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根据国际税务争议的主体不同，国际税务争议可分为两类，一是国家间的国际税务争议；二是国家与跨国纳税人之间的国际税务争议。国家间的国际税务争议，产生于主权国家间的国际税收利益分配活动中，争议主体的法律地位是平等的。当前，主权国家之间通常都是通过签订国际税收协定的方式来协调彼此之间的国际税收利益分配关系，因此，国家间的国际税务争议表现主要为有关国家之间就相互签订的税收协定条款的解释、执行、适用范围等问题所产生的争议。国家与跨国纳税人之间的国际税务争议，是产生于国家同跨国纳税人间的税收征纳活动中，争议主体的法律地位是不对等的。通常这类争议是应看跨国纳税人认为征税国的征税行为不符合有关的税法规定或有关国际税收协定的规定而提起的。
税收协定是缔约国双方划分国际税收征税权，以避免对纳税人双重征税所达成的国际协议。如果缔约国对纳税人不按税收协定规定征税，将会导致对纳税人的双重征税，这与税收协定避免双重征税的目的和宗旨是相违背的，另外，税收协定也具有防止纳税人逃避税的目的和意义。在实践中，适用中菲税收协定的争议可能体现为以下几种类型：
①在确定常设机构的利润时，把企业的一般行政管理费用分配给常设机构的比例问题。
②当利息、特许权使用费的支付人与受益所有人存在关联关系时，支付人所在国对利息和特许权使用费超过正常部分的征税问题。
③关联企业应税利润的调整问题。
④对于关联企业间超过正常支付的利息，以及与受益所有人具有关联关系的支付人所支付的利息，享有债权的公司所在的缔约国为实施其有关资本弱化的法律而将利息视为股息征税的问题。
⑤有关纳税人住所的确定问题，常设机构的设立问题，以及雇员从事临时性劳务的确定问题。
为避免和防范中菲税收协定争议，纳税人一方面应严格遵守和执行菲律宾国内法规，按照该税收备忘录的流程向菲律宾税务局申请适用税收协定优惠，尤其是涉及股息、利息、特许权使用费的跨境支付。另一方面，纳税人与关联方发生交易之前，可尝试事先向菲律宾税务机关提出预约定价申请，菲律宾主管税务机关和纳税人之间通过事先制定一系列合理的标准（包括关联交易所适用的转让定价原则和计算方法等），确定未来一个固定时期内关联交易的定价及相应的税收问题，消除或减少不确定性。
一旦发生税务争议后，纳税人可以选择在行政体系提出异议，寻求救济，在这一过程中，与税务机关达成和解也是化解争议的途径之一。或者纳税人也可以选择司法救济，请求法院的介入，以解决冲突。
在纳税评估及税务审计阶段，从税务审计到非正式会议、初步评估通知到发布最终评估通知，纳税人与税务机关达成相互协商和解将越来越难。因为从一阶段到另一阶段，国家税务局的内部审查程序将越来越严格，并且会有更多国家税务局工作人员的参与。例如，在税务审计期间，纳税人将仅和税务审计人员接触，但是在发布初步或最终评估通知后，评估部门的官员、收入地区官员以及地区长官将参与进来。因此，纳税人在税务审计期间应当慎重谨慎，恰当选择达成和解协议的时间。
达成和解协议，意味着纳税人对税务审计人员的检查结果让步或者双方同意对调整后的税额或者对存在争议的费用金额达成谅解，并补缴税收。为取得纳税人相关税目的补缴税款，税务审计人员也相应作出让步，同意放弃对其他税目的检查。因此，和解是双方之间的让步。在特定情况下，纳税人可能会倾向于通过和解来解决税收争议，如避免过高的证明税务遵从的行政成本，或是避免税收争议久拖不决所带来的成本和损失，包括律师费用等。
和解意味着允许纳税人所缴纳的税款少于纳税评估的检查结果所计算的税额。按照《国家税务法典（1997）》的规定，国税局局长有权进行税收协调、减税、退税或税额抵扣。根据第204节的规定，纳税人必须有如下理由才可向国家税务局提出申请：
（a）对不利于纳税人的主张之合法性存在合理的质疑；
（b）纳税人提出以其当前的财务状况无法按照国家税务局的要求缴纳足额税款。任何纳税义务的折让方式应基于下列最低金额：对于经济困难者，最低协调率为基本评估税额的10%；而对于其他情况，最低协调率为基本评估税额的40%。如果应纳税额超过100万比索或者企业所能缴纳的税款低于最低税率，和解协议需要得到国家税务局局长和副局长亲自同意。
