行进行提交或缴纳。在没有授权代理银行的地区，申报表应提交至纳税人的法定居住地或主要经营所在城市或直辖市的税收区官员、征税代理、或经授权的财政官员处。
一般商品在进入海关时需在海关办公室办理报税手续并缴纳关 税。关税的申报具体由《菲律宾关税与海关法》调整。
（1）法律依据
根据《国家税务法典（1997）》第六条的规定，纳税人依据法律要求提交了纳税申报表后，国家税务局局长或其授权代表可能会授权对纳税人的检查，并评估税款的准确金额，若是未提交纳税申报表，则难逃被国家税务局局长检验这一程序性规定。国家税务局局长或者其授权代表在核查纳税人的申报金额时，有权检查纳税人的账簿、文件、记录或者其他与纳税人相关的数据或者调查材料，并传唤纳税人或者有保管账簿权限的雇员到场参加。若纳税人未能在规定时间内提交报告，或有理由相信该报告有误或不完整，国家税务局局长应按照可获取的证据评估合适的税额。若纳税人未能在规定时间内提交纳税申报表或其他材料，或是恶意提供错误的材料，国家税务局局长应基于其认知以及可以搜集的证据和信息制作或修订申报表。当存在纳税人有退出应税行业、准备离开菲律宾或将其财产转移、隐匿、变卖的行为时，或纳税人曾经或正在实施阻碍征税工作的行为时，税务管理委员会有权宣布该纳税人的应税期限，并有权发出纳税通知，要求其在指定的期限内缴清过去所拖欠的税款以及现在应缴的税款，以及不缴纳税款应受的处罚；
（2）评估程序
①初步评估通知（Preliminary Assessment Notice，PAN）
在2013年之前，当税务检查人员完成审计和调查后认定纳税人有纳税义务时，需通过书面报告通知纳税人相关决定。如果纳税人对于该报告的部分或全部内容持有异议，则税务检查人员必须通知并邀请纳税人参加非正式会议（Informal Conference）以便陈明自己的观点。自2013年后，税收地区官员要求纳税人参加非正式会议的规定已 经被取消。国家税务局不再发布非正式会议通知。在案件审核和评估之后，评估部门若有充分的依据和基础认为纳税人税款缴纳不足，将下发PAN。PAN必须详细说明评估所依据的事实、法律、规则以及相关条例。纳税人可以在15日内对PAN提出异议。
值得注意的是，PAN并非必经的法定程序，在某些情形下，税法规定可不用发布PAN而直接由菲律宾国家税务局发布最终评估通知（Final Assessment Notice, FAN）：(a) 当发现出现的欠税是由于纳税申报表中计税的计算错误；(b) 当预税款与代扣代缴人实际汇回的金额之间有差异时； (c)当某一纳税人选择就某个纳税期间内就超额抵免的预提税主张退税或抵扣时，若认定该纳税人已将同样数额税款向后结转并自动在下一年度的纳税季度中申请与预估税负相抵扣；(d)当应缴纳消费税的物品未缴纳消费税时；(e)当享有免税待遇的主体在本地购置或进口的物品，例如但不限于机动车辆、资本设备、机器及备件，被销售、交易或转让给非免税人士时。
②正式缴税函（FLD）与FAN
自收到PAN之日起，如果纳税人未能在15日内回应，那么将被定性为拖欠税款，国家税务局将在规定期限内下发正式缴税函（Formal Letter of Demand, FLD）和FAN。FLD与FAN必须陈述评估所依据的事实、法律、条例或法律框架，否则评估将被视为无效。FAN如果超过规定期限后才下发，将被视为无效通知，除非在规定期限内纳税人已经进行相应整改。同时，在收到评估结果之日起，纳税人仍然有30天时间可以提出异议要求再评估或再调查，在提交异议请求的60天内，需要提交所有相关的证明资料，否则该纳税评税将作为最终结果。如果纳税人未能提交支持其异议的具体事实依据、相关法律规定以及证据，那么纳税评估将具有终局性。另外，如果纳税人仅针对FLD与FAN中的部分税款税目提出异议，那么对于没有争议的剩余部分，纳税人应当继续缴纳。
