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菲律宾于1987年引入增值税，并以增值税替代了之前的年度固定税（AnnualFixedTaxes）、对生产和销售环节征收的原始销售税（OriginalSalesTax）、流转税（TurnoverTax），对进口商品征收的销售税、以及对特定商品征收的消费税（ExciseTax）和比例税（PercentageTax），增值税所征收的对象是销售、易货交易、交换或者租赁商品或财产以及提供服务、进口商品。对采购征收的进项税允许与销售时的销项税相抵，两项之间的差额则为应缴纳增值税的税额。
继1987年行政273号指令之后，菲律宾增值税法又经历了几次修正，其中包括：
(a) 共和国7716号法案，被称为1994扩围增值税法，将增值税范围扩大至服务、销售以及不动产租赁，并且加强了征管水平；
(b) 共和国8241号法案，缩小了增值税税基；
(c) 共和法令9337号修正案，被称为2005改革增值税法，将增值税税率从10%提高至12%，同时扩大了增值税的适用范围；
(d)《加速成长与扩大包容税收改革》法案，提高了增值税的登记与起征点，并扩大了适用零税率与免税的范围。
2005年，菲律宾重新修订增值税税法，并引入两项机制：(a) 在任何一个纳税年度内采购的总价款超过100万比索的可折旧商品的进项税，必须在其使用年限内进行摊销，但是摊销时长不得超过60个月；(b) 对政府法人销售商品适用5%的最终预提税。
2016年9月26日，菲律宾财政部向国会提交了国内税制改革方案的第一批内容，其中一项改革方案是通过缩小增值税免税范围达到扩大增值税税基的目的。根据这一法案，不再适用免税待遇的项目包括：(a) 特别法，适用于老年人和残疾人的特别法除外；(b) 合作社，销售原始农产品除外；(c) 低成本的社会化住宅；(d) 电力传输；(e) 租赁住宅；(f) 国内航运进口等。2017年5月31日，众议院通过了该改革方案（5636号法案）。
2018年1月1日生效的《加速成长与扩大包容税收改革》法案，作为菲律宾综合税制改革的重要部分，对增值税进行了以下修改：（a）增值税登记的门槛从1,900,000比索提高至3,000,000比索；（b）对于未达到3,000,000比索登记门槛的个体经营或专家，可以选择对其销售额超过250,000比索的部分适用8%的税率，以替代累进税率与比例税或按个人所得税税率征税；（c）保留了对初级食品、农产品、医疗保健与教育、经济特区业务流程外包、残疾人、老年人、合作社、社会化住房、低成本住房、再生能源、旅游企业、低于1.5万元的租金及协会会费等项目/个人的增值税豁免；（d）增值税的起征门槛从1,919,500比索提升至3,000,000比索。
根据《国家税务法典（1997）》第四编第105节，增值税的纳税主体包括，在贸易或营业过程中，销售、易物、租赁商品或财产、提供服务的人，以及进口商品的人。这些主体应当按照第106节至第108节的规定缴纳增值税。所谓“在贸易或营业过程中”，是指由任何主体从事商业或经济活动的常规行为，包括类似交易，无论参与的主体是否是非上市、不盈利组织或政府实体。除非另有规定，由非居民外国人在菲律宾提供的本法所界定的服务应当被认为是“在贸易或商业过程中”提供的。
（1）销售商品或财产的增值税
根据第106节第（A）条，对于销售、易物或交换的财产或商品，应当在商品或财产的总售价或总价值基础上，按照12%的增值税率，由卖方或转让方缴纳增值税。但是，若商品销售或服务的对象是政府或行政分区，或政府所有或控制的机构或公司，最终预提税税率为5%。“总售价”是指买方支付的总货币金额或有义务支付给卖方的作为销售、易物或交换财产或商品的对价。该商品或财产的消费税包含于总售价中。
