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根据中土税收协定中“协商程序”的规定：
（1）当一个人认为，缔约国一方或者双方所采取的措施，导致或者将导致对其不符合本协定规定的征税时，可以不考虑各缔约国国内法律的补救办法，将案情提交本人为其居民的缔约国主管当局；或者如果其案情属于协定中无差别待遇的第一款，可以提交本人为其国民的缔约国主管当局。该项案情必须在不符合本协定规定的征税措施第一次通知之日起，1年内提出。
（2）上述主管当局如果认为所提意见合理，又不能单方面圆满解决时，应设法同缔约国另一方主管当局相互协商解决，以避免不符合本协定的征税。所达成的协议，应在1年内执行。在作出免税或减税决定通知的1 年内，该项免税或减税的受益人，应享有此权利。
（3）缔约国双方主管当局应通过协议设法解决在解释或实施本协定时所发生的困难或疑义，也可以对协定未作规定的消除双重征税问题进行协商。
（4）缔约国双方主管当局为达成上述协议，可以相互直接联系。为有助于达成协议，双方主管当局的代表可以进行会谈，口头交换意见。
税收协定中的相互协商程序条款，应作为其最重要的法律依据之一。
此外，为正确适用税收协定，避免双重征税，解决国际税收争议，维护中国居民（国民）的合法利益和国家税收权益，规范税务机关的相互协商工作，中国国家税务总局制定了《税收协定相互协商程序实施办法》（国家税务总局公告2013年第56号）及《特别纳税调查调整及相互协商程序管理办法》（国家税务总局公告2017年第6号）[20]，也可以作为税收协定相互协商程序的法律依据。
（1）符合条件的申请人
包括中国居民和中国国民。
（2）适用范围
中国居民有下列情形之一的,可以申请启动相互协商程序：
①对居民身份的认定存有异议，特别是相关税收协定规定双重居民身份情况下需要通过相互协商程序进行最终确认的；
②对常设机构的判定，或者常设机构的利润归属和费用扣除存有异议的；
③对各项所得或财产的征免税或适用税率存有异议的；
④违反税收协定非歧视待遇（无差别待遇）条款的规定，可能或已经形成税收歧视的；
⑤对税收协定其他条款的理解和适用出现争议而不能自行解决的；
⑥其他可能或已经形成不同税收管辖权之间重复征税的。
（1）启动程序时效及条件
相互协商申请时效为该项案情必须在不符合本协定规定的征税措施第一次通知之日起，1年内提出。
申请人按本章规定提出的相互协商申请符合以下全部条件的，税务机关应当受理：
①申请人为按照《税收协定相互协商程序实施办法》的规定可以提起相互协商请求的中国居民或中国国民；
②提出申请的时间没有超过税收协定规定的时限；
③申请协商的事项为缔约对方已经或有可能发生的违反税收协定规定的行为；
④申请人提供的事实和证据能够证实或者不能合理排除缔约对方的行为存在违反税收协定规定的嫌疑；
⑤申请相互协商的事项不存在《税收协定相互协商程序实施办法》规定的可以终止相互协商程序的情形。
对于不符合上款规定全部条件的申请，税务机关认为涉及严重双重征税或损害中国税收权益、有必要进行相互协商的，也可以决定受理。
（2）税务机关对申请的处理
《税收协定相互协商程序实施办法》规定，负责申请人个人所得税或企业所得税征管的省税务机关为受理申请的税务机关。申请人就缔约对方征收的非所得税类税收提出相互协商申请的，负责与该税收相同或相似的国内税收征收的省税务机关为受理申请的税务机关。国内没有征收相同或相似税收的，省级国家税务局为受理申请的税务机关。
受理申请的省税务机关应在十五个工作日内，将申请上报税务总局，并将情况告知申请人，同时通知省以下主管税务机关。
因申请人提交的信息不全等原因导致申请不具备启动相互协商程序条件的，省税务机关可以要求申请人补充材料。申请人补充材料后仍不具备启动相互协商程序条件的，省税务机关可以拒绝受理，并以书面形式告知申请人。