若纳税人的申诉被全部或部分驳回、或在提交资料的180天内未收到回应，则受到该决定或不作为不利影响的纳税人可在收到该决定的30天内，或从180天期间结束之日起向税务上诉法院提请上诉，否则该决定将成为最终、待执行且可请求的决定。如果国家税务局局长在自纳税人提交全部文件之日起的180天内未采取任何措施，那么纳税人可以在180天期间结束后的30天内可向税务上诉法院提出申请要求审核；或者继续等待国税局局长对纳税评估的最终决定，并在收到此决定副本之日起30日内向税务上诉法院提出上诉。
③对争议性评估的最终决定（Final Decision on Disputed Assessment，FDDA）
在纳税人提出行政异议后，国家税务局局长或其授权代表应在180天内针对纳税人的异议请求发布FDDA。2016年6月13日，菲律宾财政部和税务局发布了税收备忘录命令No. 26-2016（Revenue Memorandum Order No.26-2016），专门制定了处理争议性税务评估以及发布FDDA的政策和指南。
根据该税收备忘录命令，无论纳税人的异议是否被部分或完全接受或驳回，税务机关均应通过发布FDDA告知纳税人对其提出异议的决定。再调查的申请仅适用于纳税人对FAN和FLD提出异议。在发布FDDA后，纳税人就不能申请再调查作为寻求救济的途径。在纳税人提请重新考虑并提交异议书后的180天内，或是纳税人提请再调查申请的60天提交相关材料期间结束后，如果税务机关未能对异议采取措施，并且纳税人在180天后的30日内向税收上诉法院提起上诉，则税务机关应发布FDDA。
在FDDA发布以后，纳税人可以选择部分或完全接受并履行纳税评估决定。如果FDDA是由税务总局局长的授权代表签发，纳税人应当自收到FDDA后30日内向税务总局局长提交重新考虑的动议，或向税务上诉法院提起上诉。向税务总局局长提请重新考虑或是向法院提起上诉，不应使纳税人失去选择自愿履行税务评估决定的机会。
在下列情况下，税务评估结果将作为终局性的、具有执行力的决定：(a) 纳税人未能在接到FLD和FAN之日起30日内提出有效的异议申请；(b) 纳税人未能在提出再调查申请之日起60日提交相关的证明材料；(c) 纳税人未能在接到国家税务局局长授权代表签发的FDDA之日起30日内向国家税务总局局长或税收上诉法院提出上诉。；(d) 纳税人未能在接到国家税务局局长签发的FDDA之日起30日内向税收上诉法院提出上诉；(e) 纳税人未能依据现有的法律和程序及时提交申请重新考虑的动议，或起诉到上级法院，或未能向税务上诉法院全体法官共同审理（CTAEnBanc）或最高法院提起上诉； (f) 纳税人未能收到评估通知，其原因是纳税人的实际地址与其在税务登记系统登记的地址不符，由于纳税人在变更其地址或停止经营活动后，未能及时更新其在税务机关的登记地址或注销其登记注册。
（3）评估期限
根据《国家税务法典（1997）》第203节规定，除了第222节另有规定外，对于国内收入税的纳税评估，应在法律规定提交纳税申报表的最后一天后的三年内进行，在此期间结束后对于该笔税收的征纳并未进行纳税评估的不得开始法律诉讼程序。但是，对于在法律规定期间之外提交纳税申报表的，该三年的时效期间应自纳税申报表提交之日起算。根据第222节，对于企图通过造假或伪造的申报表逃税或 未能提交纳税申报表的情况，时效将延长至在发现造假、伪造或遗漏信息的10年内进行纳税评估，或通过法庭诉讼来征收的税款无需经过纳税评估即需提交。
根据第223节的规定，若发生下列情形，税务审计追征期间应当中止，在中止期间以及此后的60天内国家税务局局长不得进行纳税评估，或进行扣押，或在启动法庭诉讼程序：(a) 当纳税人请求重新调查，且得到国家税务局局长的允许；(b) 当不能按照纳税人在其填报的纳税申报表中的地址找到该纳税人；(c) 当扣押或扣缴令正式送达纳税人、其授权代表或有民事能力的家庭成员之一时，无法确认其财产；(d) 当纳税人位于菲律宾境外。
国内税务管理委员会是税务稽查的主要机关，国内税务管理委员会有权制定当事人在申报纳税义务时应遵守的相关规定。这些规定将能保障税款核定和税务稽查工作的顺利展开，确保税务机关得到较为真实的核定或稽查结论。
税务局对所得税税款的核查规定在《国家税务法典（1997）》第56节，当税务局对所得税申报表核查时，发现少报或漏报税款时，应当责令纳税人补缴差额税款。