“商品或财产”是指所有可以用金钱衡量的有形和无形客体，包括：(a) 在贸易或营业过程中主要用于销售或租赁的不动产；(b) 使用专利、版权、设计模型、计划、秘密配方或工序、商誉、商标或其他类似财产或权利的权利或优先权；(c) 在菲律宾使用任何工业、商业或科学设备的权利；(d) 使用电影、胶片和磁带的权利；(e) 无线电、电视、卫星传播和有线电视。
已办理登记的增值税纳税人（VAT-Registered Persons）的下列销售行为适用增值税零税率：(a) 出口销售，包括：①从菲律宾境内向国外销售并实际运输货物，以可接受的外币支付，并遵循菲律宾中央银行的条例，无论运输安排中对出口货物所有权转移如何做出约定；②销售给非居民的在菲律宾组装或生产的用以交付菲律宾居民的商品，以可接受的外币支付，并遵循菲律宾中央银行的条例；③向出口销售额超过全年总产量70％的出口型企业销售原材料或包装材料；④根据第226号行政命令（也称为1987年综合投资法）及其他特别法认定为出口销售的销售；⑤向从事国际航运或国际航空运输业务的人员销售用于国际航运或航空运输业务的货物、用品、设备和燃料；(b) 根据特别法或者菲律宾签署的国际协议享有免税待遇，并就销售适用零增值税的人或公司实施的销售。
以下交易行为被认为是销售：(a) 并非在营业过程中产生的商品或财产的转移、使用或消费，这些商品或财产原本是用于在营业过程中的销售或使用。(b) 作为已登记增值税的纳税人利润中的份额，向股东或投资者进行的分配或转移；或是在债务的支付过程中，向债权人的分配或转移。(c) 在商品被托运之日起60日内并未实际销售的商品，但是受托方在60日内退回托运物的不属于销售。(d) 歇业或停止营业，涉及在发生歇业或停止营业时的应纳税商品的库存。在一笔交易被视为销售、易物及商品或财产的交换，或者当总售价不合理地低于实际市场价值时，国家税务局局长可以遵循财政部长发布的法规和条例，认定合理的税基。
此外，关于发生退货、折让、折扣的增值税处理方式，规定在第106节第（D）条。
（2）进口商品的增值税
根据第107节，进口商品的增值税计算，是根据海关认定的关税加上消费税（如有）和其他的费用，乘以12%的税率，进口商应在商品通关之前缴纳这些税款。如果关税的认定是基于商品的数量，那么增值税税基是根据到岸成本(Landed Cost)和消费税（如有）进行确定。
当免税进口的商品由享受免税待遇的主体进口到菲律宾，在此商品在菲律宾被销售、转移或交换给非免税的主体，则该购买方、受让方或取得方应被认为是进口商，应缴纳进口过程中产生的一切国内税。进口中产生的税额构成了对商品的留置权，该权利优先于其他收费或该商品上的其他留置权。
（3）销售服务以及使用或租赁财产产生的增值税
根据第108节，对于服务的销售或交易，包括财产租赁或使用，按照总收入的12%缴纳增值税。所谓“服务的销售或交易”，是指有偿为他人在菲律宾提供所有种类的服务，包括：(a) 租赁、使用或有权使用版权、专利、设计模型、计划、秘密配方或工序、商誉、商标或其他类似财产或权利；(b) 租赁、使用或有权使用工业、商业或科学设备；(c) 提供科学、技术、工业或商业知识或信息；(d) 为上述(b)、(c)项的使用或享有而提供的辅助性的帮助；(e) 由非居民或其雇员提供的与使用属于该非居民财产或权利有关的服务，或安装或操作从此类非居民购买的商标、设备或其他仪器有关的服务；(f) 提供与科学、工业或商业运营、企业、项目或方案的实施或管理相关的技术咨询、帮助或服务；(g) 租赁动画影片、电影、磁带和光盘；以及(h) 租赁、使用或有权使用无线电、电视节目、卫星传输和有线电视。
“总收入”是指涵盖合同价款、报酬、服务费、租金或特许权使用费在内的总金额或其等价物，包括在为他人提供服务或将要提供服务的纳税季度里，实际取得的与服务一并提供的材料价款、银行存款和预付款（不含增值税）。
