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外商在菲律宾投资时，可以采用不同的组织形式：个体工商户、合伙企业、公司、分支机构、代表处或联络机构、地区总部、地区经营总部，每一种投资形式的注册资本要求、流程以及所承担的法律责任有所不同，所行使的功能也不尽相同。例如分支机构和代表处不是独立法人，因此其从事的经营活动须由外国投资者承担无限责任；地区总部和地区运营总部所行使的功能不同，以至于前者不能获取收入，且注册资本的要求较低，而后者可以获取收入，相应地应满足较高的最低注册资本要求。因此，我国投资者在选择投资形式时应慎重考虑，结合投资的实际状况和需求，选择最为合适的投资形式。
此外，企业在登记注册过程中，还应时刻关注现行法律中对于特殊行业（包括证券交易、工程承包以及银行业）的限制性政策以及对限制外商投资的政策，特别是菲律宾政府每两年更新发布的“限制外资项目清单”，并留意法律法规中关于菲律宾公民在公司董事会成员中的占比要求。
为有效开展经营活动，外商投资的各类法人和实体应向菲律宾有关机构注册。其中，个体工商户须在贸工部注册，而分公司、代表处、地区总部、地区经营总部、合伙企业均需在证券交易所注册。为确保投资者从菲律宾取得的投资所得、股利分红和利润能通过当地银行系统顺利汇回投资母国，投资者应在菲律宾中央银行进行注册，并在投资后的一年内提交申请。超过上述期限，中央银行将不再接受有关投资注册。
在菲律宾设立的子公司应当按照《国家税务法典（1997）》第二编第十二章的规定，提交真实可靠的季度所得税申报表以及最终调整后的申报表，各一式两份。企业的年度申报表必须附有经审计的财务报告和相关声明。纳税申报表必须由总裁、副总裁或该企业其他主要管理人员提交，并由该管理人员、财务主管或助理财务主管进行宣誓。
企业可选择用日历年或会计年度作为提交其年度所得税纳税申报表的基础，但在未依据第47节的规定征得国家税务局局长同意之前，企业不得变更其所采用的会计期间。
当企业提交申报表后，国家税务局局长应对其进行审查，并核实应纳税款的数额。在出现企业未缴足税款或未按时缴纳税款时，将对纳税人就其未付税额适用欠税利息，现行的税率规定为20%，这一税率可能基于未来出台新的法规及条例进一步提高，该利息的计算自规定的纳税日起直至所有税款全额缴纳完毕为止。
除此之外，在出现下列情况时，还需按照应纳税额的25%额外给予处罚：(a) 未能在本法或法规或条例中规定的时间内提交任何纳税申报表并缴纳应纳税款；(b) 除非国家税务局局长另有授权，将纳税申报表提交给规定国内税收官员以外的官员；(c) 未能在核定通知要求时间内缴纳拖欠的税款；或(d) 未能在应纳税款日之前或当日全额或部分缴纳本法或法规或条例中要求提交的任何纳税申报表中显示的金额，或在不要求提交纳税申报表时应纳的全额税款。
对于故意不在法律规定的期间内提交纳税申报表，或对于有意错报或伪造纳税申报表的纳税人，要加征税款本金的50%作为罚金。
对于未能按照法律或国家税务局局长的要求在规定日期前提交信息申报表、报表或清单，或保留任何记录，或提供任何信息的情况，除非有合理的理由且证明不是有意疏忽，否则根据总局长的通知及要求，未能成功提交、保留或提供上述文件的主体，应按每次1,000比索的金额缴纳罚款。在任一年度里，合计征收罚款金额不得超过25,000比索。
菲律宾设立的子公司承担的纳税申报义务，同样适用于在菲律宾设立的分公司或代表处。相关的风险描述可参见6.2.1。
非居民外国企业取得来源于菲律宾境内的所得，在菲律宾负有纳税义务，该非居民外国企业无需填写纳税申报表，由居民付款人进行预提的方式缴付。在最终预提税制度下，由扣缴义务人预扣的所得税金额即为全部及最终的所得税金额。根据第58节第（A）条的规定，最终预扣税的纳税申报表（BIR表格2307）应在各日历季度结束起的25天内提交并缴付税款，而可抵扣预提税的纳税申报表的提交以及税款的支付不得晚于预提税款所在季度结束后次月的最后一天。除国家税务局局长另行同意，由扣缴义务人预提的税款，应通过纳税申报表进行申报，并提交至扣缴代理人合法居住或主要经营地所在的城市或自治市的授权财务主管处，或若扣缴义务人为企业时为其主要办公地。