（1）概述
税务审计和评估程序以国家税务局发布的当局邮件（Letter of Authority, LOA）作为起始。当局邮件是一种官方文书，其内容包括经授权的税务审计人员对纳税人相关年度的账簿以及会计凭证进行调取和检查，找出可能存在少缴税的情况并处以罚款等行政处罚。需要注意的是，所有的税务审计或对纳税人的调查必须由国家税务局局长或者其地区长官发布授权书后方可执行，否则该审计或调查无效。接受授权书委托的税务审计人员必须自发布授权书之日起120日内完成审计并提交一份《税务审计报告》。如果《税务审计报告》未能在120日内完成，那么授权书将失效并需由国家税务局重新发布。
（2）审计对象
菲律宾国家税务局局长在制定年度审计项目时，会规定审计对象的筛选标准，被纳入审计范围的纳税人主要分为四类：①强制性审计的情形；②最优先审计的纳税人；③其他优先审计的纳税人；④基于税收地区官员的自由裁量权。这四类税务审计的情况如下：
①强制性审计的情形
- 主张所得税退税款或税收抵免结转额度超过10万比索，以及全年销售收入超过1000万比索（在某些案件为500万比索）的纳税人，税务机关将审计或调查其所有相关年度的国内收入所涉及的相关纳税义务。
- 纳税人在纳税年度末申请增值税退税或者申请税收抵免额度超过10万比索的，税务局将会对相关年度的增值税应纳税额进行审计或调查；
- 当经营中的总销售或总收入或者总遗产不超过1000万比索（在特定案件中为500万比索）时，遗产税申报连同其他税收义务；当总遗产超过1000万比索（在特定案件中为500万比索）时，遗产税申报不含其他税收义务；
- 对于总资产或总销售额超过1000万比索的企业终止经营，将审计或调查前一年度以及终止经营年度所有相关的国内纳税义务，并要求纳税人提供完税清单。
- 总资产或总销售额超过100万比索的公司进行合并、分立以及其他形式的企业重组，将审计或调查公司重组前一年度以及公司重组年度的所有国内收入纳税义务，尤其是公司重组后原公司注销的情形。
② 最优先审计的纳税人
最优先审计的纳税人是指总销售收入超过500万比索（特定案件为300万比索）的下列主体：评估中心；经职业教育和技术发展局(Technical Education and Skills Development Authority, TESDA）认证的企业；健康服务提供者；医院；护理学校；餐厅，餐饮服务业；建筑公司；从事租赁业的纳税人；未上市非营利公司或组织及基金会；合作社；从事借贷业务的投资人；典当行；不动产开发商；酒店以及其他旅游相关设备，包括度假村运营商；零售贸易；农产品经销商以及提供商；物流提供者；政府机关、机构、地方性政府以及国营公司的承包人；纳税人未能按要求提交至少一个季度的销售和采购清单；
③其他优先审计的纳税人
- 在年度企业所得税纳税申报表中填写零申报，经初步审查发现企业存在经营活动，并且其营业规模已达到了税务审计的程度；
- 应当缴纳所得税的纳税人实际税负不到总销售额的2%，或者增值税应缴税额不到总销售额的3%；
- 纳税申报显示企业亏损或者在纳税申报中没有应税收入；
- 根据各地税收地区所的统计名列全国纳税前20000名的私营企业；
④基于税收地区官员的自由裁量权
税收地区官员可以对未纳入年度评审计划书范围的纳税人进行审计，但是其筛选候选人总数不得超过该年度将被执行税务审计的纳税人总额的25%。
（3）纳税人提交的书面文件
在税务审计或调查取证过程中，税务审计人员通常会检查纳税人提交的书面文件。税务审计人员需要验证纳税人的纳税申报中各应税项目的数额以及其使用的税率是否正确，纳税人财务报表中申报的成本费用是否属实，并决定纳税人申请的抵扣是否适当且为税法所允许。
以下是在税务审计期间纳税人应提交的文件证明：(a)之前纳税人收到的授权书或者税务审计通知；(b)相关审计年度的包含审计财务报表等附件在内的所得税纳税申报表；(c)前一年度的包含审计财务报表等附件在内的所得税纳税申报表；(d)包含银行正式收据等附件在内的按季度所得税申报表；(e)按月度和年度的预提税信息申报表；(f)按月度和季度的增值税申报表；(g)单据印花税的完税凭证；(h)体现名义账户以及真实账户月总额的工作文件；(i)试算平衡表；(j)租赁合同或协议的副本；(k)最后一次提交给证券交易管理委员会的综合信息汇总表的副本。