根据现行菲律宾国家税务局的内部文件，税务机关人员往往需要在规定时间内完成本年度税务审计的任务目标，否则面临着被解雇的风险。因此，实践中税务机关人员可能会发布巨额纳税评估结果，并希望纳税人能够立即足额缴纳。虽然有规则规定纳税人可以对国家税务局纳税评估结果提出复议申请，但是大多数的复议申请结果均被维持，国家税务局很少会听取和采纳纳税人的复议申请意见，纠正纳税评估结果。因此，在这种情况下，纳税人往往很难通过行政行为保证纳税评估结果的公正性，因此，司法程序是另一个可以考虑采用的税务争议解决途径。税务诉讼的优势在于，通过法院的介入，纳税人可能得到第三方（法官）对税务纠纷较为客观且独立的意见。但是，值得纳税人注意的是：一方面，税务诉讼的时间和费用成本可能会增加纳税人的负担；另一方面，如果纳税人败诉，需要每年对应缴税款本金加征20%的利息，并且利息应从对纳税人做出纳税评估之日起，到纳税人缴齐税款之日截止计算，因此，巨额的利息也是不得不考虑的因素。
（1）初审法院
菲律宾地区初审法院（Regional Trial Courts）于1948年成立，至今是菲律宾层级最高的初审法院。菲律宾地区初审法院有权审理地方性民商事和刑事案件，其中包括地方性税务纠纷。处理地方性税务纠纷的诉讼程序具体规定于《地方政府法典》（Local Government Code）中。纳税人自收到税收评估通知之日起60日内可向当地政府财政主管官员提出异议，当地政府财政主管官员应自收到异议之日起60日内予以裁决，纳税人在收到当地政府财政主管官员维持原裁决通知之日起或前述60日期间届满之日起，可在30天内起诉至地区初级法院。
（2）税务上诉法院
①税务上诉法院司法管辖权
菲律宾税务上诉法院共有一名首席大法官和八名大法官，分为三个部门法庭，每个部门法庭有三个法官。所有的税务上诉案件分别由税务上诉法院三个部门的法官审理并提供判决意见。根据共和国第1125号法案以及共和国第9282号法案之前的其他法律规定，税务上诉法院保留了对如下上诉案件的专属管辖权：
A．由国家税务局局长做出决定的案件，涉及有争议的评估，国内税收、行政性收费或其他收费的退还，相关罚款，或者根据《国家税务法典（1997）》、其他法律以及税务局颁布的部分法律所引起的争议；
B．由海关局局长做出决定的案件，涉及关税、行政性费用或者其他收费；没收、冻结或者解冻相关财产；其他相关罚款；根据海关法或者海关颁布的其他法律所引起的争议。
C．在自动复核案件中，涉及海关委员会被提交给财政部长审理的对纳税人有利的决定；
D．由贸工部部长决定的案件，涉及非农产品、商品或物品，或由农业部部长决定的涉及农产品、商品或物品的案件，并且与征收反倾销税、反补贴以及保障措施相关。
自共和国第9282号法案通过后，从2008年开始，税务上诉法院的司法管辖权的范围已经被扩大到包括民商事税务争议，涉及刑事犯罪的税务案件，地方性税务纠纷，财产税以及具有终局性质的征税案件（final collection of taxes）在内的争议。同时，税务上诉法院的原司法管辖权被扩大包括：
A．违反《国家税务法典》以及海关和关税法典的刑事案件；
B．对地区初审法院做出的地方性税收案件的初审判决提起上诉的民刑事案件；
C．由评估上诉中央委员会做出的涉及对不动产的评估和征税的决定；
D．国内税收的征收以及成为终审性质的关税评估。
②税务诉讼程序
在庭审之前，法官将主持由上诉人和被上诉人共同参与的审前会议（Pre-trial Conference），上诉人和被上诉人需要分别确认并陈述其税务纠纷的具体事实，并将其具体事实内容形成备忘录提交给税务上诉法院。在此之后，由法院法官下达审前指令，宣布审前程序终止并正式进入庭审阶段，上诉人和被上诉人双方各自举证。
