相互协商程序(Mutual Agreement Procedure,MAP)是税收协定规定的重要的争端解决方式。当一个人认为缔约国一方或双方的措施导致或将导致对其不符合协定规定的征税时,可以不考虑国内法律所规定的补救方法,将案情提交其本人为居民或国民的缔约国一方主管税务机关。如果前述主管税务机关认为所提意见合理又不能单方面解决时,应与缔约国另一方主管税务机关协商解决。也就是说,菲律宾的居民纳税人在适用税收协定过程中,如果认为缔约国一方或者双方所采取的措施与协定规定的征税规则不符时,可以不考虑国内法的补救办法,将案情提交给菲律宾主管当局,提请启动相互协商程序。相互协商程序要求纳税人在规定的期限内将案件提交给主管机关,主管机关将努力与外国主管机关达成协议。
截止目前,菲律宾国内法并没有关于提请相互协商的操作细则及相关解释规则。
提请相互协商的最基本条件之一是纳税人所申请的条约救济是正当有效的。相互协商的适用要求纳税人或者请求救济的一方当事人所请求两国协商的事项必须属于税收协定所涵盖的税种或事项,并且是由于缔约国另一方没有按照税收协定的规则进行征税而导致的争议。例如,在菲律宾国税局ITAD104-04裁决当中,菲律宾国税局拒绝了本国居民纳税人向其提请的与美国国税局进行相互协商的要求,因为在该案当中涉及争议的赡养费问题并不属于菲律宾和美国税收协定争议的范围,而纯粹属于美国本国国内法的适用问题。
如果纳税人认为缔约国另一方税务机关的行为违反了税收协定,纳税人可以直接申请相互协商程序,而无需先行提起诉讼。如果涉及争议事项正处于诉讼程序中,或者菲律宾国税局正在进行纳税评估,那么纳税人提请的相互协商请求被菲律宾国税局接受的可能性将大大降低。诉讼是否会因相互协商程序的启动而中止取决于法庭适用规则以及法官判决。一般来说,在纳税人和税务机关达成一致的情况下,相互协商程序的提请将会被批准。
由于缺乏国内法规则,相互协商程序中税务机关之间达成协议的法律效力仍处于较为模糊的状态。
在菲律宾与其他国家签订的已经生效的税收协定当中,并未规定税收仲裁。