另外，税务审计人员还会采取实地审计的方式，对纳税人的总账、销售和采购账簿、子公司的销售和采购账簿、销售发票以及其他票据，转账凭证以及其他相关记录进行检查。
为规范税务代理行为，授权税务代理机构及代理人从事相关税务代理活动，财政部和国税局于2006年共同发布了2006年第11号税收条例（Revenue Regulations NO.11-2006）。根据该条例，税务代理机构或税务代理人的业务范围包括：根据税收法典或条例规定，参与税收日常管理、证明、审计、申报备案及出具其他报告；有权参与税务调查、提出异议、请求退款或获取税收优惠；可代表纳税人出席会议、听证，并处理纳税人涉税事务。
菲律宾税务代理认证协会（The Accreditation Boards）是BIR下属处理各项税务代理申请业务的专门机构，包括税务代理的资格认证、停职及资格撤销。税务代理认证协会分为国家税务代理认证协会（Revenue National Accreditation Board，简称RNAB）和地区税务代理认证协会（Revenue Regional Accreditation Board，简称RRAB）。从事税务代理的税务代理人、税务事务所或者其他代理人都应在税务代理认证协会认证，已在菲律宾会计师协会和证券交易所认证的代理人或事务所无需再次认证，但仍应缴纳认证费用。
除专业税务代理人外，在出具充分证据的情况下，个人在以下情形也可从事部分税务代理活动：代理家庭成员的税务事务；代理雇主的雇员；公司职员；受托人、委托人、监护人、管理人、执行人以及信托、管理、监护等机构职员；政府单位、机构或部门职员，或者基于其职责代表政府单位、机构或部门。
（1）税务代理机构及代理人的资格申请
申请成立税务代理机构或成为代理人，除了专业能力、资质及品德的考量外，申请人还需满足以下条件：
①税务代理人：取得经专业委员会出具的注册会计师资格；不具有注册会计师资格，须取得法学博士学位以上，或经教育部认可的艺术、商业及管理学士学位且有18个月以上从业经验；经两名以上菲律宾律师或者注册会计师推荐；未受刑事处罚；必须是菲律宾公民。
②一般税务合伙：合伙人需符合税务代理人申请条件；该合伙机构已在证券交易所注册。
③其他从事会计或税务的公司实体：需在证券交易所注册，主要负责人或授权代表应当符合税务代理人申请条件。
国内税务管理委员会负责税务代理人的确定和登记工作，个人和专家组都可以成为税务代理人。如果申请人的税务代理申请遭到了国内税务管理委员会或国家税务代理登记处和当地税务代理登记处的拒绝，那么当事人可以到财政部有关部门寻求救济。财政部的有关部门将在60天内解决。但财政部在60天内没有给当事人答复的，则视为当事人取得了税务代理权。
（2）暂停或取消税务代理资格
纳税人、菲律宾注册会计师协会或者菲律宾税务管理协会及其他专业协会、国内税务局、RNAB或RRAB在以下任何情形之一均可提出暂停或取消税务代理资格的申请：违反《国家税务法典（1997）》涉及刑事犯罪，存在欺诈、违约；提供虚假或误导性信息；为获得代理业务，提供虚假或误导性信息欺骗客户，或者向客户表示其与国内税务人员有利益勾结；骗取退税；为客户提供逃避税方案；向客户收取不正当利益；以威胁、诬告、强迫，以财物或承诺等方式影响税务人员；被取消律师资格；辱骂、诽谤税务人员；被会计师协会发现存在违规行为。
资格撤销申请应当向居住地或者机构所在地的RRAB提出，由菲律宾注册会计师协会、菲律宾税务管理协会及其他专业机构提出的撤销申请应经单位主管人员签字；未经听证，税务代理资格不得暂停或撤销，听证结束之后，RRAB应当基于少数服从多数投票原则做出最终决定。所有材料应送达申请者。自收到税务代理资格被暂停或取消后15天内，申请者或者税务代理人可提出复议，复议期间决定不停止执行。
