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菲律宾国家税务局（BIR）的主要职能和结构，规定在《国家税务法典（1997）》第一编。根据该编的法律规定，BIR应当受财政部的监管，其权力与职责应包含对所有国内税种、收费及费用的核查和征收，并执行与之相关的没收财产、处罚和罚款，其中包括执行税务上诉法庭和一般法院所裁决的有利于税务机关的判决。BIR可施行《国家税务法典（1997）》或其他法律所赋予其的监督权和检查权。
BIR下设服务管理司、项目管理司以及大型纳税人管理司（大户司）。其中大户司是菲律宾税收征管的特色机构之一，菲律宾的国内税务局将全国的大型纳税户，都集中由大户司管理，大户司直接由菲律宾税务局局长分管，在首都之外的一些地区设有分支机构。
BIR设有一位最高长官，即国家税务局局长（Commissioner of Internal Revenue），并设有四位副局长（Deputy Commissioners），这四位副局长分别管理法律组、运营组、信息系统组及资源管理组这四个不同的部门。国家税务局局长对于《国家税务法典（1997）》享有排他性的解释权，但这一解释权受财政部长的审查。国家税务局局长被赋予的权力包括：决定具有争议的税务核查；国内税收、收费或其他费用的返还；基于《国家税务法典（1997）》和其他法律实施的处罚；以及由BIR征管的部分。这些权力的行使受税务上诉法院的排他性上诉管辖。
BIR在全国各地设置了地区办事处（Regional Offices）、税务区域（Revenue Districts）以及地区数据中心（RevenueDateCenters）。其中，地区办事处的管辖范围大于税务区域，一般来说，每个地区办事处分管四至六个税务区域。
（1）地区办事处（Regional Offices）
为有效管理和执行税收征管，BIR在菲律宾国内设有9处地区办事处。地区办事处主要负责评估和收集该地区管辖范围内纳税人的所有税收、收费和费用的征管，并确保在区域办事处内适当有效地执行BIR的政策和计划。各地区办事处下设法律处、评估处、稽征处、金融处、人事处、调查处、文档处。地区办事处的地址、联系电话、负责人详细信息均可在菲律宾国税局网站查询。
（2）税务区域（Revenue District）
经财政部长同意，国家税务局局长可基于管理的目的，时不时地将菲律宾划分为若干个税务区域，各区税务区域由一名税收地区官员（Revenue District Officer）管理。税务区域的职责：为纳税人提供援助和服务；预处理纳税人提交的表格，编码后整理关键信息；对税务案件进行现场稽查调查；通过简易方法收取税款，有权在本辖区内没收或征收财产。当前，BIR将菲律宾编为115个税收区域，各税收区域办公地址、电话、管辖范围均可在菲律宾国税局网站查询。
（3）地区数据中心（Revenue DateCenters）
地区数据中心负责各辖区的税务信息系统的运行与管理，确保税务系统的可行性，各地区数据中心下设网络工程处和设施管理处。当前菲律宾地区数据中心有吕宋一区（Calasiao）、吕宋二区（QuezonCity）、宿务/维萨亚斯区、棉兰老区。各地区数据中心办公地址、电话、管辖范围同样均可在菲律宾国税局网站查询。
国家税务局的职责规定在《国家税务法典（1997）》第5节至第8节。第5节详细规定了国家税务局局长获取信息、传唤、检查和取得证据的权力，为保障税收工作顺利进行，国家税务局可以向纳税人核查与纳税有关的一切书证（包括纳税人的会计账册及其他基本情况），并对相关人员进行传唤、质证。第6节则规定了国家税务局有权实施税务核查与评估及因执行税务需要的其他权力，具体包括问询由金融机构持有的银行储蓄账户和其他相关信息，税务代理人的认定与登记，制定程序和证据方面的规则。此外，规范统一税收相关文件的格式，包括申请表格、收据、认证证书以及税收支付确认书等，也由国家税务局负责。
国家税务局也可依照财政部颁布的行政法令委托其下属单位行使职权，但以下几项除外：(a）建议财政部颁布规章规定的权力；(b） 税务局税收条例的发布、现行条例的终止、废除或修改的权力；(c）依本法204节A项和B项规定的减免纳税义务的权力；(d）确定消费税计征对象。
税收地区主管（Revenue Regional Director）的权力与职责规定在《国家税务法典（1997）》第十节，其中包括在所属区域实施法律、政策和计划，并执行国家税法、法规和条例，签发授权书以检查所在区域的纳税人等。各地区税务官员及其他国内税务人员确保税收法律法规的实施和执行，对违法行为实施惩处。其中地区税务官在菲律宾税收管理体系中发挥着不可替代的作用，其主要职责是监督和检查下属税务人员的工作效率和情况，并且通过地区行政官员以书面材料形式向国内税务管理委员会报告下属工作人员的疏漏和违法违规现象。其他税务官员负责本辖区内税款核查征收工作。各税务机关对于违反法律的人有逮捕权，并有权扣押其财产。
其他税收征收代理机构及其职责规定在《国家税务法典（1997）》第12节：（a）关税管理委员会及其下属部门负责对各类进口商品征收关税；（b）相关的政府部门及其下属机构负责资源税的征收；（c）国内税务管理委员会可委托银行在适当的时机代收税款。