在税务上诉法院审理阶段，主要有两种案件审理方式：税务上诉法院分庭审理（CTA Divisions）以及税务上诉法院全体法官共同审理（CTA en Banc）。如果税务上诉法院法官否决了纳税人起诉书中要求审核的全部或部分内容，并对税务局全部或部分纳税评估结果进行了确认，纳税人可以在得到此判决通知之日起15内向税务上诉法院提出要求再审。如果税务上诉法院拒绝纳税人申请再审的请求，纳税人可以在收到拒绝再审请求之后15日内再次提起诉讼要求全体法官出庭（enbanc）共同审理此案件；如果税务诉讼法院全体法官共同审理该案的判决仍然对纳税人不利，那么，纳税人可以在收到判决通知之日起15日内提出再审；如果税务上诉法院全体法官共同审理做出拒绝再审决定，纳税人可以在收到拒绝再审通知之日起15日内申请提交复审令（certiorari）上诉至最高法院；若纳税人没有上诉或申请再审或者已经在规定时间内另提起诉讼，那么最终判决将成为终审判决。
（3）最高法院
如果纳税人在15日内向最高法院提出再审请求，那么将由最高法院对该案件进行最终审理。最高法院由首席法官一人和陪席法官十四人组成，是菲律宾级别最高的法院，最高法院对所有法院及其全体人员实施行政监督。最高法院审理的案件具有终局性。最高法院在审理案件时，得由全体法官出庭，或酌情由三人、五人或七人组成分庭。最高法院的大法官由菲律宾总统根据司法和律师理事会所提供的名单遴选任命，每任7年且至少年满40周岁，为菲律宾本国公民，曾任下级法院法官或在菲律宾执行律师业务15年以上。
一切涉及同外国缔结的条约、协定或行政协定或法律是否违宪的案件，应由最高法院全庭审理；根据法院规则需要全庭审理的其他案件包括关于总统令、公告、命令、指令、条例是否违宪及其适用和有效性的案件，均应由实际参加案件审议和表决的法官以多数同意才能做出裁决。由分庭审理的案件，应由实际参加审议和表决的法官多数同意、至少应由法官三人同意才能裁决。如果未能取得所要求的同意数，该案件应由全庭裁决。但最高法院在全庭或分庭作出的判决中所制定的法律或原则，除最高法院全庭开庭外，不得被推翻或修改。
最高法院拥有下列管辖权：
①对有关大使、其他外交使节和领事的案件，以及有关申请发布调卷重审令、制止管辖令、指示行为令、责问权限令和人身保护令的案件，行使初审管辖权。
②依照法律规定或法院规则，对下级法院关于下列案件的终审判决和裁决所提出的上诉或调卷重审令，进行复审、复查、驳回、改判或确认维持原判：
(a)关于条约、政府协定、法律、总统令、公告、命令、指令、法令或条例的合宪性或有效性的一切争议案件；
(b)关于税、关税、摊牌费、通行费或任何与此有关的罚款合法性的一切案件；
(c)关于下级法院管辖权争议的一切案件；
(d)一切判处无期徒刑或更重刑罚的刑事案件；
(e)一切仅涉及法律错误或法律问题的案件。
最高法院所受理的案件，必须在其提交最高法院之日起二十四个月内作出判决或裁决，除最高法院下令缩短期限者外，所有下级合议制法院应在十二个月内作出判决，其他下级法院应在三个月内作出判决或裁决。任何案件，在根据法院规则或法院要求提交最后答辩状、辩护状和备忘录后，应视为提交法院要求判决或裁决。
税务上诉法院和最高法院承担了税务上诉法院附设调解规则的起草工作。该起草规则被命名为《税务上诉法院调解指南》( Guidelines for the Implementation of Mediation in the CTA)。调解是解决争议的程序，需要公正客观的第三方调解员参与。调解员必须是退休的法官、资深法律从业人员、或资深注册公共会计师，或者至少具有从事税法或海关法五年以上工作经验的且得到法律许可的海关经纪人。同时，上述法律从业者也要求至少具有十年实践经验。调解员帮助双方确定争议并提出解决争议的相应方案。一旦形成双方都能接受的协议，该协议将变成法院判决的依据。在法庭已经接管审理具体税务案件后，法院附设调解的调解程序需要在法庭的主持下进行。《税务上诉法院调解指南》规定案件在如下情形可以适用调解程序：（1）已提交法庭评论的在审的税务上诉法院全体法官共同审理案件；（2）在审前会议（Pre-trial Conference）之前或在审前会议之时进行调解。调解程序将使税务上诉法院的诉讼程序中止长达30天时间，根据《税务上诉法院调解指南》的规定，原被告双方可从税务上诉法院的调解员中选择审理其案件的调解员。在当事人未选择调解员的情况下，可由菲律宾调解员中心-税务上诉法院（Mediator Center-CTA）的主席代为选择调解员。