菲律宾税务管理协会（TaxManagementAssociationofthe Phippines）成立于1981年10月，是一个由菲律宾税务从业人员组成的非股份性和非营利性的组织，该协会是菲律宾税务机关认可的协会，在制定、实施税收政策并推动税制改革中发挥重要作用。
《国家税务法典（1997）》第十编分别规定了附加税、税收犯罪行为以及公职人员税务犯罪和其他罚则。
附加税是在纳税人违反税收法律规定的情况下，如未按时按额缴纳税款，由税款征收机关对其在原税款基础上加征的税款，具有一定的惩罚性。附加税适用于税法规定的所有税种，征收规则与主税款征收的时间、方式一致，并作为税款的一部分。附加税主要分为两种，一种为加征的民事处罚，加征比例为税款的25%或50%，另外一种则是税款滞纳金，一般为税款的20%。
违反税法并构成犯罪的，除应缴纳税款外，还应受到相应的处罚，被逮捕后缴纳的税款不能成为有效的抗辩理由。帮助犯罪或教唆犯罪的人也将受到相同的处罚。若罪犯不是菲律宾公民，在服刑后将被驱逐处境；公职人员犯罪的，应从重处罚；注册会计师犯罪的，其注册会计师资格将自动吊销。
BIR在2015年发布的Annex A of Revenue Memorandum Order (RMO) No. 7-2015（税收备忘录7号附件A，以下简称“附件A”），规定了违反《国家税务法典（1997）》的各项罚则。
（1）登记违法处罚
表30 违反税务登记罚则表（单位比索）
（2）会计核算违法处罚
表31 违反会计核算罚则表（单位比索）
（3）纳税申报违法处罚
当企业提交申报表后，国家税务局局长应对其进行审查，并核实应纳税款的数额。在出现企业未缴足税款或未按时缴纳税款时，将对纳税人就其未付税额适用欠税利息（Deficiency Interest或Delinquencyinterest，但两者不能同时适用），现行的利率规定为菲律宾中央银行规定的贷款利率的两倍，自规定的纳税日起直至所有税款全额缴纳完毕为止。通常在未能支付以下税款的情况下会产生适用欠税利息的问题：
(a) 基于提交的纳税申报表中显示的应纳税款；
(b)在不要求提交纳税申报表情况下的应纳税款；
(c) 在国家税务局局长发出的通知和要求中出现的应纳税款日后追加罚款或利息。
除此之外，在出现下列情况时，还需按照应纳税额的25%额外给予处罚：(a)未能在本法或法规或条例中规定的时间内提交任何纳税申报表并缴纳应纳税款；(b)除非国家税务局局长另有授权，将纳税申报表提交给规定国内税收官员以外的官员；(c)未能在核定通知要求时间内缴纳拖欠的税款；(d)未能在应纳税款日之前或当日全额或部分缴纳本法或法规或条例中要求提交的任何纳税申报表中显示的金额，或在不要求提交纳税申报表时应纳的全额税款。
对于故意不在法律规定的期间内提交纳税申报表，或对于有意错报或伪造纳税申报表的纳税人，要加征税款本金的50%作为罚金。
对于未能按照法律或国家税务局局长的要求在规定日期前提交信息申报表、报表或清单，或保留任何记录，或提供任何信息的情况，除非有合理的理由且证明不是有意疏忽，否则根据总局长的通知及要求可由未能成功提交、保留或提供上述文件的主体，按每次1,000比索的金额缴纳罚款。在任一年度里，合计征收罚款金额不得超过25,000比索。
（1）对不缴或少缴税款的处罚
根据《国家税务法典（1997）》第249节规定，经核查确认后未缴纳的税款，将按菲律宾中央银行规定的贷款利率的两倍计算利息，自规定的纳税日起直至所有税款全额缴纳完毕为止。滞延付款利息的计算基础根据实际情况，可以是全部应纳税所得额，也可以是到期应付的税款金额或者是未付税款。对于延期付款的利息，纳税人可选择全额付款或分期付款，若未能按期支付税款的，经通知后，就未能支付的款项，按上述税率重新计算及收取利息，直至完全支付为止。
（2）对不履行扣缴义务的处罚
根据第251节规定，扣缴义务人未按规定代扣代缴应纳税款，或者协助逃避税的，除按本章规定处罚外，一经定罪，对于未按规定扣缴的金额，应处相等于未扣留或未计入税款总额的罚款。根据第252节规定，任何雇主或扣缴义务人未能或拒绝返还超额预扣税款的，除了缴纳上述罚款外，还应当处以等同于超额预提税数额的罚金。