（4）零税率
由已登记的增值税纳税人在菲律宾提供的下列服务适用零税率：(a) 为在菲律宾境外从事经营的人处理、加工或改装随后从菲律宾出口的商品且用可接受的外币支付该服务，并满足菲律宾中央银行的规定；(b) 为在菲律宾境外从事经营的人或在菲律宾境外未从事经营的非居民，提供前段未提及的服务，且用可接受的外币支付报酬并满足菲律宾中央银行的相关规定；(c) 为根据特别法或者菲律宾签署的国际协议享有免税待遇，并就服务提供适用零增值税的人或公司提供服务；(d) 为从事国际船运或国际航空运输提供服务；(e) 转包商或承包商为出口额超过年总产量70%的企业提供处理、加工制造产品的服务；(f) 从菲律宾到其他国家的海上或航空客运或货运。(g) 销售通过可再生能源产生的能量或燃料，包括但不限于：生物质能、太阳能、风能水电、地热能、海洋能源和其他使用如燃料电池和氢燃料技术的新兴能源。
2.4.2 税收优惠
第109节规定的免税交易，共有28项交易可免缴增值税：（1）在原产国销售或进口农产品和海产品、常用家畜、为人类消费而生产的食品和种畜以及遗传物质。（2）销售或进口肥料、种子、籽苗、鱼种、鱼虾、畜禽饲料，包括无论是本地生产还是基于出口目的用于制造成品饲料的材料，但是不包括用于赛马、斗鸡、观赏鱼、动物园和其他宠物类饲料。（3）菲律宾居民回国或来菲律宾定居的非居民公民进口的属于其个人的家具，而且根据海关法此类商品免征关税。（4）属于来菲律宾定居的人随身携带的或在其到达菲律宾前后90日内到达菲律宾的专业设备和工具、衣物、家畜和个人家具，且这些物品不是为了销售、交换或交易，仅供个人使用。该人需要向委员会提交充分的证明表明其实际上是来菲律宾定居并且其居住地的改变是善意的。（5）应缴纳比例税的服务。（6）由农业合同养殖户提供的服务，以及为未剥皮的水稻去皮、玉米研磨成玉米粉和甘蔗榨糖。（7）医疗、牙医、住院和兽医服务，不包括由专业人员提供的服务和实验室服务，如果医院或者诊所经营药店，所销售的药品需要缴纳增值税。（8）由教育部门（DepED）、高等教育委员会（CHED）、技术教育和技能发展机关（TESDA）充分认可的私立教育机构以及政府教育机构提供的服务；（9）个人根据雇员关系提供的服务；（10）跨国公司设在菲律宾用于监督、沟通和协调亚太地区子公司、附属机构或分支机构的区域总部提供的服务，且该区域总部不从菲律宾获得所得；（11）特别法或者菲律宾签署的生效国际协议规定的免税交易，不包括第529号总统令所规定的交易（根据1949年石油法案所规定的石油开采特权受让人）。（12）无论是以原产品还是加工的形式，在合作发展机关（CDA）登记的农业合作社对于其成员的销售以及成员的产品销售给非成员，进口直接或专门用于生产或其产品加工的农用物质、机器和设备，包括有关配件。（13）从合作发展机关登记的信贷或多功能合作社的放贷获得的总收入。（14）在合作发展机关登记的非农业、非电气和非信贷的合作社的销售。但是，无论总资本和净盈余按比例在成员间的分配，每个成员的股本出资不超过15000比索。而且，机器设备及其配件的进口需要缴纳增值税。（15）不属于已登记的增值税纳税人的出口销售。（16）以下情形的不动产销售：(a) 销售主要不是用于在一般贸易或商业过程中销售或租赁给客户的不动产。但是国家税务局的规章规定，如果此类不动产被卖方用于一般贸易或商业，该销售额需要缴纳增值税，该销售附带被认为是该纳税人的主要业务；(b) 销售菲律宾共和国法律第7279号（RA7279）和其他有关法律（比如RA7835和RA8763）规定的用于廉价住房的不动产，但是每单元售价不超过750，000比索。