预提所得税税款由扣缴义务人在提交其纳税申报表时缴付。对于欠缴应纳税额或拖欠应纳税款的扣缴义务人，应缴纳罚款与滞纳金。除此之外，对于被要求预提并汇缴任何本法所征收税款的人士有意不预扣、计提并汇缴该税款，或以任何形式帮助、教唆偷逃税款或缴费的，应额外缴纳等同于其未预扣、或未计提并汇缴税款总额的罚款。
菲律宾税务机关进行转让定价调整的法律基础主要依据《国家税务法典（1997）》第50节，此外，相关的其他法律规范还包括：(a) 《转让定价指引》（第2-2013号税务法规，2013）；(b)税收审计备忘录1998年1号命令（Revenue Audit Memorandum Order 1-98）；(c) 税收备忘录1999年63号命令（Revenue Memorandum Order No. 63-99）。同时，OECD《转让定价指南》对于菲律宾税务当局的实践操作具有指导意义。
在进行转让定价的调查过程中，纳税人应积极主动地配合税务机关的调查，维护自身权益。在收到BIR的初步评估通知（PAN）后的15日内，纳税人应针对PAN中税收评估结果存在的问题，及时提交立场书。在收到正式评估通知（FAN）后，纳税人若有异议，应当于30日内提交书面答辩，并于提交书面答辩后的60日内提交支持文件。否则，该正式评估通知将作为终局性、可执行的文件。 若税务机关否决该书面答辩，或从纳税人最后一次提交支持文件之日后180天内，税务机关没有任何作为，纳税人可在收到税务机关对其答辩的否决意见的30天内，或在180天届满之日起，将此案件提交税务上诉法院。 目前，菲律宾尚未引入受控外国企业规则和资本弱化规则。但实践中，菲律宾税务局在具体案件中，往往会考虑所有相关因素，判断债务与资本之间的合理比率，通常情况下认为合理的债资比是3:1。对于超额支付的利息将面临着被重新定性为股息并据此征税之风险。
尽管目前菲律宾官方对于是否会采取或在多大程度上落实BEPS的各项成果并未发布官方态度，但已多次开展与之相关的内部评估和咨询性谈话。在菲律宾官方发布相关的规范之前，对于纳税人而言，若从事关联方交易，最为妥当的做法是维持好同期文档，并将此作为遵从正常交易原则的第一步。
我国与菲律宾现行适用的双边税收协定签署于1999年。在适用该协定的过程中，值得注意的要点包括：
（1）关于营业利润，根据《协定文本》第7条第7款第2项的规定，―分公司支付给总机构的利润汇出时按不超过汇出额的百分之十征税。这意味着，赴菲投资的中国企业在菲律宾设立的分支机构向中国总机构汇回利息时，菲律宾对汇回的总利润额，在不进行任何税收扣除的情况下仅按10%课征预提税，而非按照国内法中所规定的15%的税率进行课税。
（2）关于―国际运输营业利润‖以及―股息所得‖，在中菲协定议定书中规定有最惠国条款，即菲律宾对于中国居民来源于菲律宾的―国际运输营业利润‖以及―股息所得‖给予单边性的最惠国待遇，也就是说，中国居民从菲律宾取得的这两种所得可以享有的协定优惠并不局限于中菲税收协定，而是参照适用菲律宾对外签订税收协定中最优惠的协定待遇。截止2019年4月，菲律宾所签订的税收条约中，关于“国际运输营业利润”最优惠的条款体现在菲律宾与荷兰签订的税收协定中，根据《菲荷税收协定》第8条第2款，来源地国对于国际运输营业利润的课税权范围限制在取得总收入的1%以内。关于“股息”条款的最惠国待遇体现在与德国新修订的税收协定（2013）中，根据菲德税收协定第10条第2款的规定，（a）如果受益所有人是直接拥有支付股息公司至少70%资本的公司，为股息总额的5%；(b) 其他情况下，为股息总额的15%。
（3）为应对纳税人滥用协定中的―财产收益‖条款，菲律宾国内税法备忘录指令RAMO1-93，该指令对该转让规定了税务审计程序，即税务局对于非居民将位于菲律宾的财产或股权转让给缔约国另一方居民，而缔约国另一方居民又将该财产或股权再次转让的情形通常会适用税务审计程序。如发现有滥用财产收益条款的情形，纳税人很可能会面临税务机关的转让定价调整。
（4）关于享受协定待遇的申请，按照RMO No. 72-2010的规定，申请的提交必须在交易发生之前完成，也就是发生第一次应税事件前完成。若未在规定时间内递交申请，申请人将面临着丧失申请税收协定优惠待遇的资格之风险。此外，非居民纳税人应先向国际税务处申请纳税识别号，根据不同的税目类型填写对应BIR表格，并提交所需的相应材料，从而确保能及时并顺利地享受协定项下的优惠待遇。