申请人对省税务机关拒绝受理的决定不服的，可在收到书面告知之日起十五个工作日内向省税务机关或税务总局提出异议申请。省税务机关收到异议后，应在五个工作日内将申请人的材料，连同省税务机关的意见和依据上报税务总局。
税务总局收到省税务机关上报的申请后，应在二十个工作日内按下列情况分别处理：
①申请具备启动相互协商程序条件的，决定启动相互协商程序，并将情况告知受理申请的省税务机关，省税务机关应告知申请人；
②申请已超过税收协定规定的期限，或申请人的申请明显缺乏事实法律依据，或出现其他不具备相互协商条件情形的，不予启动相互协商程序，并以书面形式告知受理申请的省税务机关，省税务机关应告知申请人；
③因申请人提交的信息不全等原因导致申请不具备启动相互协商程序条件的，通过受理申请的省税务机关要求申请人补充材料或说明情况。申请人补充材料或说明情况后，再按前两项规定处理。
税务总局启动相互协商程序后，可通过受理申请的省税务机关要求申请人进一步补充材料或说明情况，申请人应在规定的时间内提交，并确保材料的真实与全面。
对于紧急案件，税务总局可以直接与申请人联系。
发生下列情形之一的，税务总局可以决定终止相互协商程序，并以书面形式告知省级税务机关，省级税务机关应告知申请人：
①申请人故意隐瞒重要事实，或在提交的资料中弄虚作假的；
②申请人拒绝提供税务机关要求的、与案件有关的必要资料的；
③因各种原因，申请人与税务机关均无法取得必要的证据，导致相关事实或申请人立场无法被证明，相互协商程序无法继续进行的；
④缔约对方主管当局单方拒绝或终止相互协商程序的；
⑤其他导致相互协商程序无法进行、或相互协商程序无法达到预期目标的。
在两国主管当局达成一致意见之前，申请人可以以书面方式撤回相互协商申请。申请人撤回申请或者拒绝接受缔约双方主管当局达成一致的相互协商结果的，税务机关不再受理基于同一事实和理由的申请。
对于相互协商结果，税务总局应以书面形式告知受理申请的省税务机关，省税务机关应告知申请人。
（1）相互协商程序结果的法律效力
双方主管当局经过相互协商达成一致意见的，分别按不同情况处理如下：
①双方就协定的某一条文解释或某一事项的理解达成共识的，税务总局应将结果以公告形式发布；
②双方就具体案件的处理达成共识，需要涉案税务机关执行的，税务总局应将结果以书面形式通知相关税务机关。
经双方主管当局相互协商达成一致的案件，涉及中国税务机关退税或其他处理的，相关税务机关应在收到通知之日起三个月内执行完毕，并将情况报告税务总局。
（2）相互协商程序与司法判决的关系
根据《税收协定相互协商程序实施办法》的规定，税务总局在收到缔约对方主管当局提出的启动相互协商程序的请求时，相关税务机关的处理决定尚未做出的，税务总局应将对方提起相互协商程序的情况告知相关税务机关。相互协商程序不影响相关税务机关对有关案件的调查与处理，但税务总局认为需要停止调查和处理的除外。
相互协商程序进行期间，不停止税务机关已生效决定的执行，税务机关或者税务总局认为需要停止执行的除外。
在相互协商过程中，如果缔约对方主管当局撤回相互协商请求，或出现其他情形致使相互协商程序无法进行的，税务总局可以终止相互协商程序。
（3）保护性措施
根据《税收协定相互协商程序实施办法》的规定，在两国主管当局达成一致意见之前，申请人可以以书面方式撤回相互协商申请。申请人撤回申请或者拒绝接受缔约双方主管当局达成一致的相互协商结果的，税务机关不再受理基于同一事实和理由的申请。
对于相互协商结果，税务总局应以书面形式告知受理申请的省税务机关，省税务机关应告知申请人。
中国与土耳其的避免双重征税协定中并未明确双方在遇到税收争议时，一方企业或个人申请仲裁的条款和程序。目前中国暂未引入国际税收仲裁机制。