（3）对逃避或欺诈税款的处罚
纳税人逃避税款的，处50万比索以上1000万比索以下的罚款，并处6年以上10年以下监禁。
（1）开具增值税发票的合规性要求与罚款
根据《国家税务法典（1997）》第四编第二章第113节的规定，已登记增值税的主体，应当就每一笔商品或财产的销售、易物或交换开具增值税发票，并就每一笔商品或财产的租赁，以及每一次服务的 销售、易物或交换开具正式的增值税收据。关于增值税发票与正式收据所应包含的信息，规定在第113节第（B）条中。按照第106节（关于销售货物与财产的增值税）以及第108节（关于服务销售以及财产使用或租赁的增值税），应当缴纳增值税的主体除了所要求的常规会计记录外，还应当保留记录每日购销的辅助性记录，该辅助性记录应含有财政部长所要求的信息。
若一个并未进行增值税登记的主体开具了印有其纳税人识别码（TIN）的发票或收据，后面有“增值税”字样，这种错误开立发票的行为将导致：
(a) 开票人除了应就其交易缴纳比例税之外，还应当按照第106条和第108条的规定缴纳增值税，并且无法享受进项税抵免。不仅如此，还要按照第248节第B条的规定被处于50%的罚款。
(b)如果发票或收据上的信息符合法定要求，则对于买方而言，该笔增值税可作为进项税抵免。
如果进行增值税登记的主体对免税交易开立增值税发票或增值税正式收据，却未在发票或收据上突出显示“增值税免税交易”的字样，则该笔交易将成为应纳税交易，并且由发票或收据开立人支付增值税。而购买人可就该笔交易申请进项税收抵免。
（2）票据管理违法处罚
未按规定使用票据的，将被处以罚款：
表32 违反票据管理或未按规定印刷票据罚款金额（单位比索）
根据现行《国内税务法典（1997）》（经共和国法案第10963号修订）第264节的规定，未经授权印制销售收据或商业发票，印制多套收据或发票，印制未编号、未包含纳税人名称、经营性质、纳税人识别号与营业地址的发票，或印制其他欺诈性收据、销售或商业发票的行为，将处以50万到1000万比索的罚款，及6年到10年的监禁。
（3）未按规定传输电子销售数据的处罚
2018年1月1日起生效的《加速成长与扩大包容》税制改革法案第74节在原有《国家税务法典（1997）》的基础上新增了第264-A节规定，根据第237-A节，应当报告电子销售数据而没有报告的纳税人应根据其违规天数支付每天相当于纳税人经审计的财务报表中当前纳税年度前第二年所反映的年净收入0.1％的罚款，或10,000比索（以较高者为准）。如果一个纳税年度内纳税人违规的天数超过180天， 则应当处以永久关闭的额外处罚。但因不可抗力或纳税人无法控制的原因导致未能提交报告的，不适用该条的处罚。
（4）购买、使用、持有、销售或要约出售、分期付款、转让、更新、升级、保留或维护销售数据抑制设备的处罚
2018年1月1日起生效的《加速成长与扩大包容税收改革》法案第79节在原有《国内税务法典（1997）》的基础上新增的第264-B节规定，任何购买、使用、持有、销售或要约出售、分期付款、转让、更新、升级、保留或维护可以阻止创建、修改、隐藏或删除销售交易电子记录的设备的行为，将被处以50万比索到1000万比索的罚款，并处以2年到4年的监禁。累计篡改超过5000万比索的电子销售记录将被视为经济破坏并处以最高处罚。
（5）与燃料标识有关的犯罪
2018年1月1日起生效的《加速成长与扩大包容税收改革》法案第80节在原有《国内税务法典（1997）》的基础上新增了第265-A节，其中规定，对于为国内使用的目的而销售、分销、运输的燃料，未进行燃料标记、去除原有标记或在商品中掺假或稀释的，一经定罪，将处以以下处罚：第一次犯罪罚款200万比索，第二次罚款500万比索，第三次罚款1000万比索并吊销从事任何贸易经营的许可证；未经授权制造、进口、出售、使用燃料标识，或制造、进口、出售、使用假冒燃料标识，或使用欺诈方式进行标识等行为，一经定罪，将被处以100万比索到500万比索的罚款，并处以4年到8年的监禁。