(c) 销售用于社会化住房的不动产，但是每单元售价不超过225，000比索，该金额可能会随时间而改变；(d) 销售价值达1，919，500比索的住宅区或者价值达3，199，200比索的房屋和其他居民住宅，此价值根据消费价格指数调整。即使有独立的名称和独立的纳税声明以及一份独立的财产转让契约，但销售相邻住宅用地、房屋和居民住宅被认为是销售一个住宅区、房屋和居民住宅。（17）每月每个住宅单元的租金不超过15，000比索，无论该年度该出租人总租金收入；（18）销售、进口、印刷或出版以固定的价格出现在国内的书籍和任何报刊、杂志或公报，且不是主要专用于已支付的广告费用而出版。（19）国际运输公司运输旅客；（20）销售、进口或租赁客运或货运船舶和航空器，包括用于本国或国际运输公司的相关引擎、装备和配件；（21）进口燃料、商品和从事国际航运或航空运输公司的人；（22）银行的服务、执行准银行功能的非银行金融中介的服务和其他非银行中介；（23）根据共和国法令第9994号（2010年增扩老年公民法）和第10754号（增扩残疾人权益与特权法）向高龄公民销售、租赁物品或提供服务；（24）根据经修订的国内税收法典第40(c)(2)条转让财产；（25）协会会费、会员费或其他由房主协会或共管公司收集的参与费用；（26）向菲律宾中央银行出售黄金；（27）自2019年1月1日起，销售针对糖尿病、高胆固醇和高血压的药物；（28）商品和服务的销售或租赁，或提供上述以外的服务，但是年度总销售额或收入不超过3,000,000比索。
此外，依据菲律宾参议院于2019年1月29日通过的第2193号法案，为了降低治疗精神疾病的药品成本，此类药物的销售收入免缴增值税。
已办理登记的增值税纳税人可以对其商品、财产或服务的销售，选择不适用免税规定。但是一旦选择，从做出选择的季度起三年之内不能再改变。
2.4.3应纳税额
根据第110节第（A）条第（1）款的规定，在下列交易中，由增值税发票或正式收据证明的进项税额准予从销项税额中抵扣：
(a) 为以下目的购买或进口商品：(i)销售；(ii)将商品转换为或有意形成可以出售的制成品，包括包装材料；(iii)在经营过程提供以使用；(iv）作为服务销售中提供的材料而使用；（v）在贸易或商业过程中使用，根据税法允许以折旧或摊销进行扣除；
(b) 购买已实际支付增值税的服务。
已登记的增值税纳税人在国内购买或进口商品而产生的进项税可由下列主体抵扣：(a) 完成销售或者商品或财产进口的买方；(b) 商品由海关通关之前支付增值税的进口商。若在一个纳税月度，购买或进口用于在贸易或商业过程中使用的可依法扣除折旧的商品的总购买费用超过了1,000,000比索，则该可抵扣进项税额应当被均匀地分配到购买月度起的60个月内。但是，如果该商品的预期使用寿命小于5年，则该进项税应被分摊到更短的使用期间。
已登记的增值税纳税人参与无需缴纳增值税的交易，应允许抵免：(a)可直接归于应纳增值税交易的总进项税；(b)不能直接归于任一活动的进项税的相应比例部分。
在纳税季度末，如果销项税超过进项税，超额的部分应由已登记的增值税纳税人缴纳；如果进项税超过销项税，则超过的部分可以转入下一季度抵扣。但是，对于可归于适用零税率的销售产生的进项税，已登记的增值税纳税人可以按照第112节的规定选择退税，或是与其他的国内税款进行抵扣。
根据《加速成长与扩大包容》税制改革法案（2018年1月1日生效）第31节，财政部将在BIR与海关局（BOC）设立增值税退税中心，负责处理可抵扣进项税的退税。为满足增值税退税的资金要求，每年将自动拨付相当于前一年征收的增值税总额5%的款项作为国家基金的特别账户，当年度内未用完的资金将返还国家财政基金。同时，国家税务局与海关应向国会监督委员会提交综合税务改革计划（COCCTRP）的季度报告，报告所有未决的退税申请与未使用资金。